무허가 주택 보유 중 시유지 불하받고 재개발조합의 조합원자격으로 취득한 재개발주택 양도시 과세여부

「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제2호 규정을 적용받기 위해서는 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2002.12.31.이전에 착공하여 2003.6.30이전에 사용승인 등 받은 경우 포함) 내에 사용승인 등을 받아야 함.

[회신] 1. 자기가 건설한 신축주택(「주택건설촉진법」에 의한 주택조합 또는 「도시재개발법」에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지이나 2002.12.31.이전에 착공하여 2003.6.30이전에 사용승인 등 받은 경우 포함) 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택(「소득세법 시행령」제156조에 해당하는 고가주택은 제외함)을 취득한 경우에 한하여 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항 제2호 규정을 적용하는 것입니다. 2. 「도시재개발법」규정에 의한 재개발사업지구 내에 1주택(이하 “종전주택”이라 함)을 소유하던 거주자가 재개발조합의 조합원자격으로 동법 규정에 의한 관리처분계획에 따라 환지청산금을 지급하고 재개발사업시행자로부터 종전주택 및 부수토지의 면적보다 큰 면적의 아파트 및 부수토지를 분양취득하여 양도하는 경우 당해 아파트 및 부수토지 중 종전주택의 부수토지 부분에 대하여는 종전주택의 보유기간과 공사기간을 포함한 아파트의 보유기간을 통산하여 보유기간이 3년 이상(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것. 이하 같음)이면 1세대 1주택으로 앙도소득세를 비과세받을 수 있는 것이며, 아파트 부수토지 중 종전주택의 부수토지를 초과하는 부분에 대하여는 사용검사필증교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)로부터 3년 이상 보유한 후 양도하여야 양도소득세를 비과세 받을 수 있는 것입니다. 3. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득 당시의 기준시가는 「소득세법 시행령」제164조 제7항 및 제8항의 규정에서 정한 방법으로 산정하는 것입니다. 끝. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - ○○○ 재개발지역 조합원으로 시유지에 무허가주택을 1981년부터 소유하여 거주하다가 2002년 서울시로부터 토지 27㎡를 15년 분할로 불하받고 등기는 2004년 4월에 등기함. - 동 재개발아파트는 30평형(토지지분 44.588㎡)으로 2002년 9월 5일 분양계약을 하였고 2004년 10월 사용승인을 받아 2004년 10월 29일 입주하였음(추가로 증가된 주택부수토지 지분은 17.588평방미터). - 위 아파트를 2006년 11월에 팔려고 함. ○ 질의내용 질의1) 조세특례제한법상 감면대상이 되는 지 여부 질의2) 종전토지 지분(27㎡)보다 늘어난 지분(17.588㎡)만큼만 양도소득세 과세대상인지 여부 질의3) 당해 아파트의 공동주택가격이 최초로 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가 산정방법은? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2002. 12. 11 법률 제6762호로 개정된 것) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2002. 12. 11 개정) 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2001. 12. 29 단서개정) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2001. 12. 29 개정) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ○ 조세특례제한법 (2002. 12. 11 법률 제6762호) 부칙 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① (생략) ② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2002. 12. 30 대통령령 제17829호로 개정된 것) ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역을 말한다. (2002. 12. 30 신설) ○ 조세특례제한법 시행령 (2002. 12. 30 대통령령 제17829호) 부칙 제2조 【일반적 적용례】 ③ 이 영중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. ○ 소득세법시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일․인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 (1999. 12. 31 개정) ○ 소득세법시행규칙 제78조 【장기할부조건의 범위】 (2000. 4. 3 제목개정) ③ 영 제162조 제1항 제3호에서 󰡒재정경제부령이 정하는 장기할부조건󰡓이라 함은 법 제94조 제1항 각호에 규정된 자산의 양도로 인하여 당해 자산의 대금을 월부연부 기타의 부불방법에 따라 수입하는 것 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것을 말한다. (2001. 4. 30 개정) 1. 당해 자산의 양도대금을 2회 이상으로 분할하여 수입할 것 (1999. 5. 7 개정) 2. 양도하는 자산의 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날의 다음날부터 최종 할부금의 지급기일까지의 기간이 1년 이상인 것 (2000. 