전 문
[회신]
귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 의료업 및 기타 수익사업을 함께 영위하는 경우 조세특례제한법 제74조의 규정에 의하여 수익에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있는 것으로
당해 학교법인이 법인세법시행령 제56조 제6항 및 제9항의 규정에 의하여 부속병원에 속하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 그 손금산입된 고유목적사업준비금에서 지출 또는 사용하는 것으로 볼 수 있는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| - 사립대학교가 수익사업에서 발생한 소득을 다음과 같음 |
| | 업종 | 제1자료 | 제2자료 | |
| | 제조업 | 2,000,000,000 | -2,000,000,000 | |
| | 임대업 | 500,000,000 | 500,000,000 | |
| | 부속대학병원 | -1,000,000,000 | 3,000,000,000 | |
| | 합계 | 1,500,000,000 | 1,500,000,000 | |
| - 상기 수익사업에서 발생한 소득(15억원)을 조세특례제한법 제74조 의 규정에 따라 고유목적사업준비금으로 손금에 산입하고, 의료장비 구입자금으로 15억원을 사용하고 의료발전회계로 구분경리할 경우 고유목적사업준비금의 사용으로 인정될 수 있는 금액은 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 조세특례제한법 제74조 【고유목적사업준비금의 손금산입특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지 법인세법 제29조 의 규정을 적용함에 있어서 동법 동조 제1항 제4호의 규정에 불구하고 당해 법인의 수익사업(제5호 및 제6호의 경우에는 당해 사업과 당해 사업 시설안에서 동 시설을 이용하는 자를 대상으로 영위하는 수익사업에 한한다)에서 발생한 소득을 고유목적사업준비금으로 손금에 산입할 수 있다. (2001. 12. 29 개정) 1. 사립학교법에 의한 학교법인 및 평생교육법에 의한 원격대학 형태의 평생교육시설을 운영하는 민법 제32조 에 의한 비영리법인 (2001. 12. 29 개정) ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 고유목적사업 등이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001. 12. 31 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 (1998.12.28 개정) 2. 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금 (1998.12.28 개정) 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 (1998. 12. 28 개정) 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액 (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법 시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ③ 법 제29조 제1항 제4호에서 수익사업에서 발생한 소득 이라 함은 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금 및 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 금액 및 법 제13조 제1호의 규정에 의한 결손금과 법 제24조 제2항의 규정에 의한 기부금을 차감한 금액 을 말한다. (1998. 12. 31 개정) ④ 법 제29조 제1항 제4호에서 대통령령이 정하는 율이라 함은 100분의 50을 말한다. (1998. 12. 31 개정) ⑥ 법 제29조 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. (2000. 12. 29 개정) 3. 의료업을 영위하는 비영리내국법인(이하 이 조에서 의료법인이라 한다)이 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액 (2000. 12. 