연봉제 전환된 임원에게 퇴직금 지급 시 처리방법

법인이 토지와 건물을 함께 양도하였으나 토지 및 건물가액이 불분명하여 토지가액과 건물가액 안분계산시 토지 양도시기는 2000년도이고 건물 양도시기는 2002년도인 경우 2000년도에 양도한 토지의 양도가액은 법인세법시행령 제141조 제2항에 의하여 계산하는 것이며, 2002년도에 양도한 건물의 양도가액은 총양도가액에서 당해토지의 양도가액을 차감한 가액으로 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 법인이 토지와 건물을 함께 양도하였으나 토지 및 건물가액이 불분명하여 토지가액과 건물가액을 안분계산시 토지 양도시기는 2000년도이고 건물 양도시기는 2002년도인 경우 2000년도에 양도한 토지의 양도가액은 법인세법시행령 제141조 제2항(2000.12. 29 대통령령 제17033호 개정전의 것)에 의하여 계산하는 것이며, 2002년도에 양도한 건물의 양도가액은 총양도가액에서 당해토지의 양도가액을 차감한 가액으로 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [사실관계] 1999, 3, 18 토지, 건물, 구축물등을 53억에, 잔금지급일을 1999, 10, 16일로 하여, 계약을 체결하였으나, 토지중 일부가 소송에 관련되어 잔금지급일이 이행되지 않다가 2000년 10월 12일 중도금을 받으면서 토지만 등기이전하게 되었으며, 2002년 1월 3일 잔금의 대부분은 받고 2002년 1월 10일경에 건물을 명도하고 2002년 1월 말일경 잔금수령하고 건물등기이전 또한 건물멸실등기가 이루어질 예정입니다. 위 사실관계에 따라 토지양도시기는 2000년에, 건물양도시기는 2002년에 이루어지게 된 경우 아래사항이 궁금하여 질의합니다. [안분방법에대한 질의내용] 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 토지양도당시인 2000년에는 “기존시가가 있는 자산만을 취득하거나 양도한 경우에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산하는 방법”에 의하도록 규정( 법인세법 시행령제141조제2항) 하고 있었으나, 2000년 12월 29일 위 법인세법시행령을 개정하여 토지가액과 건물등의 가액구분이 불분명한 경우에는 부가가치세법시행령 제48조 의 2 제4항 단서의 규정을 준용하여 계산한 가액으로 하도록 보완하였습니다. 위 부가세법시행령 제48조의 2 제4항 제1호에서는 “토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.” 라고 규정하고 있습니다. 결국 2000년과 2002년의 규정을 비교해 보면 표현상 두가지의 차이가 있습니다. 첫째, 기준시가 적용기준일이 2000년에는 양도일로 표시되어있고 2002년에는 공급계액일로 표시되어있어 청구법인의 경우에 있어2000년의 토지양도가액을 계약일로 해야 하는 것인지? 또한 2002년도 건물양도와 관련하여서도 계약일인 1999년의 기준시가로 안분을 해야하는 것인지 궁금합니다. 둘째, 2002년 건물양도와 관련해서는 총공급가액중 건물가액을 안분하는데 있어 부가세법을 준용하도록 하고 있어 산식이 분모에 건물관련 부가세액을 감안 하고 있는것과 비교해서 2000년 토지양도는 총공급가액중 토지가액을 안분하는데 있어 단순히 기준시가만을 참고하여 안분을 한다면 결국 안분후에 당초의 총공급가액이 나타나지 않는 모순이 발생하게 됩니다. 따라서 2000년 토지의 양도, 2002년 건물의 양도에 있어 안분계산하는 방식은 하나의 통일된 방법이 필요하다고 사료되는바 토지양도당시(2000년) 건물양도당시(2002년)의 통일된 안분계산산식을 빠른시일내에 답변해주시기 바랍니다. [중소기업자의 경영안정지원을 위한 양도소득세의 감면에 대한 질의] 토지등기양도일인 2000년 10월12일기준으로 안분계산된 토지가액중 상당한액수는 받지않은 상태에서 토지만을 등기이전하게되어 세법상 토지양도일이 도래하였으므로 2001년 법인세신고시 토지잔액에 대하여는 미수금으로 처리하고 받은 돈은 부채상환했으며 특별부가세는 토지안분액 전체에대해 계산하여 기상환금액에대해서는 감면을 받았습니다. 그후 2002년 1월 토지잔금과 건물대금을 받아 부채를 상환했을 경우 토지잔액으로 부채상환한것에 대하여 조세특례제한법 제36조 의 감면혜택을 받을 수 있는 방법이 있는지 질의합니다.