주거지역 편입된 농지의 감면대상 양도소득금액 범위

감면대상 자경농지가 주거지역등에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 조세특례제한법에 따라 계산한 금액에 한하여 감면함.

[회신] 「조세특례제한법」 제69조(자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에 해당하는 감면대상 자경농지(당해 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 통산하여 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 사실이 있는 양도일 현재 농업소득세 과세대상이 되는 농지를 말함)에 해당하더라도 당해 토지가 2002.1.1. 이후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항의 규정에 의하여 계산한 금액에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 편입일 이후 발생되는 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것이며, 여기서 “편입된 날”이라 함은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의거 도시관리계획 결정내용(지역지구구역도시계획시설, 위치, 면적규모 등)을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날(시ㆍ도지사가 하는 경우에는 당해 시ㆍ도의 공보에 고시한 날)을 말하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 양도부동산은 ○○시 △△5지구 택지개발구역에 소재하는 농지(전)으로서 1989.05.15. 취득하여 2006.06.09. 대한주택공사에 수용되었음. - 양도인은 취득시부터 양도시까지 당해 농지에 농작물 및 묘목인 단풍나무 500주와 느티나무 1,000주를 양도인외 공동취득자들과 함께 재배하여 왔으며, 2006.06.09. 양도시에 대한주택공사로부터 토지위의 묘목인 지장물을 평가받아 보상금액으로 양도인의 소유지분 3,000,000원을 수령받았음. * 대한주택공사에 토지수용되었던 2006.06.09. 현재까지도 재배작물을 경작하였으므로 경작사실확인서(농업손실보상금 신청용)를 제출하고 평가받은 재배 작물임. - 양도일 현재 양도부동산은 토지이용계획 확인서에 의하면 자연녹지지역으로서 택지개발예정지구 기타(도시개발구역)임. - 양도토지는 택지개발구역내 토지로 대규모 개발사업지역으로서 개발계획이 승인되어 2004.09.30.(□□도 2004-256호) 고시되었음. ○ 질의내용 - 이러한 경우 조세특례제한법 제69조 제1항 단서규정에 따라 감면대상양도소득금액에 대하여 도시관리계획의 결정내용( 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제36조 의 용도지역 지정에 관한 계획, 위치, 면적, 규모 등)을 고시한 것으로 보아 감면대상 양도소득금액을 취득시부터 2004.09.30.까지 감면을 적용하고 2004.10.01.부터 2006.06.09.까지는 양도소득세를 과세하는 것인지 - 용도지역이 주거지역으로 고시하였어도 고시일인 2004.09.30.으로부터 양도일인 2006.06.09.은 3년이 경과하지 아니하였으므로 감면대상 양도소득금액을 취득일인 1989.05.15.부터 2006.06.09.까지(약17년)에 대하여 감면대상 양도소득금액으로 감면 신청할 수 있는지 여부 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외 한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시 ( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다) 에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지 . 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정) 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정) ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준 으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액 을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 × ─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) ⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출 하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2003. 12. 30. 항번개정) ⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설) ○ 조세특례제한법 시행규칙 제27조 【농지의 범위 등】 ① 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실지로 경작에 사용되는 토지로 하며, 농지경영에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농도ㆍ수로 등을 포함하는 것으로 한다. (2005. 12. 31. 개정) ② 영 제66조 제4항 및 제67조 제3항의 규정에 의한 농지에 해당하는지의 여부 확인은 다음 각 호의 기준에 의한다. (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 1. 양도자가 8년(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 따른 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 이상 소유한 사실이 다음 각 목의 어느 하나의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 가. 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 등기부 등본 또는 토지대장 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 나. 가목에 따른 방법으로 확인할 수 없는 경우에는 그 밖의 증빙자료의 확인 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 2. 