1세대3주택 중과대상에서 제외되는 장기임대주택 해당여부

사업자등록 및 임대주택법상 임대사업자 등록을 하고 임대사업을 영위하다가 30. 폐업한 이후 다시 사업자등록을 하고 임대사업을 재개한 경우 해당 임대주택은 다주택 중과가 제외되는 장기임대주택에 해당하지 아니하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우, 2003.02.28. 국민주택 5호를「소득세법」제168조에 의한 사업자등록과「임대주택법」제6조에 의한 임대사업자 등록을 하고 임대사업을 영위하다가 2006.03.30. 폐업한 이후 2007.05.15.「소득세법」제168조에 의한 사업자등록과「임대주택법」제6조에 의한 임대사업자 등록을 하고 임대사업을 재개한 경우 해당 임대주택은「소득세법 시행령」제167조의 3 제1항 제2호 나목 규정이 적용되지 아니합니다. 1. 질의내용 가. 사실 관계 - 본인은 5세대인 다세대주택을 2003.7.10 사용승인을 받고 임대를 개시하였으며, 임대개시당시 임대 주택법 및 소득세법상 사업자등록을 하였음. - 이후 임대사업 중 2006.3 상기 임대주택을 양도할 목적으로 임대주택법상 및 소득세법상 사업자등록을 폐업신고 하였으나, 매매가 원만치 않아 계속임대를 하고 있었으며, 당분간 임대가 지속될 것으로 여겨져 2007.1 해당 지자체 및 관할세무서에 사업자등록을 갱신함(개업일은 2003.7로하고 사업자등록번호도 그대로 사용함). 나. 질의 내용 - 폐업일 이후에도 실지 임대를 계속하였으므로 임대소득에 대한 종합소득세신고를 추가하여 할 경우, 추후 장기임대기간을 총족한 해당물건의 양도시 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목의 규정을 적용받는 장기임대주택으로 볼 수 있는지 (갑설) 임대사업등록증이 2007.1 신규로 등록되었으므로 2007년 이후의 임대기간만 실질임대기간으로 보아 중과세율을 적용여부를 결정하여야 함. (을설) 임대개시일부터 적법한 절차로 소득세를 신고 해왔으므로, 임대사업자등록증 존손기간이 중단된 기간이 있다하더라도 실질과세 원칙에 따라 연속된 임대기간으로 보아 양도세 중과세율 적용여부를 결정하여야 함. (병설) 당초임대사업자 존속기간(2006년 3월)까지와 사업자등록증 갱신시기인 2007.1 이후의 기간을 합산하여 임대기간 요건이상이면 중과세율에서 제외되어야 함. 다. 질의요지 및 쟁점 위 사례와 같이 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 나목의 규정(기존임대주택)을 적용함에 있어 실질적으로는 계속임대를 하고 있었으나, 임대기간 중 임대주택법상 및 소득세법상 사업자등록을 폐업 후 1년 내에 갱신하여 다시 등록한 경우, 장기임대기간 5년 여부의 계산을 실질과세원칙에 따라 전체 임대기간으로 할 수 있는지, 아니면 재등록일로부터 할 수 있는지, 폐업기간을 제외하고 통산할 수 있는지 여부 2. 관련법령 ○ 소득세법 시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택 (이하 이 조에서 “장기임대주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다. (2005. 5. 31. 개정) 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) ○ 소득세법 제168조 【사업자등록 및 고유번호의 부여】 (2000. 12. 29. 제목개정) ① 새로이 사업을 개시하는 사업자는 사업장소재지 관할세무서장에게 등록하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정) ② 「부가가치세법」의 규정에 의하여 사업자등록을 한 사업자는 당해 사업에 관하여 제1항의 규정에 의한 등록을 한 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 임대 주택법 제6조 【임대사업자의 등록】 ① 대통령령이 정하는 호수 이상의 주택을 임대하고자 하는 자는 시장ㆍ군수 또는 구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)에게 등록을 신청할 수 있다. (2000. 1. 12. 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 등록한 자는 그 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 시장ㆍ군수 또는 구청장에게 신고하여야 한다. 다만, 건설교통부령이 정하는 경미한 사항의 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 1. 12. 개정)