비영리내국법인이고 수익사업을 영위하는 종교법인의 부동산 양도시 납세의무

비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것임.

[회신] 귀 질의 1)의 경우, 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교단체가 고유목적사업에 사용하지 않던 부동산을 양도하는 경우 법인세법 제3조 제2항 제5호의 규정에 의하여 고정자산의 처분으로 생긴 수입에 대한 법인세와 법인세법 제55조의 2규정에 의하여 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부할 의무가 있는 것이며 질의 2)의 경우, 법인세법 제55조의 2 규정에 의한 토지 등 양도소득에 대한 법인세는 같은조 제1항의 규정에 의하여 “대통령령이 정하는 지역”에 소재하는 토지 등의 양도에 대하여 적용되는 것이며 질의 3)의 경우, 법인세가 면제되는 3년이상 고유목적사업에 사용하던 부동산의 양도에 대한 법인세의 납세의무에 대하여 우리센터의 기존 질의회신문 서이46012-10327(2002.02.26.)호를 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바라며 질의 4)의 경우, 당해 법인이 소유하던 부동산을 국가 등이 시행하는 공공사업상 필요에 의하여 공공용지취득및손실보상에관한법률에 의하여 양도하는 경우 그 토지 등의 양도에 대한 법인세를 감면하지 아니하는 것이며 질의 5)의 경우, 3년 이상 교인묘지로 사용하던 부동산을 양도하는 경우 그 | [ 회 신 ] | | 분묘지 사업이 당해 법인의 고유목적사업에 해당된다면 상기 질의 3)의 경우와 같으며, 이 경우 부동산을 교인묘지로 사용하는 것이 당해 법인의 고유목적 사업에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항입니다. ※ 서이46012-10327, 2002.02.26 비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은법 제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것입니다. | 1. 질의내용 요약 ○ 비영리내국법인에 해당하고 수익사업을 영위하는 종교법인이 소유하고 있는 부동산을 2002년 1월 1일 이후에 양도하는 경우 법인세와 특별부가세의 납세의무에 대하여 질의함 1. 당해 법인이 고유목적사업에 사용하지 아니하던 부동산을 양도할 경우 법인세만 납부하면 되는지? 그 납부세액의 계산방법은? 2. 개정된 법인세법 제55조 의 2의 토지 등 양도소득에 대한 과세특례규정은 구체적으로 어느 경우에 적용되는지? 3. 법인세가 면제되는 3년이상 종교목적사업에 사용한 부동산을 양도하는 경우에도 법인세를 신고하여야 하는지? 4. 당해 법인이 종교목적에 사용하지 아니하던 부동산을 국가 등이 시행하는 공공사업에 필요하여 공공용지취득 및 손실보상에 관한 법률에 의하여 양도하는 경우 법인세감면을 받을 수 있는지? 5. 3년이상 교인묘지로 사용하던 부동산을 양도할 경우 법인세가 면제되는지? (분묘지사업은 본 법인의 정관상 목적사업에 해당) 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제2조 【납세의무】 ① 다음 각호의 법인은 이 법에 의하여 그 소득에 대한 법인세를 납부할 의무가 있다. (1998. 12. 28 개정) 1. 내국법인 (1998. 12. 28 개정) 2. 국내원천소득이 있는 외국법인 (1998. 12. 28 개정) ② 내국법인 및 외국법인에게 제55조의 2 및 제95조의 2의 규정에 의한 토지 등 양도소득이 있는 때에는 이 법에 의하여 법인세로 납부할 의무가 있다. ③ 내국법인 중 국가 및 지방자치단체(지방자치단체조합을 포함한다. 이하 같다)에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다. (2001. 12. 31 개정) ④ 내국법인 및 외국법인과 소득세법에 의한 거주자 및 비거주자는 이 법에 의하여 원천징수하는 법인세를 납부할 의무가 있다. (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법제55조의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 국토이용관리법 제28조 의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전 분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등” 이라 한다)을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득(이하 “토지 등 양도소득” 이라 한다)에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (2001. 12. 31 신설) ② 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2001. 12. 31 신설) 1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) 3. 도시재개발법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) ③ 제1항 및 제2항에서 “미등기 토지 등” 이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2001. 12. 31 신설) ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31 신설 ○ 법인세법시행령 제92조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 법 제55조의 2 제1항에서 “대통령령이 정하는 지역” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역 중 지가가 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다. (2001. 12. 31 신설) 1. 조세특례제한법시행령 별표 7에 규정된 대도시권의 지역 (2001. 12. 31 신설) 2. 개발이익환수에 관한 법률 제2조 제2호 의 규정에 의한 개발사업이 진행 중이거나 예정되어 있는 지역 및 그 인근지역 (2001. 