정부출연금에 대한 계산서 교부의무

정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조 제1항의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것임.

[회신] 법인이 중소기업진흥 및 제품구매촉진에 관한 법률에 의하여 기술개발사업의 주관연구기관으로 선정되어 연구개발용역을 공급하는 경우 법인세법 제121조의 규정을 적용함에 있어서 용역의 공급시기는 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조의 규정에 의하는 것으로 귀 질의와 같은 경우에는 기존의 유사한 질의회신사례 우리센터 서이46012-10636(2002.03.27.)을 붙임과 같이 보내드리니 참고하기 바랍니다. ※ 서이46012-10636, 2002.03.27 귀 질의의 경우 정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조 제1항의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 동 연구개발용역이 부가가치세법 제1조의 규정에 의한 부가가치세 과세대상으로서 같은법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 법인세법 제121조제1항의 규정에 의한 계산서를 작성ㆍ교부한 것으로 보는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 산업자원부가 시행하는 “○○ 기술개발”이라는 중기거점기술개발사업을 수행함에 있어, 총괄관리기관(○○연구원)으로부터 각각의 Project를 수행하는 세부주관기관인 당 법인이 받는 정부출연금이 질의 1) ○○연구원에 계산서를 교부하여야 하는지 질의 2) 계산서를 교부하여야 한다면, 계산서의 교부시기는 질의 3) ○○연구원의 요구에 의하여 계산서를 영수증의 의미로 교부하여 주었는데, 매출처별계산서합계표를 신고하여야 하는지와 신고하지 아니한 경우 매출처별계산서합계표 미제출가산세 대상인지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제121조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 법인이 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산서 또는 영수증(이하 “계산서 등”이라 한다)을 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 한다. ○ 법인세법시행령 제164조 【계산서의 작성ㆍ교부 등】 ① 소득세법시행령 제211조 및 동시행령 제212조의 규정은 법 제121조의 규정에 의한 계산서 등의 작성ㆍ교부에 관하여 이를 준용 한다. ○ 소득세법시행령 제211조 【계산서의 작성ㆍ교부】 ① 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 다음 각호의 사항이 기재된 계산서 2매를 작성하여 그 중 1매를 공급받는 자에게 교부하여야 한다. 1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭 2. 공급받는 자의 등록번호와 성명 또는 명칭 3. 공급가액 4. 작성연월일 5. 기타 참고사항 ② 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하는 자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제1항의 규정에 불구하고 영수증을 교부할 수 있다. 다만, 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 사업자등록증을 제시하고 제1항의 규정에 의한 계산서의 교부를 요구하는 때에는 계산서를 교부하여야 한다. 1. 부가가치세법시행령 제79조 의 2 제1항 및 제2항의 규정을 적용받는 사업 2. 부가가치세법시행령 제79조 의 2 제1항 및 제2항에 규정된 사업으로서 부가가치세가 면제되는 사업 3. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 재정경제부령이 정하는 사업 ○ 소득세법시행령 제212조 【매출ㆍ매입처별계산서합계표의 제출 등】 ① 사업자는 법 제78조의 규정에 의한 기한내에 재정경제부령이 정하는 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 제출하여야 한다. 이 경우 매출ㆍ매입처별계산서합계표에는 제211조 제5항의 규정에 의하여 계산서를 교부한 것으로 보는 것을 포함하여야 한다. (1999. 12. 31 후단개정) ② 제211조의 계산서의 작성ㆍ교부 및 제1항의 매출ㆍ매입처별 계산서합계표의 제출에 관하여는 이 영에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 부가가치세법 제16조 및 제20조와 동법시행령 제54조 내지 제59조ㆍ제66조ㆍ제66조의 2 및 제67조의 규정을 준용한다. ○ 부가가치세법 제9조 【거래시기】 ② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다. ③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다. (1994. 12. 22 개정) ○ 부가가치세법시행령 제22조 【용역의 공급시기】 법 제9조 제2항에 규정하는 용역의 공급시기는 다음 각호의 규정에 의한다. 다만, 폐업전에 공급한 용역의 공급시기가 폐업일 이후에 도래하는 경우에는 그 폐업일을 공급시기로 본다. (1978. 12. 30 개정) 1. 통상적인 공급의 경우에는 역무의 제공이 완료되는 때 2. 완성도기준지급ㆍ중간지급ㆍ장기할부 또는 기타 조건부로 용역을 공급하거나 그 공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우에는 그 대가의 각 부분을 받기로 한 때 (1993. 12. 31 개정) 3. 제1호 및 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때 (1977. 12. 30 신설) 4. 제49조의 2 제1항ㆍ제2항 및 제4항의 규정에 의하여 계산하는 공급가액의 경우에는 예정신고기간 또는 과세기간의 종료일 (2001. 12. 31 개정) ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ① 법인세법(이하 “법”이라 한다) 제3조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류(이하 “한국표준산업분류”라 한다)에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 사업을 제외한다. 2. 사업서비스업 중 연구 및 개발업(계약 등에 의하여 그 대가를 받고 연구 및 개발용역을 제공하는 사업을 제외한다) (1999. 12. 31 개정) ○ 법인세법 제76조 【가산세】 ⑨ 납세지 관할세무서장은 법인(대통령령이 정하는 법인을 제외한다)이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 공급가액의 100분의 1에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다. 이 경우 산출세액이 없는 경우에도 가산세는 징수하고, 제2호의 규정이 적용되는 부분에 대하여는 제1호의 규정을 적용하지 아니하며, 부가가치세법 제22조 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 가산세가 부과되는 부분을 제외한다. (1998. 12. 28 개정) 1. 제121조 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 계산서를 교부하지 아니한 경우 또는 교부한 분에 대한 계산서에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 2. 제121조 제5항의 규정에 의하여 매출ㆍ매입처별계산서합계표를 동조에 규정된 기한내에 제출하지 아니하거나 제출한 경우로서 그 합계표에 대통령령이 정하는 기재하여야 할 사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 경우 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서이46012-10636(2002.03.27) 귀 질의의 경우 정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ○○진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조 제1항 의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 동 연구개발용역이 부가가치세법 제1조 의 규정에 의한 부가가치세 과세대상으로서 같은법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 법인세법 제121조제1항 의 규정에 의한 계산서를 작성ㆍ교부한 것으로 보는 것임.