근로소득세를 재정산하는 경우 근로소득세액의 연말정산

원천징수의무자가 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 급여를 추가지급 또는 회수함으로써 최근 5년간의 근로소득세를 재정산하는 경우에는 추가지급 또는 회수하는 때에 근로소득세액 연말정산을 다시 하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우, 우리청 법인46013-439(1999.02.02) 및 법인22601-1573(1990.07.28)의 질의회신을 붙임과 같이 보내드리니 이를 참고하시기 바랍니다. ※ 법인46013-439, 1999.02.02 1. 원천징수의무자가 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 급여를 추가지급 또는 회수함으로써 최근 5년간의 근로소득세를 재정산하는 경우에는 추가지급 또는 회수하는 때에 근로소득세액 연말정산을 다시 하여야 하는 것임. 2. 근로소득세를 재정산하는 경우에는 근로소득원천징수 영수증(근로소득지급조서)을 수정하여 1매는 근로자에게 교부하고 1매는 관할세무서장에게 제출해야 하는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 감사원 감사결과에 따라 본인이 지급받은 성과급은 소득(성과급)이 취소되어 회사에 귀속되어야 할 대금이 되었고 동 대금은 더 이상 소득이 아닌 본인과 회사간 및 회사와 “갑”간의 채권채무관계로 성립하게 되었는 바, 소득이 아닌 금액에 대하여 기납부하였던 세금 26천원도 당연히 취소되어 회사로 귀속되어야 할 것으로 < 질의 내용 > 가. 감사원 감사명령에 따라 회사는 본인 또는 “갑”에게 회수하여야 할 금액을 상환받지 못했다 하더라도(향후 채권채무관계 성립) 본인의 소득이 취소되었으므로 소득수정신고를 통해 소득세 환급절차를 진행할 수 있는지 여부 나. 본인의 소득이 취소되었으므로 동 소득에 따른 소득세 환급금도 당연히 회사로 귀속되어야 할 대금인바 원천징수의무자인 회사로의 소득세 환급이 가능한지 여부 다. 소득세 납부 당시 원천징수의무자인 회사가 본인의 소득을 신고하고 세금을 납부하였는 바, 환급을 위한 본인의 소득수정신고도 회사가 해야하는지 여부 라. 소득수정신고 후 소득세 환급까지 걸리는 기간 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법시행령 제201조 【근로소득세액 연말정산시의 환급】 ① 근로소득세액에 대한 연말정산을 하는 경우에 원천징수의무자가 이미 원천징수하여 납부한 소득세에 과오납이 있어 근로소득자에게 환급하는 때에는 그 환급액은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. ② 제1항의 경우에 원천징수의무자가 원천징수하여 납부할 소득세가 없는 때에는 재정경제부령이 정하는 바에 의하여 환급한다. (1998. 4. 1 직제개정) ○ 소득세법시행규칙 제93조 【원천징수세액의 환급】 ① 영 제201조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 원천징수의무자가 환급할 소득세가 연말정산하는 달에 원천징수하여 납부할 소득세를 초과하는 경우에는 다음달 이후에 원천징수하여 납부할 소득세에서 조정하여 환급한다. 다만, 당해 원천징수의무자의 환급신청이 있는 경우에는 원천징수 관할세무서장이 그 초과액을 환급한다. (2002. 2. 1 개정) ② 제1항 단서의 규정에 의하여 소득세의 환급을 받고자 하는 자는 원천징수세액환급신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ③ 제1항 및 제2항의 규정은 원천징수의무자가 원천징수하여 납부한 소득세액중 잘못 원천징수한 세액이 있는 경우에 이를 준용한다. ○ 소득세법기본통칙 137-1【근로소득을 추가지급한 때의 연말정산】 원천징수의무가 근로소득에 대한 연말정산을 한 후 당해 과세기간의 근로소득을 추가로 지급하는 때에는 추가로 지급하는 때에 근로소득세액의 연말정산을 다시 하여야 한다. 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 법인46013-439(1999.02.02) 1. 원천징수의무자가 근로소득에 관한 연말정산을 한 후 급여를 추가지급 또는 회수함으로써 최근 5년간의 근로소득세를 재정산하는 경우에는 추가지급 또는 회수하는 때에 근로소득세액 연말정산을 다시 하여야 하는 것임. 2. 근로소득세를 재정산하는 경우에는 근로소득원천징수 영수증(근로소득지급조서)을 수정하여 1매는 근로자에게 교부하고 1매는 관할세무서장에게 제출해야 하는 것임. ○ 법인22601-1573(1990.07.28) 호봉정책 착오로 인하여 환수한 급여를 차감한 연간근로소득에 대하여 소득세법 제152조 규정에 의한 연말정산 방법에 따라 근로소득세를 재계산하여 초과징수된 세액(이에 따른 방위세 등 포함)은 소득세법 시행령 제184조 의 규정에 의거 원천징수의무자로부터 환급받을 수 있는 것임.