의료법인이 연구기금을 지원받아 이를 해당직원의 급여로 지급시 원천징수의무

의료법인이 외부기관 등으로부터 연구기금을 지원 받아 당해 법인의 의학연구소 소속 직원에게 급여를 지급하는 때에는 당해 법인이 원천징수ㆍ납부하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우, 의료법인이 외부기관 등으로부터 연구기금을 지원 받아 당해 법인의 의학연구소 소속 직원에게 급여를 지급하는 때에는 소득세법 제127조의 규정에 의하여 당해 법인이 원천징수ㆍ납부하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 의료법인인 병원의 조직도상 하나의 부서인 의학연구소가 정부의 과학기술기본법에 따른 프로젝트에 선정되어 정부의 연구기금 및 미국○○원(미국 ○○원)의 연구기금을 지원 받아 연구를 수행하게 됨. 그런데 본 연구소는 독립적인 사업자등록증이나 고유번호증이 없으며, 전반적인 관리업무는 병원에서 하고 회계관리는 독립적으로 처리해 각각 해당 기관에 보고(동 기금은 지정된 용도로만 사용 가능)하게 되어있음. <질의1> 본 연구소에서 연구를 수행함에 있어, 내국인 외부 연구 인력을 고용하여 정부에서 지원받은 연구기금으로 급여를 지급 시, 원천징수 소득세를 의료법인인 병원의 원천세 신고시 합산하여 신고하여야 하는지, 별도로 신고하여야 하는지 <질의2> 미국○○원(미국 ○○원)기금으로 내국인 외부 연구 인력을 고용하였을 경우 소득세를 원천징수 하여야 하는지, 원천징수 할 경우 신고방법은 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 국세기본법 제2조 【정 의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다. 3. “원천징수” 라 함은 세법에 의하여 원천징수의무자가 국세(이에 관계되는 가산세를 제외한다)를 징수함을 말한다 ○ 소득세법 제127조 【원천징수의무】 ① 국내에서 거주자나 비거주자에게 다음 각호의 1의 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 자는 이 절의 규정에 의하여 그 거주자나 비거주자에 대한 소득세를 원천징수하여야 한다. ○ 소득세법 제7조 【원천징수등의 경우의 납세지】 ① 원천징수하는 소득세의 납세지는 다음 각호의 규정에 의한다. (1994. 12. 22 개정) 3. 소득세를 원천징수하는 자가 법인인 경우에는 그 법인의 본점 또는 주사무소의 소재지 ○ 법인세법 제109조 【법인의 설립 또는 설치신고】 ① 내국법인은 그 설립등기일부터 2월 이내에 다음 각호의 사항을 기재한 법인설립신고서에 대통령령이 정하는 서류를 첨부하여 이를 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 이 경우 제111조의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 법인설립신고를 한 것으로 본다. (2001. 12. 31 개정) 1. 법인의 명칭과 대표자의 성명 (1998. 12. 28 개정) 2. 본점 또는 주사무소의 소재지 (1998. 12. 28 개정) 3. 사업목적 (1998. 12. 28 개정) 4. 설립일 (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법 제111조 【사업자등록】 ① 신규로 사업을 개시하는 법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 납세지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ② 부가가치세법에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. (1998. 12. 28 개정) ③ 부가가치세법 제5조 의 규정은 이 법의 규정에 의하여 사업자등록을 하는 법인에 관하여 이를 준용한다. (1998. 12. 28 개정) ④ 제109조의 규정에 의한 법인설립신고를 한 경우에는 사업자등록신청을 한 것으로 본다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법기본통칙 111-154…2 【사업자등록증 교부대상】 법 제111조에 규정하는 사업자등록증은 법인세 납세의무가 있는 영리법인(지점 및 사업장을 포함한다)과 수익사업을 영위하는 비영리법인에 한하여 교부할 수 있다. (2001. 11. 1 개정) ○ 법인세법기본통칙 111-154…3 【고유번호의 부여】 사업자등록증의 교부대상이 되지 아니하는 법인에 대하여는 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정하는 고유번호를 부여할 수 있다. (1985. 1. 1 개정) 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 법인22601-611,1992.03.13 【질의】 대학이 총장의 승인을 받아 자체연구소(비법정연구소)설립한 경우 별도의 고유번호를 지정받을 수 있는지. “연구소” 명칭 : ○○대학교 부설 환경문제연구소 설립목적 : 환경과학과 이에 관련된 모든 학문분야에 대한 종합적인 연구를 통한 정책수립ㆍ계획 및 인간사회복지에 기여 【회신】 부설환경문제연구소는 별도의 고유번호부여대상이 아님