원천징수의무자가 퇴직소득을 근로소득으로 잘못 원천징수한 경우 처리방법

퇴직소득을 근로소득으로 잘못 원천징수한 원천징수의무자는 근로소득을 퇴직소득으로 정정하여 원천징수하고 당해 수정지급조서를 작성하여 원천징수대상자에게 교부하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 퇴직소득을 근로소득으로 잘못 원천징수한 원천징수의무자는 근로소득을 퇴직소득으로 정정하여 원천징수하고 당해 수정지급조서를 작성하여 원천징수대상자에게 교부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 노사합의에 의하여 퇴직금지급제도 및 근로기준법 제34조 제3항 의 규정에 의한 퇴직금 중간 정산 기준일을 소급하여 변경함에 따라 중간정산 퇴직금의 지급이 소급기간동안 실질적으로 지연됨으로 인하여 발생한 손실에 대하여 모든 근로자에게 적용되는 일반적인 기준에 의한 보상액을 추가로 지급하는 경우 당해 보상액은 퇴직소득에 해당하나, 당초 원천징수의무자가 근로소득으로 착오 원천징수하여 수정할 경우 수정지급조서작성 범위에 대하여 다음과 같이 질의함 - 전체 원천징수대상자에 대하여 수정지급조서를 작성하여야 하는지 - 종합소득세신고를 하지 아니한 원천징수대상자에 대해서만 수정지급조서를 작성하여야 하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 국세기본법 제45조 【수정신고】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지를 하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다. (1994. 12. 22 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22 개정) 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22 개정) 3. 제1호 및 제2호외에 세무조정 과정에서의 누락 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 불완전한 신고를 한 때(제45조의 2의 규정에 의하여 경정등의 청구를 할 수 있는 경우를 제외한다) (2000. 12. 29 신설) ② 삭 제 (1994. 12. 22) ③ 과세표준 수정신고서의 기재사항 및 신고절차에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1979. 12. 28 개정) ○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기간 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2000. 12. 29 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (1994. 12. 22 신설) 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (1994. 12. 22 신설) ② 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. (2000. 12. 29 개정) 1. 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 동일한 효력을 가지는 화해 기타 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정된 때 (1994. 12. 22 신설) 2. 소득 기타 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있은 때 (1994. 12. 22 신설) 3. 조세조약의 규정에 의한 상호합의가 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어진 때 (1994. 12. 22 신설) 4. 결정 또는 경정으로 인하여 당해 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때 (1994.12. 22 신설) 5. 제1호 내지 제4호와 유사한 사유로서 대통령령이 정하는 사유가 당해 국세의 법정신고기한 경과후에 발생한 때 (1994. 12. 22 신설) ③ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2월이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 22 신설) ④ 결정 또는 경정의 청구 및 통지절차에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 신설) ○ 소득세법 제71조 【퇴직소득 과세표준확정신고】 ① 당해연도의 퇴직소득금액이 있는 거주자는 그 퇴직소득 과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ② 제1항의 규정은 당해연도의 퇴직소득 과세표준이 없는 때에도 적용한다. 다만, 제146조 내지 제148조의 규정에 의하여 소득세를 납부한 자에 대하여는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정) ③ 제1항의 규정에 의한 신고를 “퇴직소득 과세표준확정신고” 라 한다. (1994. 12. 22 개정) ○ 소득세법 제146조 【퇴직소득에 대한 원천징수의 방법과 원천징수영수증의 교부】 ① 원천징수의무자가 갑종에 속하는 퇴직소득을 지급하는 때에는 그 퇴직소득과세표준에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다. (2000. 12. 29 개정) ② 퇴직소득을 지급하는 원천징수의무자는 그 지급일이 속하는 달의 다음달 말일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 퇴직소득 기타 필요한 사항을 기재한 원천징수영수증을 그 받는 자에게 교부하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) 나. 유사사례(판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 재소득 46073-49,2002.02.22 노사합의에 의하여 퇴직금지급제도 및 근로기준법 제34조 제3항 의 규정에 의한 퇴직금 중간 정산 기준일을 소급하여 변경함에 따라 중간정산 퇴직금의 지급이 소급기간동안 실질적으로 지연됨으로 인하여 발생한 손실에 대하여 모든 근로자에게 적용되는 일반적인 기준에 의한 보상액을 추가로 지급하는 경우 당해 보상액은 퇴직소득에 해당함. ○ 서일 46011-11308,2002.10.09 공공기관퇴직금제도 개선방안에 따라 퇴직금지급제도를 변경하면서 근로기준법 제34조 제3항 의 규정에 의한 퇴직금 중간정산을 실시함에 있어, 중간정산 퇴직금의 분할지급으로 인하여 퇴직금의 지급이 지연됨에 따라 중간정산 기준일과 실제의 지급일간의 기간에 대하여 소정의 보상액을 추가로 지급하는 경우 당해 보상액은 그 지급시기에 관계없이 퇴직소득에 해당하는 것임. 이 경우 기업이 종업원에게 중간정산 퇴직금을 분할지급하는 경우, (가) 분할지급받는 퇴직소득의 수입시기는 “약정에 의하여 중간정산 퇴직금을 최초로 지급받기로 한 날(지급일에 관한 약정이 없는 경우에는 실제로 중간정산 퇴직금을 최초로 지급받은 날)” 이 되는 것이며, (나) 원천징수방법은 (1) 원천징수의무자가 퇴직소득을 1차로 지급하는 때에 1차 지급분에 대하여 원천징수하고 (2) 2차 이후의 지급분에 대하여는 ① 1차 지급일과 동일한 연도에 지급하는 경우에는 당해 지급분을 지급하는 때에 원천징수하며 ② 1차 지급일과 동일한 연도에 미지급한 경우에는 소득세법 제147조 (퇴직소득지급시기의 의제)를 적용하여 원천징수하는 것임. 퇴직소득을 이자소득으로 기 원천징수한 원천징수의무자는 이자소득을 퇴직소득으로 소득종류를 정정하여 퇴직소득 수입시기를 “약정에 의하여 중간정산 퇴직금을 최초로 지급받기로 한 날(지급일에 관한 약정이 없는 경우에는 실제로 중간정산 퇴직금을 최초로 지급 받은 날)” 로 하여 수정지급조서를 작성하여 원천징수대상자에게 교부하여야 하며, 수정분 원천징수이행상황신고서를 귀속연월 및 징수연월별로 제출하고 소득세법시행규칙 제93조 의 규정을 준용하여 조정환급하거나 환급신청에 의하여 환급을 받는 것임. 그리고, 당해 소득자가 이자소득으로 근로소득 등과 합산하여 당해연도 과세표준확정신고를 한 경우 또는 당해연도분에 대하여 납세지 관할세무서장이 결정 또는 경정한 경우에는 당해 소득자가 수정발급받은 지급조서를 근거로 경정청구를 하거나 수정신고를 하여야 하는 것임.