사업자등록한 다가구주택을 양도하는 경우 중과세 및 종합부동산세 여부

다가구주택을 사업자등록은 하였으나 임대주택법 제6조 규정에 의하여 임대주택으로 등록하지 아니한 다가구주택을 양도하는 경우 중과세 대상에서 제외되지 아니하는 것임

[회신] 1. 「소득세법」 제168조에 의한 사업자등록과 「임대주택법」 제6조에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로써, 「소득세법 시행령」 제167조의 3 제1항 제2호 각목의 어느 하나에 해당하는 주택의 경우 「소득세법」 제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 6 규정이 적용되지 아니하는 것이나, 귀 질의의 경우와 같이 「임대주택법」 제6조 규정에 의한 임대주택으로 등록하지 아니한 주택은 이에 해당되지 아니하는 것입니다. 2.「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택을 소유한 납세의무자로서 「임대주택법 시행령」 제6조 제1항의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 보는 것이며, 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 「종합부동산법 시행령」 제3조 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 보는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [사실관계] 【질문1】양도소득세 분야 ○ 경기도 성○시 소재 1주택 소유(전용면적 84.97㎡, 기준시가 487백만 원) ○ 경기도 의○시 소재 다가구주택(18가구, 대지 216.10㎡, 건물 511.89㎡) - 지층 123.72㎡(5가구, 전용면적 24.74㎡, 공시가격 28백만 원) - 1 층 129.39㎡(5가구, 전용면적 25.87㎡, 공시가격 30백만 원) - 2 층 129.39㎡(4가구, 전용면적 32.34㎡, 공시가격 37백만 원) - 3 층 129.39㎡(4가구, 전용면적 32.34㎡, 공시가격 37백만 원) ○ 2007.05.01. 경기 의○시 소재 다가구주택 사업자등록하고 10년 후 양도예정 【질문2】종합부동산세 분야 ○ 2008.03.13. 경기도 군포시 소재 주택 5호 계약 - 전용면적 39.87 ～ 58.46㎡ - 5호 중 4호는 5월 31일 이전 등기 나머지 1호는 6월 1일 등기 예정 - 경기도 의왕시 소재 다가구주택 사업자등록에 4호는 추가하여 등록예정 [질의사항] ① 사업자등록하고 10년 임대 후 양도하는 다가구주택의 중과세 여부 ② 사업자 등록한 다가구주택에 추가된 주택에 대하여 종합부동산세 과세 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설) 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 ○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 ① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정) ② 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 「부가가치세법」 제5조 의 규정은 이 법에 의하여 사업자등록을 하는 사업자에 대하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ④ (삭제, 1996. 12. 30.) ○ 소득세법 시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2. 19. 개정) 가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2. 19. 개정) 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설) 2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정) 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 다. 「임대주택법」에 의하여 대지면적이 298제곱미터 이하이고 주택의 연면적(제154조 제3항 본문의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분과 주거전용으로 사용되는 지하실부분의 면적을 포함하고, 공동주택의 경우에는 전용면적을 말한다)이 149제곱미터 이하인 건설임대주택을 2호 이상 임대하는 거주자가 5년 이상 임대하거나 분양전환(동법에 의하여 임대사업자에게 매각하는 경우를 포함한다)하는 주택. 이 경우 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액(「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 주택가격이 있는 경우에는 그 가격을 말한다)이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 6억원을 초과하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 5. 31. 개정) ○ 종합부동산세법 제7조 【납세의무자】 ① 과세기준일 현재 주택분 재산세의 납세의무자로서 국내에 있는 재산세 과세대상인 주택의 공시가격을 합산한 금액이 6억원(개인의 경우 세대별로 합산한 금액을 말하며, 이하 “주택분 과세기준금액”이라 한다)을 초과하는 자는 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. 이 경우, 개인은 1세대에 속하는 자(이하 “세대원”이라 한다) 중 대통령령이 정하는 주된 주택소유자(이하 “주된 주택소유자”라 한다)가 납세의무자가 된다. (2005. 12. 31. 개정) ② 주된 주택소유자 또는 세대원의 판정은 과세기준일 현재의 상황에 의한다. (2005. 12. 31. 