연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는지 여부

내국법인이 과학기술부장관에게 기업의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우, 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 사실관계가 불분명하여 회신이 곤란하나, 질의 법인이 중소기업기본법에 의한 중소기업에 해당하는 경우라면 기존 질의회신사례 서이46012-10838(2001.12.28.)호, 법인46012-1902(2000.09.09.)호, 법인46012-1827(1997.07.04)호 및 서이46012-11318(2002.07.09.)호를 참고하시기 바랍니다. ※ 서이46012-10838, 2001.12.28 내국법인이 기술개발촉진법시행규칙 제5조의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 기업의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있으며 공동으로 기술개발에 참여하여 제작하는 연구개발 시험체의 제작비용을 분담하는 경우 공동연구 비용이 발생한 회계연도에 동 시험체의 성공여부에 관계없이 조세특례제한법 제10조에 의한 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 당 법인은 불소성 비철금속 용해용 도가니 제조에 대한 기술을 혁신할 목적으로 “중소기업청장”, “당 법인”, “○○대학교 ○○연구소”를 각각의 계약당사자로 하여 “중소기업기술혁신개발사업 협약서(계약기간 : ′99.04.15.~2000.04.14., 개발비 : 정부출연 3천만원, 당사 5천만원)”을 체결하고 자체적으로 해결하기 어려운 분야에 대하여 ○○대학교에 기술개발사업위탁비로 15,000천원을 지급하였으며, 기술개발 수행 후 지적소유권 및 발생품의 귀속은 당사가 소유하되 기술개발이 성공적으로 판정ㆍ통보된 경우 정부출연금의 30%를 중소기업청장에게 다시 납부하기로 하고 천만원을 반납한 경우 질의 1) 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용하기 위하여 경정청구를 할 수 있는 지와 경정청구가 가능하다면 그 범위는 (당사 부담분을 포함한 전체금액 인지 아니면 ○○대학교에 위탁한 금액만 인지) ※당사는 과학기술부장관에게 연구개발전담부서로 신고확인 받은 바 없음 질의 2) 위 금액이 발생하기 전 3개년도에는 연구ㆍ인력개발비로 지출한 금액이 없는 경우 직전 4년간 평균지출액의 계산은 질의 3) 기업합리화적립금의 적립의무 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ① 내국인(대통령령이 정하는 부동산업 및 소비성서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구ㆍ인력개발비” 라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법 중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다. 다만, 중소기업이 아닌 자에 대하여는 제1호의 규정만 적용한다. 1. 당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비가 당해 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비가 연평균발생액을 초과하는 경우 당해 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 2. 당해 과세연도에 발생한 연구ㆍ인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액을 당해 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제하는 방법 ② 제1항 제1호의 규정에 의한 4년간 발생한 연구ㆍ인력개발비의 연평균발생액의 계산에 관하여는 대통령령으로 정한다. (2000. 12. 29 개정) ○ 조세특례제한법시행령 제9조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】 ② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 별표 6의 비용을 말한다. ③ 법 제10조 제2항의 규정에 의한 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 연평균발생액의 계산은 다음 산식에 의한다. 이 경우 당해 내국인의 최초 과세연도개시일부터 당해 과세연도개시일까지의 기간이 48월 미만인 경우에는 동 기간에 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액을 48월로 환산한 금액을 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액으로 본다. (2000. 12. 29 개정) 당해 과세연도개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구 및 인력개발비의 합계액 당해 과세연도의 월수 ─────────────── × ──────────── 4 12 ○ 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2000. 12. 29 개정) 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서이46012-10838(2001.12.28.) 내국법인이 기술개발촉진법시행규칙 제5조 의 규정에 의하여 과학기술부장관에게 기업의 연구개발 전담부서를 적법하게 신고하여 확인서를 교부받은 경우 신고일 이후 발생되는 비용에 대하여 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있으며 공동으로 기술개발에 참여하여 제작하는 연구개발 시험체의 제작비용을 분담하는 경우 공동연구 비용이 발생한 회계연도에 동 시험체의 성공여부에 관계없이 조세특례제한법 제10조 에 의한 연구 인력개발비 세액공제를 적용받을 수 있는 것임. ○ 법인46012-1902(2000.09.09) 조세특례제한법 제10조 제1항 제1호 의 규정에 의한 세액공제액을 계산함에 있어 계속사업자의 당해 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 지출한 기술ㆍ인력개발비의 연평균지출액은 지출액이 없는 연도가 있더라도 직전 4년간 지출액의 단순합계액을 평균한 금액으로 하는 것임. ○ 법인46012-1827(1997.07.04.) 건설업을 영위하는 내국법인이 건설관련 신기술이나 신공법의 개발을 목적으로 민법 제32조 의 규정에 의하여 설립된 비영리법인에게 조세감면규제법시행령 제9조 제2항 관련별표 4의 1. 기술개발란의 2. 위탁 및 공동기술개발비용을 지출하였을 경우에는 동법 제9조 제1항의 규정에 의한 기술 및 인력개발비세액공제를 적용받을 수 있는 것이나 귀 법인의 경우가 이에 해당하는지의 여부는 사실판단할 사항임. ○ 서이46012-11318(2002.07.09.) 중소기업기본법에 의한 중소기업에 해당하는 법인이 1998.12.31. 및 1999.12.31. 종료하는 사업연도에 조세감면규제법 제123조(1998.12.28. 전면개정 전의 것) 및 조세특례제한법 제145조 의 규정에 의한 기업합리화적립금 적립대상 감면세액상당액(이하 “감면세액”이라 함)을 각각 적용받고 매년 처분가능이익이 있음에도 2001.1.1. 현재까지 적립하지 아니한 경우 1998년 사업연도분 감면세액은 추징하며, 1999년 사업연도분 감면세액은 2000.12.29. 법률 제6297호로 제정되어 2001.12.29. 개정된 조세특례제한법 부칙 제43조의 규정에 따라 사용하여야 하는 것으로서 이 경우 법인세에 20% 가산하여 납부하는 규정은 적용하지 않는 것임.