영농조합법인이 자산을 무상수증받고 이를 이월결손금 보전에 충당시 과세여부

영농조합법인이 무상으로 받는 자산의 가액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하되 이월결손금의 보전에 충당하는 금액은 익금에 산입하지 아니하는 것임.

[회신] 귀 마을연합회와 같이 고유목적사업준비금을 손금으로 계상할수 없는 법인으로 보는 단체가 이자소득만 있어 법인세법 제60조의 규정에 의하여 법인세 과세표준의 신고를 하는 경우 이자소득에 대한 원천징수세액은 기납부세액으로 공제 받을 수 있는 것이나 납부할 세액의 계산구조상 환급세액이 발생하지 아니하는 것이며, 영농조합법인이 무상으로 받는 자산의 가액은 각 사업연도의 소득금액 계산상 익금에 산입하되 이월결손금의 보전에 충당하는 금액은 익금에 산입하지 아니하는 것으로 동 조합법인에 대한 법인세 면제 등에 대하여는 조세특례제한법 제66조의 규정을 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 ○ 당해 “○○마을연합회”는 관할세무서장으로부터 승인받은 법인으로 보는 단체로서 1997년, 1998년, 1999년 사업연도는 비영리법인의 이자소득에 대한 과세특례를 적용받아 원천징수된 이자소득에 대하여 환급을 받은바 있음에도 2000년 사업연도부터는 환급이 이루어지지 아니한 바 질의 1) 2000년, 2001년 사업연도에 법인세가 환급되지 아니한 사유, 환급기준 및 대상은 질의 2) 2002년 사업연도에 대한 법인세 신고시 환급을 신청한 후 세무서로부터 환급불가의 통지를 받은 바, 그 이유 및 환급여부는 관할세무서장의 재량 사항인지 질의 3) 당 마을연합회가 보유하고 있는 금융자산을 영리를 목적으로 하는 영농조합법인에게 기부 또는 양도시 수증을 받는 조합법인이 부담해야할 세금액과 기준 및 동 조합이 영리 또는 비영리단체에 따라 과세가 달라지는지 질의 4) 영농조합법인의 법인세 감면범위와 내용은 질의 5) 영농조합법인 설립시 출자금과 동 조합의 운영자금으로 사용하는 금액의 과세여부 및 과세기준은 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제29조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 비영리내국법인(법인으로 보는 단체의 경우에는 대통령령이 정하는 단체에 한한다)이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금(이하 이 조에서 “고유목적사업 등”이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합한 금액의 범위안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다. (2001. 12. 31 개정) 1. 소득세법 제16조 제1항 제1호 내지 제11호의 규정에 의한 이자소득금액 2. 소득세법 제17조 제1항 제5호 의 규정에 의한 증권투자신탁수익의 분배금 3. 특별법에 의하여 설립된 비영리내국법인이 당해 법률에 의한 복지사업으로서 그 회원 또는 조합원에게 대출한 융자금에서 발생한 이자금액 4. 제1호 내지 제3호외의 수익사업에서 발생한 소득에 대통령령이 정하는 율을 곱하여 산출한 금액 ○ 법인세법시행령 제56조 【고유목적사업준비금의 손금산입】 ① 법 제29조 제1항 본문 중 “대통령령이 정하는 단체”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 단체를 말한다. (2001. 12. 31 개정) 1. 제36조 제1항 제1호에 해당하는 단체 (2001. 12. 31 개정) 2. 삭 제 (2001. 12. 31) 3. 법령에 의하여 설치된 기금 (1998. 12. 31 개정) ○ 법인세법시행령 제36조 【지정기부금의 범위】 ① 법 제24조 제1항에서 “대통령령이 정하는 기부금”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 다음 각목의 비영리법인(단체를 포함하며, 이하 이 조에서 “지정기부금단체 등”이라 한다)에 대하여 당해 지정기부금단체등의 고유목적사업비로 지출하는 기부금 (2001. 12. 31 개정) 가. 사회복지사업법에 의한 사회복지법인 (1998. 12. 31 개정) 나. 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교, 기능대학법에 의한 기능대학 또는 평생교육법에 의한 원격대학 다. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 학술연구단체ㆍ장학단체ㆍ기술진흥단체 라. 정부로부터 허가 또는 인가를 받은 문화ㆍ예술단체(문화예술진흥법에 의하여 지정을 받은 전문예술법인 및 전문예술단체를 포함한다) 또는 환경보호운동단체 마. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립하여 주무관청에 등록된 단체 (1998. 12. 31 개정) 바. 의료법에 의한 의료법인 사. 가목 내지 바목의 지정기부금단체등과 유사한 것으로서 재정경제부령이 정하는 지정기부금단체 등 ○ 법인세법 제62조 【비영리내국법인의 과세표준신고 특례】 ① 비영리내국법인은 제3조 제2항 제2호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익( 소득세법 제16조 제1항 제12호 의 비영업대금의 이익을 제외하고, 증권투자신탁수익의 분배금을 포함하며, 이하 이 조에서 “이자소득”이라 한다)으로서 제73조의 규정에 의하여 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) ② 제1항의 규정에 의한 비영리내국법인의 이자소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고와 징수에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법시행령 제99조 【비영리내국법인의 과세표준신고의 특례】 ① 법 제62조 제1항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인은 원천징수된 이자소득 중 일부에 대하여도 과세표준신고를 하지 아니할 수 있다. (1998. 12. 31 개정) ② 법 제62조 제1항의 규정에 의하여 과세표준신고를 하지 아니한 이자소득에 대하여는 수정신고 또는 경정 등에 의하여 이를 과세표준에 포함시킬 수 없다. ○ 법인세법시행규칙 제82조 【서식】 ② 법 제62조 제1항의 규정에 의한 이자소득만 있는 비영리내국법인의 과세표준신고는 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 서식에 의한다. (1999. 5. 24 개정) 1. 별지 제56호 서식의 이자소득만 있는 비영리법인의 법인세ㆍ농어촌특별세과세표준(조정계산) 및 세액신고서 2. 제1항 제10호 내지 제13호의 서류 3. 별지 제27호 서식의 고유목적사업준비금조정명세서 ○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 농업ㆍ농촌기본법에 의한 영농조합법인(이하 “영농조합법인”이라 한다)에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 지방세법 제197조 의 규정에 의한 소득(이하 “농업소득”이라 한다)의 전액과 농업소득외의 소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. (2002. 12. 11 개정) ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2003년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령이 정하는 범위안의 금액에 대하여는 소득세를 면제한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (2002. 12. 11 개정) ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득중 제2항의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2003년 12월 31일까지 지급받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 소득세법 제129조 의 규정에 불구하고 100분의 5로 하고, 이에 대하여는 주민세를 부과하지 아니하며, 당해 배당소득에 대하여는 소득세법 제14조 제4항 의 규정을 적용하지 아니한다. (1998. 12. 28 개정) ④ 대통령령이 정하는 농업인이 2003년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지법에 의한 초지(이하 “초지”라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. (2000. 12. 29 개정) ⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29 개정) ○ 조세특례제한법시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 농지소득 외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액 이하의 금액으로 한다. (2002. 12. 30 개정) 사업연도월수 1천200만원 × 조합원 수 × ─────── 12 ② 법 제66조 제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천200만원 이하의 금액으로 한다. (1998. 12. 31 개정) ③ 법 제66조 제2항 후단의 규정에 의한 농지소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농지소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액 중 농지소득 외의 소득에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다. (2002. 12. 30 개정) 영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 × (배당확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 농업소득 외의 소득금액 / 배당소득확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액)