29 개정) ⑨ 제6항 제3호의 규정을 적용받고자 하는 의료법인은 손금으로 계상한 고유목적사업준비금상당액을 재정경제부령이 정하는 의료발전회계로 구분하여 경리하여야 한다. (2000. 12. 29 신설) ○ 법인세법 시행규칙 제29조 의 2 【의료기기 등의 범위】 ① 영 제56조 제6항 제3호에서 의료기기 등 재정경제부령이 정하는 고정자산이라 함은 다음 각호의 자산을 말한다. (2001. 3. 28 신설) 1. 병원 건물 및 부속토지 (2001. 3. 28 신설) 2. 다음 각목의 의료기기 (2001. 3. 28 신설) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 가. 국민건강보험법에 의한 요양급여의 적용대상이 되는 의료기기 중 취득가액이 100만원 이상인 의료기기 (2001. 3. 28 신설) 나. 초음파영상기자기공명영상기양전자단층촬영기 (2001. 3. 28 신설) ② 영 제56조 제9항에서 재정경제부령이 정하는 의료발전회계라 함은 고유목적사업준비금의 적립 및 지출에 관하여 다른 회계와 구분하여 독립적으로 경리하는 회계를 말한다. (2001. 3. 28 신설) ○ 법인세법 기본통칙 29-56…6 【의료발전회계의 처리방법】 ① 의료법인이 의료기기 등 규칙 제29조의 2에서 규정하는 고정자산을 취득하기 위하여 지출하는 금액은 당해 법인의 선택에 따라 고유목적사업준비금을 사용한 것으로 경리할 수 있다. (2003. 5. 10 신설) ② 제1항의 규정에 따라 지출하는 금액은 영 제56조 제9항의 규정에 따라 의료발전회계로 구분경리하여야 하며, 이에 대한 세무상 처리방법은 아래와 같다. (2003. 5. 10 신설) ○ 법인세법 제113조 【구분경리】 ① 비영리법인이 수익사업을 영위하는 경우에는 자산부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법 시행령 제156조 【구분경리】 법 제113조 제1항 내지 제3항의 규정에 해당하는 법인은 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산부채 및 손익을 법인의 장부상 각각 독립된 계정과목에 의하여 재정경제부령이 정하는 바에 따라 구분경리하여야 한다. (1998. 12. 31 개정) ○ 법인세법 시행규칙 제75조 【구분경리의 범위】 ① 영 제156조의 규정에 의한 구분경리를 할 때에는 구분하여야 할 사업 또는 재산별로 자산부채 및 손익을 각각 독립된 계정과목에 의하여 구분기장하여야 한다. 다만, 각 사업 또는 재산별로 구분할 수 없는 공통되는 익금과 손금은 그러하지 아니하다. (1999. 5. 24 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법 기본통칙 113-156…4 【수익사업과 비영리사업의 구분경리】 수익사업과 비영리사업의 구분경리는 수익과 비용에 관한 경리뿐만 아니라 자산과 부채에 관한 경리를 포함하는 것으로 한다. (1993. 2. 1 개정) ○ 법인세법 시행규칙 제76조 【비영리법인의 구분경리】 ① 비영리법인이 법 제113조 제1항의 규정에 의하여 구분경리하는 경우 수익사업과 기타의 사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. (1999. 5. 24 개정) ② 비영리법인이 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다. (1999. 5. 24 개정) ③ 비영리법인이 기타의 사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 경우 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다. (1999. 5. 24 개정) ④ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 기타의 사업에 지출한 경우 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다. 이 경우 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전입한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 한다. (1999. 5. 24 개정) ⑤ 비영리법인의 경우 법 제112조의 규정에 의한 장부의 기장은 제1항 내지 제4항의 규정에 의한다. (1999. 5. 