현실적인 퇴직에 해당하는지 여부

연구원 직원 중 ○○공사로 고용승계 된 직원의 퇴직금에 대하여는 사업의 포괄적인 양도ㆍ양수로 볼 수 없으므로 현실적인 퇴직에 해당하는 것임.

[회신] 귀 질의 1의 경우 사업의 포괄적인 양도ㆍ양수로 볼 수 없으므로 현실적인 퇴직에 해당하는 것입니다. 질의 2의 경우 법령 검토 중에 있으며, 검토가 끝나는 대로 회신할 것임을 알려 드립니다. 1. 질의내용 요약 [퇴직소득원천징수관련질의] 【현황】 본 재단법인 ○○연구원( 이하 "연구원" 이라 한다.)은 재정경제부 산하 연구기관으로서 특정연구기관육성법 제2조 (특정연구기관) 및 동 시행령 제3조(연구기관지정) 9호, 민법 제32조 에 의하여 설립된 비영리 정부출연연구기관으로 정부의 출연기관 민영화 방침에 따라 우리 연구원의 실질적인 출연기관인 ○○공사로 재직인원, 사업, 연구기능 및 지적재산권 등 기타제반 업무를 포괄적으로 일괄 이관하였으나 우리 연구원 "정관 제33조(해산) 제2항에 의거 잔여재산은 국고에 귀속하거나 유사목적을 수행하는 연구기관에 출연할 수 있다." 로 명시되어 있어 통합, 합병 등이 된다하여도 전체 자산을 이관할 수 없는 것이 현실입니다. 이에 따라 당 연구원에 재직 중이던 인원을 고용승계하기로 하고 당 연구원 입사일( 또는 중간정산일 )부터 해산일 까지 발생한 연구원 직원의 퇴직금도 공사로 승계, 이관하였습니다. 따라서 연구원이 직원들의 퇴직충당금을 확보하기 위하여 2002년도 2월에 당 연구원의 자산일부를 매각하여 퇴직금으로 충당하였습니다. 【질의】 당 연구원 직원 중 ○○공사로 고용승계된 직원의 퇴직금에 대하여 소득세법시행규칙 제17조 의 현실적인 퇴직으로 보아야 하는지 그리고 이에 따른 원천징수를 하여야 하는지 여부에 대하여 질의합니다. 【갑설】 현실적인 퇴직이 아니므로 원천징수대상이 아니다.(당 연구원의 의견) (이유) 1. 부가가치세법상의 사업 양수도에 해당하지 않는다 하더라도 거주자의 입장에서는 실질적인 사업 양수도에 해당되고 고용승계 되었으며 퇴직금도 근속기간을 통산하여 승계 되었음. (유사한 취지의 예규 ; 법인의 분할 또는 합병 및 사업의 양도ㆍ양수로 퇴직급여지급규정에 의하여 퇴직금을 실제로 받는 경우에는 소득세법시행규칙 제17조 에 의한 현실적인 퇴직으로 보는 것이나, 고용승계 및 근속기간을 통산하기로 하여 퇴직금을 지급 받지 아니하는 경우에는 그러하지 아니함.( 소득46011-164, 1999.10.11)) 2. 또한 실제로 지급되지 않은 퇴직금에 대하여 원천 징수한 경우 소득은 없고 원천 징수할 세금만 발생하여 모순됨. 【을설】 현실적인 퇴직으로 원천징수 하여야 한다. (이유) 부가가치세법상의 사업 양수도에 해당되지 않고 당 연구원과 공사와는 출자관계에 있지도 않으므로 고용승계가 되었다 하더라도 퇴직한 것으로 보아야 함. 당 연구원의 입장에서는 실제로 지급을 하였고 다만 인수받는 공사와 고용 승계된 직원사이의 계약에 의하여 퇴직금을 공사가 관리하되 근속기간을 통산하기로 한 것에 불과함. [비영리법인 수익사업의 범위 질의] 【현황】 1. 본 재단법인 ○○연구원(이하 연구원)은 특정연구기관육성법 제2조 (특정연구기관) 및 동 시행령 제3조(연구기관지정) 9호, 민법 제32조 에 의하여 설립된 비영리 정부출연연구기관으로서 인삼, 연초, 산업발전을 위한 새로운 기술의 연구개발업무를 수행하고 그 성과를 보급함을 목적으로 설립된 비영리법인입니다. 2. 연구원의 수입은 ○○공사 및 ○○공사(이하 공사)로부터 출연수입과 수탁시험연구수입, 기술지원연구수입, 정부특정연구수입으로 구성되어 있습니다. 공사 출연수입은 연구원과 공사간에 체결된 협약에 의하여 공사에서 출연하고 있는 바, 협약의 주요내용은 다음과 같습니다. 가. 연구과제의 선정은 공사와 협의하여 지정 받아야 한다. 나. 연구결과에 대한 보고서를 제출한다. 다. 연구결과의 발표시 공사의 연구비 지원사실을 표시한다. 라. 연구과정에서 발생한 산업재산권 등은 공사와 연구원의 공동소유로 한다. 3. 한편, 법인세법시행령 제2조 수익사업의 범위중 제1항 제2호의 내용이 1998년 12월 31일 개정이전에는 연구 및 개발업중 상업적 연구개발업만 수익사업의 범위에 포함되었으나 개정이후에는 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업은 모두 수익사업의 범위에 포함되도록 개정되었습니다. 4. 당 연구원은 2002년 2월 28일자로 해산하고 재직인원, 사업, 연구기능 및 지적재산권 등 기타제반업무를 포괄적으로 ○○공사에 일괄 이관하기로 하였습니다. 【관련법조문】 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】① 법인세법(이하 " 법" 이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 " 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 "한국표준산업분류" 라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 축산업(축산관련 서비스업을 포함한다)ㆍ조경 및 관련 서비스업외의 농업 (1998. 12. 31 개정) 2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) 【질의】 당 연구원의 수입 중 공사출연수입이 법인세법상의 수익사업의 범위에 속하는지 여부에 대하여 질의합니다. 【갑설】 수익사업이 아니다. (이유) ○○연구원은 정부의 감독을 받는 정부출연연구기관이고 비영리법인이므로, 연구원이 수행하는 모든 사업은 이익을 목적으로 하지 않으므로 ○○공사 및 ○○공사로부터 수령하는 출연금도 수익사업이 아니다. 【을설】 수익사업이다. (이유) ○○연구원에서 ○○공사 및 ○○공사로부터 연구비를 받아 수행하는 연구는 계약 등에 의하여 그 대가를 받고 제공하는 사업이므로 동 공사로부터 수령하는 출연수입은 수익사업에 해당된다.