계산서를 작성하여 교부하여야 하는지 여부

정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 계산서를 작성하여 교부하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 우리센터의 유사회신사례 서이46012-10636(2002.03.27), 서이46012-11342(2002.07.11.), 서이46012-11889(2002.10.16.) 및 우리청 부가46015-105(2001.1.15), 부가46015-338(1998.02.25)을 참고하시기 바랍니다. ※ 서이46012-10636, 2002.03.27 귀 질의의 경우 정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조 제1항의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 동 연구개발용역이 부가가치세법 제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상으로서 같은법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 법인세법 제121조 제1항의 규정에 의한 계산서를 작성ㆍ교부한 것으로 보는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 당사는 정보통신산업기술개발사업의 연구개발과제를 수행함에 있어 주관연구기관으로 선정된 바 당해 연도 연구개발비 총 8억원 중 정부부담금 4억원이 정통부로부터 주관기업(A)인 당사로 입금이 되었고, 참여기업(B)의 자체개발비 2억원도 당사로 입금되었음 - 정부부담금 4억원 중 1억원은 B에게 지급되는 개발비이며, 나머지 3억원은 A의 개발비에 해당되어 A가 정부부담금 1억원과 B의 자체개발비 2억원의 합계액을 B에게 송금하였음 - 위 개발비는 성공실패여부에 관계없이 본 연구를 위하여 지급되는 개발비이며, 개발기간 종료시 A와 B는 각각 개발비사용에 대한 보고서(A는 4억원 중 3억원, B는 1억원에 대한 보고서)를 정통부에 제출하며, 연구개발결과 지적재산권의 소유권은 정부와 두 기업의 부담금 지분비율대로 소유하게 되고, 매출액 발생시 발생일로부터 5년간 그 매출액의 2%를 정통부에 기술료로 지급하기로 한 경우 질의 1) 정통부로부터 받은 자금 4억원(모두 A명의로 계산서 발행)을 A의 매출로 인식하는 것인지, A의 해당분 3억원을 매출로 인식하는 것인지, 아니면 계산서는 발행되었지만 국고보조금 또는 채무면제익으로 인식하여야 하는지 질의 2) B에게서 2억원의 입금시와 A에서 B에게로 3억원 지급시 정통부에서 A에게로 4억원 입금시 계산서가 발행되어야 하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ○ 법인세법시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 소득세법시행령 제211조 및 동시행령 제212조의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용 한다. ○ 소득세법시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭 3. 공급가액 4. 작성연월일 5. 기타 참고사항 ② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다. 1. 부가가치세법시행령 제79조 의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업 2. 부가가치세법시행령 제79조 의 2 제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업 3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 ○ 소득세법시행령 제212조 【매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등】 ① 사업자는 법 제78조의 규정에 의한 기한내에 재정경제부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출하여야 한다. 이 경우 매출ㆍ매입처별계산서합계표에는 제211조 제5항의 규정에 의하여 계산서를 교부한 것으로 보는 것을 포함하여야 한다. (1999. 12. 31 후단개정) ② 제211조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세법 제16조 및 제20조와 동법시행령 제54조 내지 제59조ㆍ제66조ㆍ제66조의 2 및 제67조의 규정을 준용한다. ○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (1994. 12. 22 개정) ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. 2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서이46012-10636(2002.03.27) 귀 질의의 경우 정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 동 연구개발용역이 부가가치세법 제1조 의 규정에 의한 부가가치세 과세대상으로서 같은법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 작성ㆍ교부한 것으로 보는 것임. ○ 서이46012-11342(2002.07.11.) 법인이 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의하여 기술개발사업의 주관연구기관으로 선정되어 연구개발용역을 공급하는 경우 법인세법 제121조 의 규정을 적용함에 있어서 용역의 공급시기는 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조의 규정에 의하는 것임 ○ 서이46012-11889(2002.10.16.) 귀 질의의 경우 법인이 산업자원부와 중기거점기술개발산업 협약에 의하여 개발사업비(이하 “지원금”이라 함)를 지원받으면서 당해 기술개발사업이 실패하면 지원금의 반환의무가 없고, 성공하면 지원금 중 일부를 반환하는 조건으로 지원금을 수령한 경우 그 지원금의 손익귀속시기는 반환의무 여부에 불구하고 당해 기술개발사업의 성공여부가 확정되는 날이 속하는 사업연도의 익금으로 하는 것임. ○ 부가46015-105(2001.1.15) 사업자 “갑”이 기술을 개발함에 있어 이에 소요되는 비용 중 일부를 다른 사업자 “을”이 부담하기로 약정하고 당해 기술은 “갑”의 책임하에 개발하여 그 개발결과물에 대한 권리를 “갑”과 “을”이 공동으로 취득하는 경우 “을”이 당해 개발결과물을 취득하는 것에 대하여는 재화 또는 용역의 공급에 해당되는 것이나, 단순히 “을”이 개발지원금만 “갑”에 지원하고 그 결과물에 대한 권리를 취득하지 아니하는 경우와 “갑”과 “을”이 당해 결과물을 취득하기 위해 공동으로 기술을 개발하고 “갑”과 “을”이 당해 결과물을 공동으로 취득하는 것에 대하여는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것임. ○ 부가46015-338(1998.02.25) 1. 사업자(갑)가 다른 사업자(을)과 공동으로 기술개발을 함에 있어 소요비용을 공동으로 부담하고 개발결과물을 ‘갑’과 ‘을’이 공동으로 소유하는 계약을 체결하고 ‘을’로부터 지급받는 ‘을’부담의 비용은 재화나 용역의 공급에 해당하지 아니하는 것이며 2. 기술개발결과물이 과세사업에 제공되는 경우에는 당해 기술개발과 관련한 매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이나 이 경우 자기의 공동지분을 초과하는 부분에 대하여는 부가가치세법시행규칙 제18조 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부하여야 하는 것임.