개정) ③ 주된 주택소유자 외의 세대원은 그가 소유한 주택의 공시가격을 한도로 주된 주택소유자와 연대하여 종합부동산세를 납부할 의무가 있다. (2005. 12. 31. 신설) ○ 종합부동산세법 시행령 제3조 【합산배제 임대주택】 ① 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주택”이란 「임대 주택법」 제2조 제4호 에 따른 임대사업자(이하 “임대사업자”라 한다)로서 과세기준일 현재 「소득세법」 제168조 또는 「법인세법」 제111조 에 따른 주택임대업 사업자등록(이하 “사업자등록”이라 한다)을 한 자가 과세기준일 현재 임대(제1호부터 제3호까지 및 제5호의 주택을 임대한 경우를 말한다)하거나 소유(제4호의 주택을 소유한 경우를 말한다)하고 있는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 “합산배제 임대주택”이라 한다)을 말한다. (2008. 2. 22. 개정) 1. 「임대 주택법」 제2조 제2호 에 따른 건설임대주택(이하 이 조에서 “건설임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2007. 8. 6. 개정) 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것 (2008. 2. 22. 개정) 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정) 2. 「임대 주택법」 제2조 제3호 에 따른 매입임대주택(이하 이 조에서 “매입임대주택”이라 한다)으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우의 그 주택 (2008. 2. 22. 개정) 가. 「주택법」 제2조 제3호 에 따른 국민주택(이하 “국민주택”이라 한다) 규모 이하로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다) 또는 최초로 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일의 공시가격 3억원 이하일 것 (2008. 2. 22. 개정) 나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정) 3. 임대사업자의 지위에서 2005년 1월 5일 이전부터 임대하고 있던 임대주택으로서 다음 각목의 요건을 모두 갖춘 주택이 2호 이상인 경우 그 주택 (2005. 5. 31. 제정) 가. 국민주택 규모 이하로서 2005년도 과세기준일의 공시가격이 3억원 이하일 것 (2005. 12. 31. 개정) 나. 5년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2005. 5. 31. 제정) 4. 건설임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택 (2007. 8. 6. 신설) 가. 전용면적이 149제곱미터 이하일 것 (2007. 8. 6. 신설) 나. 제8항에 따른 합산배제신고를 한 연도의 과세기준일 현재의 공시가격이 6억원 이하일 것 (2008. 2. 22. 개정) 다. 「건축법」 제18조 에 따른 사용승인을 받은 날 또는 「주택법」 제29조 에 따른 사용검사를 받은 날부터 과세기준일 현재까지의 기간 동안 임대된 사실이 없고, 그 임대되지 아니한 기간이 6개월 이내일 것 (2007. 8. 6. 신설) 5. 「부동산투자회사법」 제2조 제1호 에 따른 부동산투자회사 또는 「간접투자자산 운용업법」 제27조 제3호 에 따른 부동산간접투자기구가 2008년 1월 1일부터 2008년 12월 31일까지 취득 및 임대하는 매입임대주택으로서 다음 각 목의 요건을 모두 갖춘 주택이 5호 이상인 경우의 그 주택 (2008. 2. 22. 신설) 가. 전용면적이 149제곱미터 이하로서 2008년도 과세기준일의 공시가격이 6억원 이하일 것 (2008. 2. 22. 신설) 나. 10년 이상 계속하여 임대하는 것일 것 (2008. 2. 22. 신설) 다. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 에 따른 수도권 외의 지역에 위치할 것 (2008. 2. 22. 신설) ② 법 제8조 제2항 제1호에서 “대통령령이 정하는 다가구 임대주택”이라 함은 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 「건축법 시행령」 별표 1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택(이하 이 조에서 “다가구주택”이라 한다) 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 신설) ③ 다가구주택 또는 다가구주택과 그 밖의 주택을 소유한 납세의무자로서 「임대 주택법 시행령」 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 본다. (2005. 12. 31. 신설) ④ 제3항의 규정에 따라 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 본다. (2005. 12. 31. 신설) ⑤ 제1항 제1호 및 제2호의 규정을 적용함에 있어서 임대주택의 수는 같은 특별시ㆍ광역시 또는 도에 소재하는 주택별로 각각 합산하여 계산한다. (2005. 12. 31. 항번개정) ⑥ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 다가구주택은 「지방세법 시행령」 제140조 의 규정에 의한 1구를 1호의 주택으로 본다. (2005. 12. 31. 개정) ⑦ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 합산배제 임대주택의 임대기간의 계산은 다음 각 호에 따른다. (2007. 8. 6. 개정) 1. 