4. 3 개정)① (삭제, 1999. 12. 31.) ○ 소득세법 제99조 【기준시가의 산정】 ① 제96조 제2항, 제97조 제1항 제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조 제5항의 규정에 의한 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 (2000. 12. 29. 개정) 가. 토 지 (2005. 7. 13. 개정) 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 “개별공시지가”라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. 나. 건물 (2005. 7. 13. 개정) 건물(다목 및 라목의 규정에 해당하는 건물을 제외한다)의 신축가격ㆍ구조ㆍ용도ㆍ위치ㆍ신축연도 등을 참작하여 매년 1회 이상 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액 ○ 소득세법 시행령 제164조 【토지ㆍ건물의 기준시가 산정】 ⑦ 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득당시의 기준시가는 다음 산식에 의하여 계산한 가액으로 한다. 이 경우 당해 주택에 대하여 건설교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시 또는 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 나목의 가액이 없는 경우에는 제5항의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. (2005. 8. 5. 신설) 건설교통부장관이 당해 주택에 대하여 최초로 공시한 주택가격 × 취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액 / 당해 주택에 대하여 건설교통부장관이 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 가액과 나목의 가액의 합계액(취득당시의 가액과 최초로 공시한 주택가격 공시당시의 가액이 동일한 경우에는 제8항의 규정을 준용한다) ⑧ 보유기간 중 새로운 기준시가가 고시되지 아니함으로써 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가가 동일한 경우에는 당해 토지 또는 건물의 보유기간과 양도일 전후 또는 취득일 전후의 기준시가의 상승률을 참작하여 재정경제부령이 정하는 방법에 의하여 계산한 가액을 양도당시의 기준시가로 한다. (2005. 8. 5. 항번개정) 나. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 서면4팀-2446, 2005.12.08 【회신】 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지) 내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택( 소득세법 시행령 제156조 에 해당하는 고가주택은 제외함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제99조 의 3의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 감면하는 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임. ○ 재일46014-1601, 1999.08.24 【회신】 도시재개발법 규정에 의한 재개발사업지구 내에 1주택(이하 “종전주택”이라 함)을 소유하던 거주자가 재개발조합의 조합원자격으로 동법 규정에 의한 관리처분계획에 따라 환지청산금을 지급하고 재개발사업시행자로부터 종전주택 및 부수토지의 면적보다 큰 면적의 아파트 및 부수토지를 분양취득하여 양도하는 경우 당해 아파트 및 부수토지 중 종전주택의 부수토지 부분에 대하여는 종전주택의 보유기간과 공사기간을 포함한 아파트의 보유기간을 통산하여 보유기간이 3년 이상이면 1세대 1주택으로 앙도소득세를 비과세받을 수 있는 것이며, 아파트 부수토지 중 종전주택의 부수토지를 초과하는 부분에 대하여는 사용검사필증교부일(사용검사 전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)로부터 3년 이상 보유한 후 양도하여야 양도소득세를 비과세 받을 수 있는 것임. ○ 서면4팀-1474, 2005.08.22 【회신】 1. 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 에서 규정하는 보유기간의 계산은 주택 및 그 부수토지의 취득일부터 양도일까지로 계산하는 것이 원칙이지만, 국ㆍ시유지 위에 주택 부분만을 소유한 자가 그 국ㆍ시유지를 주택의 부수토지로 장기간 사용ㆍ수익한 사실에 터잡아 국가 등으로부터 이를 불하받아 주택과 함께 주택 재개발조합에 제공하고 취득한 재개발아파트의 입주권을 아파트준공 전에 양도하는 경우, 동법 시행령 제155조 제16항의 규정 적용시 관리처분인가일 등 현재 기존주택의 보유기간이 3년 이상인 경우에는 당해 부수토지의 보유기간에 관계없이 동법 시행령 제154조 제1항에서 규정한 보유요건을 충족한 것으로 보는 것임. 2. 귀 질의와 관련된 유사사례(서면4팀-2134, 2004.12.29. ; 재산-3665, 2004.12.27.)를 참고하기 바람. ○ 서면4팀-1211, 2006.05.02 2. 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별주택가격 및 공동주택가격(이들에 부수되는 토지를 포함한다)이 공시되기 전에 취득한 주택의 취득 당시의 기준시가는 소득세법 시행령 제164조 제7항 및 제8항의 규정에서 정한 방법으로 산정하는 것임.