당해 법인과 비영리법인이 특수관계자에 해당하는지 여부

사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는, 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항의 규정을 적용하는 것임.

[회신] 귀 질의 1의 경우는 관련사례인 우리청의 법인46012-4050(1999.11.22.)을, 질의 2의 경우는 상속세및증여세법시행령 제38조제6항 및 우리센터의 질의 회신문 서일46014-10050(2001.8.31.)을 참고하시기 바랍니다. ※ 법인46012-4050, 1999.11.22 귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항의 규정을 적용하는 것임. 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그는 전출이 없는 것으로 보는 것임. 1. 질의내용 요약 사립학교법에 의한 학교법인이 임대사업을 함께 영위중인 바, 법인회계의 임대운용소득의 일부와 예적금 등의 이자에 대한 수익사업회계에서 비수익사업회계로 전출하는 경우 고유목적사업준비금의 사용금액으로 볼 수 있는지와 - 비수익사업회계로 전입된 이후 운용소득의 일부를 수익용재산을 취득하는 데 사용하는 경우에도 당초의 고유목적사업준비금의 사용으로 보는 것이 무효화되지 아니하는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 상속세및증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산산입 등】 ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000. 12, 29 개정) 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다. 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우 (2000. 12. 29 개정) 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000.12.29 신설) 5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우 ○ 상속세및증여세법시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 ⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 “대통령령이 정하는 기준금액” 이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 “운용소득” 이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “사용기준금액” 이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. (2000. 12. 29 개정) 1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 법인세법 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액 (2000. 12. 29 개정) 2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금 (2000. 12. 29 개정) ⑥ 법 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 의한 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호의 규정에 의하여 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. (2000. 12. 29 개정) 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 법인46012-4050, 1999.11.22. (질의) 사립학교법에 의하여 설립되어 조세특례제한법 제74조 제1항 제1호 의 규정을 적용받는 법인이, 고유목적사업인 교육사업과 수익사업인 부동산임대업을 영위하면서 교육사업과 수익사업을 총괄하는 재단이 별도의 조직으로 운영되고 있음(교육사업과 수익사업의 총괄업무 이외의 별도 사업은 없음). 그리고 그 회계는 고유목적회계인 학교회계, 수익사업회계인 임대회계와 재단회계로 구분경리하고 있는 경우, 수익사업회계에 속하는 자산(당좌자산)을 재단회계(학교회계가 아님)에 전입하는 금액에 대해 다음 사항을 질의함. ① 재단을 비영리사업으로 보아 법인세법시행규칙 제76조 제4항 후단의 규정을 적용하여 비영리사업에 지출한 것으로 경리하여야 하는지, 아니면 재단을 비영리사업으로 보지 아니하여 재단회계에 전입한 금액을 수익사업간의 전입으로 경리하여야 하는지. ② 그리고 재단회계에 전입한 금액이 법인세법 제29조 제2항 및 동시행령 제56조제5항에 규정한 고유목적사업에 지출한 것에 해당하는지, 아니면 학교회계에 전입한 금액만이 고유목적사업에 지출한 것에 해당하는지. (회신) 귀 질의의 경우 사립학교법에 의한 학교법인이 수익사업회계에 속하는 자산을 비영리사업회계에 전출한 경우에는 이를 비영리사업에 지출한 것으로 보아 법인세법 제29조 제2항 의 규정을 적용하는 것임. 다만, 당해 전출의 행위가 명목뿐인 경우로서 당해 재산을 계속하여 수익사업에 사용하거나, 동 자산이 전출후에도 수익사업과 비영리사업에 공통되는 경우에는 그는 전출이 없는 것으로 보는 것임. ○ 재법인46012-125, 2000.8.18. 【질의】 (상황) 1. 질의 법인은 ○○학원(○○대학교)으로서 수익사업으로 ○○병원, □□병원 등의 대학부속병원업을 영위하고 있으며, 본원의 회계처리는 사립학교법 제29조 에 의하여 학교회계(교비회계와 부속병원회계로 구분)와 학교법인의 업무에 속하는 회계(일반업무회계와 수익사업회계로 구분)를 구분하여 경리하고 있으며 학교회계중 부속병원회계는 수익사업회계에 해당됨. 2. 이 경우 수익사업회계인 병원회계에서 발생한 수익을 고유목적사업준비금으로 계상하였고, 동 고유목사업준비금 전액을 학교법인의 업무에 속하는 회계인 일반업무회계로 전출하였으며, 일반업무회계에서 동 자금으로 ○○의 대학부속병원을 신축하여 이를 부속병원회계로 출자한 경우 <질의사항> 수익사업회계인 부속병원회계의 고유목적사업준비금을 법인의 일반업무회계로 지출한 것이 상기 법인세법 제29조 및 동법시행령 제56조에 의한 사용에 해당하는지 여부에 대하여 질의함. 【회신】귀 질의와 같이 학교법인의 병원회계의 수익을 고유목적사업준비금으로 설정하고 일반업무회계로 전출한 후 일반업무회계에서 대학병원의 의료시설에 재투자하는 것이 법인세법 제29조 와 동법시행령 제56조 및 동시행규칙 제76조에 의한 고유목적사업준비금의 적법한 사용에 해당하는 지의 여부는 의료시설의 재투자가 학교법인의 정관ㆍ 사립학교법 및 사학기관재무회계특례규칙 등의 규정상 학교법인의 고유목적사업(비영리사업회계)에 속하는 지의 여부에 따라 사실판단할 사항임 〔질의2〕운용소득을 고유목적사업준비금으로 손금산입한 경우 상속세및증여세법상 직접공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 ○ 사립학교법인이 수익용재산인 예ㆍ적금과 임대용 부동산의 운용으로 발생한 운용소득을 향후 학교의 이전 및 신축 등 고유목적사업에 지출하기 위하여 법인세법 제29조제1항 의 규정의 고유목적사업준비금으로 손금산입하고 동 금액을 수익사업회계에서 비영리사업회계로 전출하는 경우 - 이를 상속세및증여세법 제48조제2항 제4의2호 및 동법시행령 제38조제6항 규정의 1년 이내 직접 공익목적사업에 사용한 실적으로 볼 수 있는지 여부 ○ 서일 46014-10050, 2001.08.31 상속세및증여세법 제48조제2항제4호 의2 및 같은법시행령 제38조제5항ㆍ제6항의 규정에 의하여 공익법인등이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하여 얻은 소득은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 100분의 70 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는 것이며, 운용소득으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 재산을 신축하는 경우 직접공익목적사업에 사용한 시기는 공사비를 지급한 때를 말하는 것임.