제1항 제1호 나목 및 동항 제3호 나목의 규정에 의한 임대기간은 임대사업자로서 2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(2호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터, 제1항 제2호 나목의 규정에 의한 임대기간은 임대사업자로서 5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날(5호 이상의 주택의 임대를 개시한 날 이후 임대를 개시한 주택의 경우에는 그 주택의 임대개시일을 말한다)부터 기산한다. (2005. 5. 31. 제정) 2. 상속으로 인하여 피상속인의 합산배제 임대주택을 취득하여 계속 임대하는 경우에는 당해 피상속인의 임대기간을 상속인의 임대기간에 합산한다. (2005. 5. 31. 제정) 3. 합병ㆍ분할 또는 조직변경을 한 법인(이하 이 조에서 “합병법인 등”이라 한다)이 합병ㆍ분할 또는 조직변경 전의 법인(이하 이 조에서 “피합병법인 등”이라 한다)의 합산배제 임대주택을 취득하여 계속 임대하는 경우에는 당해 피합병법인 등의 임대기간을 합병법인 등의 임대기간에 합산한다. (2005. 5. 31. 제정) 4. 기존 임차인의 퇴거일부터 다음 임차인의 입주일까지의 기간이 6개월 이내인 경우에는 계속 임대하는 것으로 본다. (2007. 8. 6. 개정) 5. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 사유로 제1항의 요건을 충족하지 못하게 되는 때에는 제1항 제1호 및 같은 항 제3호의 주택의 경우에는 제1호에 따른 기산일부터 5년이 되는 날까지, 제1항 제2호의 주택의 경우에는 제1호에 따른 기산일부터 10년이 되는 날까지는 각각 해당 사유로 임대하지 못하는 주택에 한하여 계속 임대하는 것으로 본다. (2007. 8. 6. 개정) 가. 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」이나 그 밖의 법률에 따른 협의매수 또는 수용 (2007. 8. 6. 개정) 나. 「임대 주택법 시행령」 제2조 제1호 에 따른 공공건설임대주택으로서 같은 법 시행령 제9조 제2항 제3호에 따른 임차인에 대한 분양전환 (2007. 8. 6. 개정) 다. 천재ㆍ지변, 그 밖에 이에 준하는 사유의 발생 (2007. 8. 6. 개정) ⑧ 법 제8조 제2항 제1호에 따른 주택을 보유한 자가 합산배제 임대주택의 규정을 적용받으려는 때에는 재정경제부령으로 정하는 임대주택 합산배제 신고서에 따라 신고하여야 한다. 다만, 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 재정경제부령으로 정하는 사항에 변동이 없는 경우에는 신고하지 아니할 수 있다. (2007. 8. 6. 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀-1761, 2007.05.29. 【질의】 (사실관계) - 거주자 갑은 다가구주택(15가구)과 그 외 1주택을 보유하고 있음. - 다가구주택은 임대하고 있으며, 관할세무서에 임대사업자 등록을 하였음 : 다가구주택의 경우 임대주택법에 의한 임대사업자등록이 불가능하여 등록하지 못하였음. (질의내용) - 위 다가구주택을 양도하는 경우 소득세법 시행령 제167조 의 3 제1항 제2호 규정의 ‘중과배제 장기임대주택’에 해당되는 것으로 볼 수 있는지 여부 【회신】 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 주택으로써, 「소득세법 시행령」 제167조 의 3 제1항 제2호 각목의 어느 하나에 해당하는 주택의 경우 「소득세법」 제104조 제1항 제2호 의 3 내지 제2호의 6 규정이 적용되지 아니하는 것이나, 귀 질의의 경우와 같이 「임대 주택법」 제6조 규정에 의한 임대주택으로 등록하지 아니한 주택은 이에 해당되지 아니하는 것임. ○ 서면5팀-3337, 2007.12.28. 【질의】 (사실관계) - 동일지번에 상가와 국민주택규모 이하의 다가구주택 4가구가 있는 건물을 소유하고 있으며 2004.3.23. 업종을 부동산임대로 사업자등록 신청함. (질의내용) - 동일지번에 상가와 국민주택규모 이하의 다가구주택을 4가구 임대하고 있는데 종합부동산세 합산배제신청이 가능한지. - 상가에 대한 사업자등록과 주택임대에 대한 사업자등록이 각각 있어야 종합부동산세 합산배제신청이 가능한지. - 동일지번에 상가와 주택이 있는 경우라도 사업자등록증에 업종이 주택임대라고 명시되어야 합산배제신청이 가능한지. 【회신】 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택을 소유한 납세의무자로서 「임대 주택법 시행령」 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 보는 것이며, 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 「종합부동산법 시행령」 제3조 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 보는 것임. ○ 서면5팀-1488, 2007.05.09. 【질의】 (사실관계) - 경기도 ○○시 ○○동에 1990년에 집을 지어 지층 2가구, 1층에 1가구를 임대해 왔고 1층에 살고 있음. - 경기도 내 의정부시, 광명시, 시흥시 등에 원룸을 3가구 구입하여 임대사업자 등록을 하고자 함. (질의내용) - 경기도 내에 임대주택 5채(다가구2호, 일반주택 3채)를 구입하여 사업자등록을 할 경우 종합부동산세 과세대상에서 제외되는지 여부 【회신】 「건축법 시행령」 별표1 제1호 다목의 규정에 따른 다가구주택을 소유한 납세의무자로서 「임대 주택법 시행령」 제6조 제1항 의 규정에 따른 등록기준 호수에 미달하는 자가 주택임대를 위하여 사업자등록을 하는 경우에는 그 사업자등록을 한 날에 임대사업자에 해당하는 것으로 보는 것이며, 임대사업자로 보는 자가 임대하는 다가구 임대주택이 「종합부동산법 시행령」 제3조 제1항의 규정에 따른 요건을 갖춘 경우에는 법 제8조 제2항 제1호의 규정에 따른 합산배제 임대주택으로 보는 것임.