양도자가 8년 이상(「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사, 「농업·농촌기본법」에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인에게 양도하거나 영 제67조 제3항 제1호 및 제2호에 따른 종전의 농지를 양도하는 경우에는 3년) 농지소재지에 거주하면서 자기가 경작한 사실이 있고 양도일 현재 농지임이 다음 각 목 모두의 방법에 의하여 확인되는 토지일 것 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 가. 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통한 주민등록표 등본의 확인. 다만, 신청인이 확인에 동의하지 아니한 경우에는 그 서류를 제출하게 하여야 한다. (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) 나. 시·구·읍·면장이 교부 또는 발급하는 농지원부원본과 자경증명의 확인 (2006. 7. 5. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가를 당사자로 하는 계약에 관한 법률 시행규칙 등 일부 개정령) ③ 영 제66조 제4항 제1호 나목 및 제67조 제6항 제1호 나목에서 “재정경제부령이 정하는 규모”라 함은 100만 제곱미터로 하되, 「택지개발촉진법」에 의한 택지개발사업 또는 「주택법」에 의한 대지조성사업의 경우에는 10만 제곱미터로 한다. (2005. 12. 31. 개정) 나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사 ․ 심판례, 판례) ○ 서면4팀-2917, 2006.08.24 「조세특례제한법」 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에 해당하는 감면대상 자경농지(당해 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 통산하여 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 사실이 있는 양도일 현재 농업소득세 과세대상이 되는 농지를 말함)에 해당하더라도 당해 토지가 2002.1.1. 이후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항 의 규정에 의하여 계산한 금액에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것 이며, 편입일 이후 발생되는 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것 이며, 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제11항 및 제12항의 개정(2006.2.9. 신설)규정을 적용함에 있어서 같은 영 시행(2006.2.9. 대통령령 제19329호) 전에 상속받은 농지로서 2008.12.31.까지 양도하는 경우에는 동항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 의하는 것임. ○ 서면4팀-2676, 2006.08.04 양도일 현재 농업소득세의 과세대상이 되는 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함)안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하는 거주자가 당해 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년 이상 직접 경작한 토지로서 「조세특례제한법시행령」 제66조 제4항 각호에 해당하지 않은 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임. 다만, 양도하는 농지가 2002.1.1. 이후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」(구 도시계획법을 포함)에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 함)에 편입된 경우에는 주거지역등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항 의 규정에 의하여 계산한 금액에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임. ○ 서면4팀-2356, 2006.07.19 「조세특례제한법」 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항 단서 규정의 “주거지역ㆍ상업지역ㆍ공업지역에 편입된 날”이란 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 의거 도시관리계획 결정내용(지역지구구역도시계획시설, 위치, 면적규모 등)을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날(시ㆍ도지사가 하는 경우에는 당해 시ㆍ도의 공보에 고시한 날)을 말하는 것임. ○ 서면4팀-1961, 2005.10.24 「조세특례제한법」 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) 제1항에 해당하는 감면대상 자경농지(당해 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 통산하여 8년 이상 농지소재지에 거주하면서 직접 경작한 사실이 있는 양도일 현재 농업소득세 과세대상이 되는 농지를 말함)에 해당하더라도 당해 토지가 2002.1.1. 이후 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 “주거지역등”이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 양도소득금액 중 「조세특례제한법 시행령」 제66조 제7항 의 규정에 의하여 계산한 금액에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 편입일 이후 발생되는 양도소득에 대하여는 양도소득세를 과세하는 것임. 여기서 “편입된 날”이라 함은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제30조 제6항 및 동법 시행령 제25조 제5항의 규정에 따라 도시관리계획의 결정내용(동법률 제36조의 용도지역 지정에 관한 계획, 위치, 면적ㆍ규모 등)을 건설교통부장관이 관보에 고시한 날(시ㆍ도지사가 하는 경우에는 당해 시ㆍ도의 공보에 고시한 날)을 말하는 것임. 또한 건설교통부장관이 「택지개발촉진법」 제9조 제3항 및 동법 시행령 제8조 제6항의 규정에 따라 택지개발사업실시계획을 고시한 때에는 동법 제11조에 의거 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 도시관리계획의 결정내용을 고시한 것으로 보는 것임.