연구개발지원기금을 연구용역의 대가로 수령시 부가가치세 과세여부

사업자가 국가 등이 시행하는 연구개발사업의 수행과 관련하여 연구용역을 제공하고 그 대가로 지원기금을 수령하는 경우에는 당해 연구용역의 부가가치세 과세여부에 따라 세금계산서 또는 계산서를 교부하여야 하는 것임.

[회신] 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금 및 공공보조금은 부가가치세 과세표준에 포함되지 아니하는 것이나, 사업자가 국가 등이 시행하는 연구개발사업의 수행과 관련하여 연구용역을 제공하고 그 대가로 지원기금을 수령하는 경우에는 당해 연구용역의 부가가치세 과세여부에 따라 세금계산서 또는 계산서를 교부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 당 회사는 원자력 발전소 설계업무를 주업으로 하는 발전회사이며 사내 부설연구소가 설치 운영되고 있음. □ 전력산업연구개발사업 협약서의 일반적 사항 ○ 지원목적 : 전원개발 촉진, 전력수급 안정 및 전력산업 경쟁력 제고를 위해 전력산업조성사업의 일환으로 추진되는 것임(산업자원부 공고 2002.05.27. 참조) ○ 기술개발과제명 : 위험도 및 성능기준 원전화재 분석 방법 및 적용기술 ○ 협약사업기간 : 2002. 09. 01 ~ 2004. 08. 31(12개월) ○ 총협약금액 : 344,000천원 ○ 협약당사자 및 협약내용 : 산업자원부와 ○○(주)(이하 “갑”이라 한다)간 총괄협약을 하여 갑은 총괄관리기관(전력산업연구개발사업운영요령 제12조)이 되고 ○○(주)(이하 “을”이라 한다)의 부설연구소는 연구주관기관으로 연구과제를 수행함. 따라서 전력산업연구개발사업 협약체결은 갑과 을 쌍방간에 협약을 체결함. ○ 지원기금은 총괄관리기관인 갑을 통해 입금되며, 을의 부담금과 정부기금을 을명의의 기업자유예금에 입금하며 전력산업연구개발사업운영요령 제28조(연구개발사업비의 관리 및 사용)에 따라 관리 및 사용됨(을부담금 172,000천원, 기금부담금 172,000천원) ○ 지적 소유현황 : 전력산업연구개발사업 협약서 제8조에 의하면 산업재산권 유형적 발생품 중 기금출연금 지분에 상당하는 지분은 기술개발완료시까지는 정부소유로 하고, 다만, 을이 기금출연금 지분에 대한 정액기술료를 전담기관에 납부한 시점부터는 을의 소유가 됨. * 연구개발사업이 “성공”으로 평가되어 기술료 징수대상 과제로 확정된 연구개발과제에 대해서는 을은 실시기업과 협약을 체결함에 있어서 기술료 징수율은 정부출연금 30%를 징수함(전력산업연구개발사업운영요령 제34조) ○ 기타 : 기술개발사업 결과를 공개하거나 발표할 경우 반드시 본 기술개발사업이 산업자원부 전력산업연구개발사업으로 수행된 것임을 밝혀야 하며 전체사업이 실시권 공유에 대하여 차질이 없는지를 갑에게 사전에 확인을 받아야 함. - 상기의 협약내용에 의하여 을이 갑을 통해 받는 지원기금을 연구용역의 대가로 판단하여 세금계산서 또는 계산서를 교부하여야 하는지 아니면 재화 또는 용역의 공급대가와 관련없는 순수한 지원금에 해당하는 것인지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령(법률,시행령,시행규칙) ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ①항 생략 ② 다음 각호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 1. 에누리액 2. 환입된 재화의 가액 3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손ㆍ훼손 또는 멸실된 재화의 가액 4. 국고보조금과 공공보조금 5. 공급대가의 지급지연으로 인하여 지급받는 이자로서 대통령령이 정하는 연체이자 (1999. 12. 28 개정) ③항~⑤항 생략 ○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】 ①항~⑨항 생략 ⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. (2001. 12. 31 신설) ⑪항~⑫항 생략