공유수면매립공사 관련 업무처리지침 적용여부

공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립ㆍ준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당됨.

[회신] 귀 질의의 경우 공유수면매립공사의 부가가치세 과세여부에 대하여는 붙임 관련 참고자료의 조세법령과 유사사례의 질의회신문【(재정경제부 소비46015-71, 1998.05.09)】내용을 참고하시기 바랍니다. ※ 재정경제부 소비46015-71, 1998.05.09 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립ㆍ준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당됨. 1. 질의내용 요약 ○ 사업자가 정부로부터 1994년 공유수면매립면허를 받아 1995년부터 2000년까지 공유수면매립공사를 시행하여 2001.06.27 준공인가를 받은 경우로서 당초 부가가치세 신고시 매립공사와 관련된 매입세액을 공제하였으나, 1999.8월 A청과 2002.1월 B청 세무조사시 공제한 매입세액에 대하여 불공제하여 추징된 경우인 바, 국세청의 “공유수면매립공사 관련 업무처리지침(2001.06.28)”에 근거하여 부가가치세를 과세할 수 있는 것인지 여부 및 A청과 B청 모두 부가가치세가 과세된다면 불공제하여 추징된 매입세액 중 부과제척기간이 경과한 매입세액도 소급하여 환급이 가능한지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙) ○ 부가가치세법 제1조 【과세대상】 ① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다. 1. 재화 또는 용역의 공급 ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액” 이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액” 이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액” 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액” 이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 ○ 부가가치세법시행령 제60조 【매입세액의 범위】 ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 토지관련 매입세액” 이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다. (2002. 12. 30 개정) 1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액 2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액 3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) ○ 재정경제부 소비46015-71, 1998.05.09 공유수면매립법에 의하여 공유수면매립면허를 받은 자가 공유수면을 매립ㆍ준공한 후 그 대가로 공사비에 상당하는 매립지의 소유권을 취득하는 경우에는 부가가치세 과세대상인 용역의 공급에 해당됨.