행정해석 질의회신 법인세

축산물등급판정수수료에 대한 계산서 교부방법

사건번호 선고일 2003.09.09
○○공사가 ○○기금의 사업 일부를 산업자원부장관과의 협약에 의하여 위탁받아 수행하고 그 인건비 등을 지급받는 금액은 ○○공사의 수입으로 계상하는 것임.
[회신] 귀 질의의 경우 ○○공사가 전기사업법 제48조의 규정에 의하여 설치된 ○○기금의 사업 일부를 산업자원부장관과의 협약에 의하여 위탁받아 수행하고 그 인건비 등을 지급받는 금액은 ○○공사의 수입으로 계상하는 것이며 이 경우 ○○공사와 ○○기금은 법인세법시행령 제87조의 규정에 의한 특수관계자에 해당하지 아니하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [전력산업기반기금의 내용] ○ 전기사업법 개정(2000.12)에 따라, ○○공사에서 발전부문이 분리(2001.4월)되었고, ○○공사가 수행하던 전력관련 공익사업은 정부(산업자원부)가 신설한 ○○기금(2001.6월)으로 이관하였음. ○ 전기요금의 65/1000이내의 금액을 재원으로 조성되는 ○○기금은, 2002년도의 경우 약 9,100억원의 공익성 사업을 관장하고 있음 - 그 사업내용은, 정부정책에 따라 발전회사가 값비싼연료인 국내무연탄, LNG 등을 사용하면서 추가로 부담하는 비용을 보전해주는 타에너지지원사업, 부하관리 요금지원 및 심야기기설치보조금 지급 등 전력수요관리사업, 공익성 연구개발산업, 발전소주변지역지원사업, 도서벽지전력공급사업 등임 [○○공사와의 관계] ○ 정부가 기반기금을 신설하여 ○○공사가 수행하던 공익성사업을 인수하였으나, 기금관리 총괄업무는 ○○공사내에 전담부서(③)를 신설하여 관리케하고, 수용관리,도서벽지전력공급 등 각각의 기금사업은 ○○공사의 기존조직(④)을 활용하여 수행토록 하고 있음. ○ 정부는 ○○공사 주식의 32.4%를 직접 보유하고 있고, ○○은행을 통해 21.6%를 간접 보유중임. 그리고 ○○기금은 정부(특히 산업자원부)가 직간접적으로 54%의 지분을 보유한 ○○공사의 전기판매수익을 재원으로 조성한 것임. ○ 전력관련 공익사업은 ○○공사에서 ○○기금으로 이관되었지만, 기금징수, 기금관리, 사업주관 등 실질적인 운영은 기금의 위탁을 받아 종전과 같이 ○○공사가 위탁 수행하고 있으며 ○ 기금에서는 ○○공사가 기금관리 및 기금사업관리와 관련하여 추가적으로 부담해야하는 기금징수업무비, 전담부서운영비, 주관부서운영비 등 여러 경비중에서 전담기관(③)운영비에 한하여 실소요 경비만 지원 - 부서운영비 : 인건비, 퇴직충당금, 업무추진비, 소모품비, 지급수수료 등 [질의사항] 가. 기금계산으로 운영되는 조직의 회계분리시 법인세법상 문제점 ※ 질의배경 ○ 기금사업과 관련하여, 수요관리사업 등 각 사업비는 ○○회계와 분리하여 운영하고 있으나, 사업장과 직원은 ○○공사소속이지만 인건비 등 모든 경비는 기금에서 부담하는 기금관리 전담부서(③) 운영비의 회계분리는 세법상 어떤 영향을 미치는지 사전에 유권해석을 받고자함 - 현재는 부서운영비를 ○○공사비용으로 처리하고, 기금에서 보전받는 금액을 수익처리중 ○ 기금관리 전담부서의 인건비 등 모든 비용을 ○○공사회계를 거치지 않고, 직접 처리하는 회계분리를 시행하고자 하나, 이 경우에는 인건비 및 퇴직충당금전입액 등을 기금회계에만 반영하고 ○○공사회계에는 반영하지 않는 결과가 되므로, 법인세법상 ○○공사회계에 불이익이 없는지 우려되어, 사전에 유권해석을 받고자 함 (1) 완전회계 분리시의 법인세법상 문제점 ○ 조직과 회계를 완전히 분리할 수 있더라도, 징수한 기금 및 전담부서 인건비 등을 기금회계에서 수익ㆍ비용으로 처리하고, ○○공사회계에는 반영하지 않는다면 → 법인세법상 ○○공사의 익금산입의 대상이나, 기금장부에만 계상되고 ○○공사장부에 계상되지 않으므로, 익금누락에 해당하여 부당과소신고 가산세 부과대상이 되는지? ○ 퇴직충당금의 효율적 관리를 위해, 기금에서 전담부서 직원 퇴직급여 충당금전입 예상액을 ○○공사에 정기적으로 지급하고, ○○공사는 퇴직충당금을 통합관리하다 당해직원 퇴직시에 퇴직금으로 지급하는 것은 세법상 문제가 없는지? (2) 부분 회계분리시의 법인세법상 문제점 ○ 기금운용계획에 편성된, 기금관리 전담부서운영비를 업무추진비, 소모품비 등 일반경비와 인건비와 퇴직충당금전입액 등 인건비성비용으로 구분하여 일반경비는 기금회계처리(○○공사회계 미반영)하고, 인건비성 비용은 ○○공사회계에서 수익ㆍ비용(기금에서 보전하는 금액은 ○○공사의 수익, 당해직원 인건비는 비용처리)으로 처리하는, 부분적인 회계분리는 법인세법상 문제가 없는지? 나. ○○공사가 부담하는 기금사업 주관부서 운영비의 손금산입여부 ○ 수요관리사업, 도서벽지전력공급사업 등을 주관하여 운영하는 ○○공사 사업장(④)의 경우, 기금의 위탁에 따라 사업을 주관하여 시행하지만 기금으로부터 별도의 대가를 받지 못하고 있음 → ○○공사가 인건비 등 부서운영비 부담 ○ 결과적으로 ○○공사 지분의 54%를 직간접적으로 보유한 정부(특수관계자?)의 지시에 따라, ○○은 무상으로 용역을 수행하고, 인건비 등 부서운영비를 부담하는 실정인데 → ○○공사가 부담하는 비용이 법인세법상 전액 손금산입이 가능한지?
원본 출처 (국세법령정보시스템)