24 개정) ○ 사립학교법 제29조 (회계의 구분) ①학교법인의 회계는 그가 설치경영하는 학교에 속하는 회계와 법인의 업무에 속하는 회계로 구분한다. ②제1항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계는 이를 교비회계와 부속병원회계(부속병원이 있는 경우에 한한다)로 구분할 수 있으며, 각 회계의 세입세출에 관한 사항은 대통령령으로 정하되 수업료 기타 납부금은 교비회계의 수입으로 하여 이를 별도 계좌로 관리하여야 한다<개정 1999.1.21> |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ③제1항의 규정에 의한 법인의 업무에 속하는 회계는 이를 일반업무회계와 제6조의 규정에 의한 수익사업회계로 구분할 수 있다. ④제2항의 규정에 의한 학교에 속하는 회계의 예산은 당해 학교의 예산결산자문위원회의 자문을 거쳐 학교의 장이 편성하여 학교법인의 이사회가 심의의결하고 학교의 장이 집행한다. 다만, 유치원은 예산결산자문위원회의 자문을 거치지 아니할 수 있다.<개정 1990.4.7, 1999.8.31> ⑤예산결산자문위원회는 10인이상의 교직원으로 구성하되, 그 조직 및 운영에 관하여 필요한 사항은 정관으로 정한다. <신설 1990.4.7> ⑥제2항의 규정에 의한 교비회계에 속하는 수입은 다른 회계에 전출하거나 대여할 수 없다. 다만, 차입금의 원리금을 상환하는 경우에는 그러하지 아니한다. [전문개정 1981.2.28] ○ 사립학교법시행령 제13조 (교비회계와 부속병원회계의 세입세출) ①교비회계의 세입 은 다음 각호의 수입으로 한다. 1. 법령 또는 학칙에 의하여 학교가 학생으로부터 징수하는 입학금수업료 및 입학수험료 2. 학사관계제증명수수료 3. 학교시설의 사용료 및 이용료 4. 다른 회계로부터 전입되는 전입금 5. 학생의 실험실습에서 생기는 생산품등의 판매대금 6. 교비회계의 운용과정에서 생기는 이자수입 7. 교육용 기자재등의 불용품 매각수입 8. 교비회계의 세출에 충당하기 위한 차입금 9. 기타 학교법인의 수입으로서 다른 회계에 속하지 아니하는 수입 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ②교비회계의 세출 은 다음 각호의 경비로 한다. 1. 학교운영에 필요한 인건비 및 물건비 2. 학교교육에 직접 필요한 시설설비를 위한 경비 3. 교원의 연구비, 학생의 장학금, 교육지도비 및 보건체육비 4. 제1항제8호의 차입금의 상환원리금 5. 기타 학교교육에 직접 필요한 경비 ③부속병원회계의 세입 은 다음 각호의 수입으로 한다. 1. 진료수입 2. 일반업무회계로부터 전입되는 전입금 3. 부속병원회계의 운용과정에서 생기는 이자수입 4. 부속병원회계의 세출에 충당하기 위한 차입금 5. 기타 부속병원운영에 따른 제수입 ④부속병원회계의 세출 은 다음 각호의 경비로 한다. 1. 부속병원운영에 필요한 인건비 2. 부속병원관리운영과 진료에 필요한 물건비 3. 부속병원에 직접 필요한 시설설비를 위한 경비 4. 교비회계 또는 일반업무회계로의 전출금 5. 제3항제4호의 차입금의 상환원리금 6. 기타 부속병원운영에 필요한 경비 [전문개정 1981.5.21] ○ 사학기관재무․회계규칙에 대한 특례 규칙 제 2 조(적용범위 등) ① 이 규칙은 사립의 대학․산업대학.전문대학 및 이에 준하는 각종 학교(이하 "학교"라 한다)와 이를 설치․경영하는 학교법인(이하 "법인"이라 한다)에 적용한다.<개정 99.1.29> |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ② 학교의 교비회계(이하 "학교회계"라 한다)와 법인의 일반업무회계(이하 "법인회계"라 한다)에 관하여 이 규칙에 규정한 것을 제외하고는 사학기관 재무․회계규칙을 적용한다. ③ 학교의 부속병원회계는 일반적으로 인정되는 의료법인의 병원회계에 준하여 계리하고, 법인의 수익사업회계는 일반적으로 인정되는 기업회계에 준하여 계리한다. |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 법인46012-4230,1999.12.08 귀 질의의 경우 학교법인이 고유목적사업인 교비회계와 법인회계를 각각 구분경리하고 결산서를 별도로 작성하는 경우로서 법인세법 제29조 의 고유목적사업준비금은 교비회계와 법인회계의 결산서에 각각 계상할 수 있으나 법인세 과세표준 신고시에는 이를 합산하여 신고하여야 