정부연금이 계산서발행 및 매출서별계산서합계표 제출대상인지 여부

정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 ??진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 정보통신부가 시행하는 정보통신산업기술개발사업의 주관연구기관으로 선정된 영리법인이 동 사업의 관리기관인 〇〇진흥원에게 연구개발용역을 공급하고 그 대가를 받는 경우 법인세법 제121조제1항의 규정에 의한 계산서를 작성하여 공급받는 자에게 교부하여야 하는 것이나, 동 연구개발용역이 부가가치세법 제1조의 규정에 의한 부가가치세과세대상으로서 같은법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 작성ㆍ교부한 경우에는 법인세법 제121조제1항의 규정에 의한 계산서를 작성ㆍ교부한 것으로 보는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [질의사항] 하기의 정부연금이 용역의 공급대가에 해당하여 계산서 발행 및 매출처별계산서합계표 제출대상인가에 대하여 질의드립니다. [상황설명] 당사는 1999년 정보통신부에서 시행하는 “ 정보통신산업기술개발사업 ”에 당사가 제출한 연구개발과제가 채택되어, 1999년8월과 12월 2차에 걸쳐 정보통신부 산하의 사업관리기관인 〇〇진흥원 으로부터 정부출연금을 지원받았습니다. 당사의 개발과제는 2000년6월까지 완료되어 보고되었으며 지원받은 출연금중 개발관련하여 집행하고 남은 일부 잔액을 관련규정에 따라 관리기관에 반납하였습니다. 그 후 당사의 개발과제는 2000년 10월에 관리기관으로 부터 아주 우수한 성공으로 평가되었습니다. 정보통신산업기술개발사업 관리요령 제28조(기술료의 징수)및 연구개발협약서에 따라 당사는 2001년부터 2005년까지 향후 5년간 당해 기술로 인한 순매출액의 2%를 기술료로 납부하게 됩니다. 정부출연금 수령시 〇〇진흥원은 당사에 출연금액에 해당하는 계산서의 발행을 요구였고, 당사는 단순한 자금의 입금을 증빙하는 의미로 인식 하고 계산서를 발행하였습니다. 당사는 출연금을 용역의 공급대가로 보지 않고 조건부차입금 으로 회계처리하였으며 또한 매출처별계산서합계표도 세무서에 제출하지 않았습니다. 하지만 관리기관인 〇〇관리단은 매입처별계산서합계표를 세무서에 제출하여 당 건과 관련하여 세무서에서 계산서 불부합자료 소명을 요구받게 되었습니다. 소규모 벤처기업인 당사의 소견으로는 당 건과 관련하여 가산세가 부가된다면 상당한 자금부담이 되고 또한 억울하다고 사료됩니다. 상기의 정부출연금과 관련하여 관리기관과 당사, 세무서간의 혼란 및 의문이 있는 바, 질의를 드립니다.