세금계산서 재발행을 거부하고 수정신고를 요구하는 경우 적법한 처리방법

공사를 완료하지 못하고 중도에 공사계약 해지통보를 하여, 기성부분의 잔액에 대한 대가가 확정되지 아니하는 경우, 공급시기는 공사해지통보 후 그 기성부분의 잔액이 확정되는 때로 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우에는 질의내용이 불분명하여 명확한 답변을 드리기가 어려우나, 붙임 관련 참고자료의 조세법령과 유사사례 【(부가46015-2543, 1996.12.11)외 4건】를 보내드리니 참고하시기 바라며, 이에 해당하는지는 사실관계를 종합적으로 검토하여 사실판단할 사항입니다. ※ 부가46015-2543, 1996.12.11 사업자가 중간지급조건부로 건설용역을 제공함에 있어 계약금 및 중도금에 대한 세금계산서를 교부한 후 당초 공사계약 내용대로 공사를 완료하지 못하고 중도에 공사계약 해지통보를 하여 기성부분의 잔액에 대한 대가가 확정되지 아니하는 경우 당해 기성부분 잔액의 공급시기는 당해 공사해지통보 후 그 기성부분의 잔액이 확정되는 때인 것이며, 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 부가가치세법 제16조 규정에 의한 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것임. 1. 질의내용 요약 ○ 건설업을 영위하는 당사(갑)와 하도급계약에 의하여 건설용역을 제공하는 사업자(을)가 공사를 진행하던 중 당초 계약이 해지되어 계약이 해지된 시점까지의 기시공한 하도급 기성부분에 대하여 “을”은 세법의 적법한 절차대로 기성청구로서 기 시공한 공사부분에 대한 기성청구분(약 17억) 세금계산서를 2001년 제2기중(2001.12.31)에 당사에 교부하고 매출과세표준으로 신고하였으나, “당사(갑)”는 당해 기성금액에 이의가 있어 매입세액으로 신고하지 아니한 경우로서 당해 기성금액에 대하여 법원에 조정을 신청한 바, 2002년 1기 중 법원의 조정조서(2002.05.27)에서 금액이 감되어 확정(약 9억 7천만원)됨. (질의) 상기의 경우에 있어서 “당사(갑)”는 확정된 공사대금을 지급코자 “을”에게 세금계산서의 재발행을 요구하였으나 “을”은 재발행이 안된다고 하며 당사에게 수정신고를 요구하는 바, 본 사항과 관련한 적법한 처리방법은 무엇인지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙) ○ 부가가치세법 제16조 【세금계산서】 ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서” 라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그 교부시기를 달리할 수 있다. (이하생략) ○ 부가가치세법시행령 제59조 【수정세금계산서】 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. ○ 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】 ① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서에게 청구할 수 있다. 1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 나. 유사사례 (기본통칙, 판례ㆍ심판례, 심사례, 예규 등) ○ 부가46015-2543, 1996.12.11 사업자가 중간지급조건부로 건설용역을 제공함에 있어 계약금 및 중도금에 대한 세금계산서를 교부한 후 당초 공사계약 내용대로 공사를 완료하지 못하고 중도에 공사계약 해지통보를 하여 기성부분의 잔액에 대한 대가가 확정되지 아니하는 경우 당해 기성부분 잔액의 공급시기는 당해 공사해지통보 후 그 기성부분의 잔액이 확정되는 때인 것이며, 사업자가 공급시기가 도래하기 전에 부가가치세법 제16조 규정에 의한 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 보는 것임. ○ 부가46015-1067, 1999.05.27 【질의】 1995. 10.부터 1997. 3.까지를 공사기간으로 하여 도급인 조○○와 수급자 ○○○○(주)간에 도급금액 730,000,000(부가세포함가액 803,000,000)으로 도급계약을 체결하고 수급자는 기성청구시 정상적으로 세금계산서를 발행하여 적법한 기간내에 매출세를 납부하였으나, 도급인으로부터 공사대금은 8회로 분할하여 총612,300,000원만 지급받고 잔금 190,700,000원을 지급받지 못한 분쟁이 발생하여 목적지 관할법원에 조정을 신청하여 조정결정판결을 받은 바, (이하생략) 【회신】 사업자가 건설용역을 공급하고 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 당초의 공급가액에 차감되는 금액이 발생한 경우에는 동법시행령 제59조 단서의 규정에 의하여 그 발생한 때(귀 질의의 경우 법원의 조정결정판결을 받은 때)에 감액수정세금계산서를 교부하는 것임. ○ 부가46015-4046, 2000.12.16 사업자가 세금계산서를 교부한 후 당초 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부하는 것이며 이 경우 추가되는 금액 또는 차감되는 금액은 그 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 추가하거나 또는 차감하는 것임. ○ 부가46015-589, 1991.05.13 사업자가 계약에 의하여 재화나 용역을 공급한 후 당초 계약내용과의 변경 사유가 발생하여 사업자간의 합의에 의해 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하여 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 것이며, 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액에 대한 수정세금계산서를 교부받은 날이 속하는 예정 또는 확정 신고기간에 제출하는 경우에는 자기의 매출세액에서 매입세액으로 공제받을 수 있는 것임. ○ 부가46015-3304, 2000.09.23 1. 사업자가 자기의 사업과 관련하여 교부받은 세금계산서를 부가가치세 신고시 신고 누락하였을 경우 신고누락한 세금계산서의 매입세액은 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 규정에 의한 경정청구시에 매입처별세금계산서합계표를 제출하여 공제받을 수 있으며 이 경우 부가가치세법 제22조 제4항 의 규정에 의한 가산세는 적용되지 아니하는 것임. 2. 다만, 매입세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출함으로써 매입세금계산서합계표에 의하지 아니하고 세금계산서에 의하여 매입세액을 공제받는 경우에는 동법 동항의 가산세는 적용되는 것임.