하는 것이며 직전 사업연도 종료일 현재 고유목적사업준비금 잔액이 있는 학교법인이 당해 사업연도의 교비회계에서 발생한 이자소득등의 금액을 고유목적사업에 직접 지출한 경우에도 당해 사업연도에 고유목적사업준비금을 계상하여 지출한 것으로 보아 당해 준비금을 손금에 산입할 수 있는 것임 ○ 법인46012-1542,1998.06.12 【질의】 사립학교법에 의한 학교법인이 법인세법 제12조의2 의 규정에 의하여 설정한 고유목적사업준비금을 학교법인의 비영리회계에 전출한 후 교직원 인건비지급, 교육사업과 관련된 도서 및 회화의 구입, 교사신축 및 증축에 사용하게 되는바 - 도서 및 회화의 구입비, 부동산 취득비를 고유목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 【회신】 사립학교법에 의하여 설립된 학교법인이 수익사업에 대한 각 사업연도 소득금액계산시 법인세법 제12조 의 2 제1항의 규정에 의하여 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 비영리사업회계에 전출하는 경우에는 같은법시행규칙 제1조 제3항 후단의 규정에 의하여 전출시점에 고유목적사업에 사용한 것으로 보는 것임 |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 법인46012-4050,1999.11.22 【질의】 사립학교법에 의하여 설립되어 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이, 고유목적사업인 교육사업과 수익사업인 부동산임대업을 영위하면서 교육사업과 수익사업을 총괄하는 재단이 별도의 조직으로 운영되고 있음(교육사업과 수익사업의 총괄업무 이외의 별도 사업은 없음). 그리고 그 회계는 고유목적회계인 학교회계, 수익사업회계인 임대회계와 재단회계로 구분경리하고 있는 경우, 수익사업회계에 속하는 자산(당좌자산)을 재단회계(학교회계가 아님)에 전입하는 금액에 대해 다음 사항을 질의함 ① 재단을 비영리사업으로 보아 법인세법시행규칙 제76조 제4항 후단의 규정을 적용하여 비영리사업에 지출한 것으로 경리하여야 하는지, 아니면 재단을 비영리사업으로 보지 아니하여 재단회계에 전입한 금액을 수익사업간의 전입으로 경리하여야 하는지 ② 그리고 재단회계에 전입한 금액이 법인세법 제29조 제2항 및 동시행령 제56조 제5항에 규정한 고유목적사업에 지출한 것에 해당하는지, 아니면 학교회계에 전입한 금액만이 고유목적사업에 지출한 것에 해당하는지 【회신】 귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항 의 규정을 적용하는 것임 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그 전출이 없는 것으로 보는 것임 |
| 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 재법인46012-125,2000.08.18 【질의】 (상황) 1. 질의 법인은 ○○학원(○○대학교)으로서 수익사업으로는 ○○병원, □□병원 등의 대학부속병원업을 영위하고 있으며, 본원의 회계처리는 사립학교법 제29조 에 의하여 학교회계(교비회계와 부속병원회계로 구분)와 학교법인의 업무에 속하는 회계(일반업무회계와 수익사업회계로 구분)를 구분하여 경리하고 있으며 학교회계중 부속병원회계는 수익사업회계에 해당됨 2. 이 경우 수익사업회계인 병원회계에서 발생한 수익을 고유목적사업준비금으로 계상하였고, 동 고유목적사업준비금 전액을 학교법인의 업무에 속하는 회계인 일반업무회계로 전출하였으며, 일반업무회계에서 동 자금으로 평촌의 대학부속병원을 신축하여 이를 부속병원회계로 출자한 경우 (질의사항) 수익사업회계인 부속병원회계의 고유목적사업준비금을 법인의 일반업무회계로 지출한 것이 상기 법인세법 제29조 및 동법시행령 제56조에 의한 사용에 해당하는지 여부에 대하여 【회신】 귀 질의와 같이 학교법인의 병원회계의 수익을 고유목적사업준비금으로 설정하고 일반업무회계로 전출한 후 일반업무회계에서 대학병원의 의료시설에 재투자하는 것이 법인세법 제29조 와 동법시행령 제56조 및 동시행규칙 제76조에 의한 고유목적사업준비금의 적법한 사용에 해당하는 지의 여부는 의료시설의 재투자가 학교법인의 정관․ 사립학교법 및 사학기관재무회계특례규칙 등의 규정상 학교법인의 고유목적사업(비영리사업회계)에 속하는 지의 여부에 따라 사실판단할 사항임 |