12. 31 신설) ② 법 제55조의 2 제2항에서 제2호에서 “대통령령이 정하는 경우” 라 함은 소득세법시행령 제153조 제1항 의 규정에 의한 경우를 말한다. 이 경우 동항 제3호 단서의 규정 중 “농지소재지에 거주하면서 경작” 은 “경작” 으로 본다. ③ 법 제55조의 2 제2항 제3호에서 “대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 소득을 말한다. 1. 도시개발법 그밖의 법률에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당됨으로써 발생하는 소득. 이 경우 환지처분 및 체비지는 소득세법시행령 제152조 의 규정에 의한 것으로 한다. (2001. 12. 31 신설) 2. 분할(법 제46조 제1항 각호 및 법 제47조 제1항의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ현물출자( 조세특례제한법 제38조 제1항 의 요건을 갖춘 것에 한한다)ㆍ조직변경 및 교환(법 제50조의 요건을 갖춘 것에 한한다)으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) 3. 한국토지공사법에 의한 한국토지공사가 동법에 의한 토지개발사업으로 조성한 토지 중 주택건설용지로 양도함으로써 발생하는 소득 4. 주택을 신축하여 판매(임대주택법에 의한 건설임대주택을 동법에 의하여 분양하는 경우를 포함한다)하는 법인이 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 5배(도시계획구역 외의 토지의 경우에는 10배를 말한다)를 곱하여 산정한 면적 이내의 토지를 양도함으로써 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) 5. 그밖에 공공목적을 위한 양도 등 재정경제부령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) ④ 법 제55조의 2 제3항 단서에서 “그밖에 대통령령이 정하는 토지 등” 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다. (2001. 12. 31 신설) 1. 법률의 규정 또는 법원의 결정에 의하여 양도당시 취득에 관한 등기가 불가능한 토지 등 (2001. 12. 31 신설) 2. 법 제55조의 2 제2항 제2호의 규정에 의한 농지 (2001. 12. 31 신설) ⑤ 제68조의 규정은 법 제55조의 2 제1항의 규정에 의한 토지 등 양도소득의 귀속사업연도에 관하여 이를 준용한다. 다만, 제68조 제3항의 규정에 의한 장기할부조건에 의한 토지 등의 양도의 경우에는 동조 제2항의 규정에 불구하고 동조 제1항 제3호의 규정에 의한다. (2001. 12. 31 신설) ⑥ 법 제55조의 2의 규정을 적용함에 있어서 예약매출에 의하여 토지 등을 양도하는 경우에는 그 계약일에 토지 등이 양도된 것으로 본다. ⑦ 제6항의 규정에 의하여 계약일에 토지 등이 양도되는 것으로 보는 경우의 토지 등 양도소득은 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 기준으로 하여 계산한 수익과 비용 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 수익과 비용을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. 다만, 제69조 제2항의 규정에 의한 작업진행률을 계산할 수 없다고 인정되는 겅우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 계약금액 및 총공사예정비를 그 목적물의 착수일로부터 인도일까지의 기간에 균등하게 배분한 금액 중 제1항에 규정된 지역에 포함되는 기간에 상응하는 금액을 각각 해당 사업연도의 익금과 손금으로 하여 계산한다. (2001. 12. 31 신설) ⑧ 법인이 각 사업연도에 법 제55조의 2의 규정을 적용받는 2 이상의 토지 등을 양도하는 경우에 있어서 토지 등 양도소득은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제55조의 2 제4항의 규정에 의하여 계산한 금액을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 양도당시의 장부가액이 양도금액을 초과하는 토지 등이 있는 경우에는 그 초과하는 금액을 차감하여 토지 등 양도소득을 계산한다. (2001. 12. 31 신설) ○ 조세특례제한법 제82조 【사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제】 ( 삭 제, 2001. 12. 29 ) ① 2003년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등을 당해 법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 특별부가세를 면제한다. 1. 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등 (1998. 12. 28 개정) 2. 종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접 사용한 토지 등 (1998. 12. 28 개정) 3. (이하 생략) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 서이46012-10327(2002.02.26.) ≪질의사항≫ 조세특례제한법 제82조 (사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)와 법인세법 제52조 의 2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)와 관련하여 종교법인 등이 특정지역의 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 법인세로 추가하여 납부하는지? ≪회신내용≫ 비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조 의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은법 제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것입니다.