교회명의의 주택을 양도하여 그 대금을 사용시 법인세가 과세되는지 여부

비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하여야 하며, 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우 관련 질의회신인 우리청의 법인46012-987(1998.4.22.) 및 서이46012-10327(2002.2.26.)와 재정경제부의 재재산46014-280(2001.11.20.)을 참고하시기 바랍니다. ※ 서이46012-10327, 2002.02.26 비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조의 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 제60조의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은법 제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임 1. 질의내용 요약 교회명의의 주택을 담임목사가족이 5년, 부목사가 4년을 사용하다가 양도하여 그 대금으로 종교용으로 사용하고자 하는 바, 법인세가 과세되는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 법인세법 제55조 의 2 【토지 등 양도소득에 대한 과세특례】 ① 국토이용관리법 제28조 의 규정에 의하여 건설교통부장관이 조사한 당해 지역의 직전 분기의 평균지가가 직전전 분기 대비 100분의 3 이상 상승하거나 전년도 동분기 대비 100분의 10 이상 상승한 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 소재하는 토지 및 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함하며, 이하 이 조 및 제95조의 2에서 “토지 등” 이라 한다)을 양도한 경우에는 그 양도로 인하여 발생한 소득(이하 “토지 등 양도소득” 이라 한다)에 100분의 10(미등기 토지 등의 양도소득에 대하여는 100분의 20)을 곱하여 산출한 세액을 토지 등 양도소득에 대한 법인세로 하여 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제55조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. (2001. 12. 31 신설) ② 다음 각호의 1에 해당하는 토지 등 양도소득에 대하여는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 미등기 토지 등에 대한 토지 등 양도소득에 대하여는 그러하지 아니하다. (2001. 12. 31 신설) 1. 파산선고에 의한 토지 등의 처분으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) 2. 법인이 직접 경작하던 농지로서 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) 3. 도시재개발법 그 밖의 법률의 규정에 의한 환지처분 등 대통령령이 정하는 사유로 인하여 발생하는 소득 (2001. 12. 31 신설) ③ 제1항 및 제2항에서 “미등기 토지 등” 이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 장기할부조건으로 취득한 토지 등으로서 그 계약조건에 의하여 양도 당시 그 토지 등의 취득등기가 불가능한 토지 등 그 밖에 대통령령이 정하는 토지 등을 제외한다. (2001. 12. 31 신설) ④ 토지 등 양도소득은 토지 등의 양도금액에서 양도 당시의 장부가액을 차감한 금액으로 한다. (2001. 12. 31 신설) ⑤ 제1항 내지 제4항의 규정을 적용함에 있어서 당해 사업연도에 토지 등의 양도에 따른 손실이 있는 경우 등의 양도소득 계산방법, 토지 등의 양도에 따른 손익의 귀속사업연도 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31 신설) ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업” 이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28 개정) 5. 고정자산( 고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다) 의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28 개정) ○ 법인세법시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것” 이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업 (제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998. 12. 31 개정) 나. 관련사례(판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서이46012-10327,2002.02.26 (질의) 조특법 제82조(사회복지법인 등에 대한 특별부가세의 면제)와 법인세법 제52조 의 2(토지 등 양도소득에 대한 과세특례)와 관련하여 종교법인 등이 특정지역의 토지 등을 양도하는 경우 양도소득세를 법인세로 추가하여 납부하는지 (회신) 비영리내국법인에 해당하는 종교법인이 법인세법 제55조 2의 규정에 의한 토지 등의 양도소득이 있는 경우에는 토지 등의 양도에 대한 법인세를 제60조의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하여야 하는 것이며, 동 법인이 같은법 제3조제2항제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하지 아니하는 경우에는 같은법 제62조의 2의 규정에 의하여 자산양도소득에 대한 과세특례규정을 적용할 수 있는 것임 ○ 재재산46014-280, 2001.11.20 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 교회의 부목사 또는 전도사가 교회로부터 제공된 사택을 3년 이상 사용한 경우 당해 사택은 조세특례제한법 제82조 제1항 제2호 에서 규정하는 “종교의 보급 기타 교화를 목적으로 설립된 법인이 그 고유목적에 3년 이상 직접사용한 토지 등” 에 해당하는 것이나, 부목사 또는 전도사가 종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하였는지 여부, 교화업무를 전업으로 하는 부목사 또는 전도사가 사택을 3년 이상 사용하였는지 여부 등은 과세관청에서 사실판단할 사항임 ○ 법인46012-987, 1998.4.22 종교법인이 정관에 규정된 고유목적사업을 수행하기 위하여 당해법인에 소속되어종교의 보급 기타 교화업무를 전업으로 하는 성직자 에게 사택으로 제공한 부동산은 법인세법시행령 제2조 제2항 의 규정에 의한 “고유목적사업에 직접 사용한 고정자산” 및 조세감면규제법 제74조 제1항 제2호의 규정에 의한 “고유목적사업에 직접 사용한 토지등” 에 해당되는 것이나, 교화업무를 전업으로 하는 성직자가 아닌 자가 사택으로 사용하는 부동산은 이에 해당하지 아니하는 것이며 위 사택이 처분일 현재 3년이상 계속하여 고유목적사업에 사용되었는지 여부 및 당해법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 양도하였는지 등은 사실판단할 사항임