의료법인에게 개인이 소유하는 부동산을 출연하는 경우 양도소득세 과세 여부

공익법인에 재산을 출연하면서 당해 재산에 담보된 채무를 공익법인 등이 인수하는 경우 출연재산가액은 당해 채무액을 차감한 금액이 되는 것이며, 출연재산에 담보는 채무상당액에 대하여는 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것임

[회신] 공익법인에 재산을 출연하면서 당해 재산에 담보된 채무를 공익법인 등이 인수하는 경우 출연재산가액은 당해 채무액을 차감한 금액이 되는 것이며, 출연재산에 담보는 채무상당액에 대하여는 「소득세법」제88조 제1항의 규정에 의하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이나, 귀 질의의 재산에 담보된 채무상당액이 얼마인지 여부는 채무부담계약서, 담보설정에 관한 증빙 등 실질내용을 확인하여 판단할 사항입니다 1. 질의내용 요약 [사실관계] - 2007.05.31. 대구시 ○구 소재지 상가건물을 완공 - 2007.06.25. 관할 세무서에 부가가치세 신고 - 2007.07.10. 관할 세무서에서 부가가치세 환급을 받음 - 2007. 7월초 의료법인을 설립하고 상기부동산을 무상기증으로 출연함 [질의사항] - 의료법인에게 개인이 소유하는 부동산을 출연하는 경우 양도소득세 과세 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】 ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006.12.30. 개정) ② 「도시개발법」 기타 법률의 규정에 의한 환지처분으로 지목 또는 지번이 변경되거나 체비지로 충당되는 경우에는 제1항에서 규정하는 양도로 보지 아니한다. (2006.12.30. 개정) ○ 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005.12.31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제159조 【부담부증여에 대한 양도차익의 계산】 법 제88조 제1항 후단의 규정에 의한 부담부증여에 있어서 양도로 보는 부분에 대한 양도차익을 계산함에 있어서의 그 취득가액 및 양도가액은 법 제96조 및 법 제97조 제1항 제1호의 규정에 의한 당해 자산의 가액에 증여가액 중 채무액에 상당하는 부분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한 가액으로 한다.(94.12.31. 개정) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀 -2212, 2007.07.19. [ 질의 ] (사실관계) - 본인은 2006. 3월경 병원사업을 하고자 대지를 구입하여 병원건물을 신축 중에 있으며, 신축건물의 기성금에 대해 건축회사로부터 세금계산서를 받기 위해 부동산임대업으로 사업자등록을 필하였음. - 2007년 4월 본인을 이사장으로 하는 의료법인의 설립을 인가받아 현재 본인 명의 대지와 신축중인 병원 건물 및 당해 부동산의 담보대출금을 함께 병원에 출연 후, 사업자등록은 폐업신고 하였음 - 출연재산 및 채무액 현황 ·대지취득가액 : 50억 원 ·신축중인 건물가액 : 80억 원(기성률에 의함) ·채무액 : 대지구입시 잔금 시설자금 대출금 : 30억 원(2006.3 근저당 설정), 건물신축에 대한 시설자금 대출금 : 2억 원, 건물신축에 대한 시설자금 대출금 : 6억 엔(원화 환산액 50억 원) (질의내용) 상기와 같이 건물이 신축중인 상태에서 토지와 함께 공익법인에 출연하는 경우 부담부증여가액은 얼마인지? [ 회신 ] 소유하던 토지 위에 건축허가를 득하여 건축물을 시공 중에 건축물로 볼 수 없는 시설물상태에서 토지와 시공된 시설물을 함께 양도한 경우에는 양도가액 전액을 토지에 대한 대가로 보아 양도소득세가 과세되는 것이며, 시공 중인 양도자산이 건축물에 해당하는지는 사실 판단할 사항입니다. 공익법인에 재산을 출연하면서 당해 재산에 담보된 채무를 공익법인 등이 인수하는 경우 출연재산가액은 당해 채무액을 차감한 금액이 되는 것이며, 출연재산에 담보는 채무상당액에 대하여는 「소득세법」제88조 제1항의 규정에 의하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것이나, 귀 질의의 재산에 담보된 채무상당액이 얼마인지 여부는 채무부담계약서, 담보설정에 관한 증빙 등 실질내용을 확인하여 판단할 사항입니다 ○ 재산상속46014-41, 2000.01.13. 【질의】 (상황) 1. 개인병원에서 비영리 공익법인인 의료법인으로 전환위해 개인의료기관의 전재산을 무상으로 공익법인인 의료법인에 출연하고자 함. 1. 총자산규모 : 약 100억 원 2. 부채규모 : 약 60억 원 3. 순자산 : 약 40억 원 2. 상기 부채는 의료기관건립(병원신축에 따른 정부융자금 및 기타금융기관 차입금)을 하기 위한 부채 및 의료기관을 운영하면서 발생한 부채(의료장비구입에 따른 부채, 구급차량, 약품외상매입금, 비품구입비에 따른 부채)이며, 법인전환시점에서는 개인병원에서 운영하던 모든 자산 및 부채를 장부가액을 기준으로 하여 개인병원의 모든 권리를 법인에서 포괄양도양수계약에 따라 그간 근무하던 직원의 퇴직급여충당금 등 제반 미지급금에 따른 부채 및 의료비미수금 등 모든 자산을 승계할 예정임. (질의사항) 이상과 같을 경우 가. 출연한 자산 100억 원에 대한 부채 60억 원을 포괄양도양수 계약에 따라 승계할 경우 부채에 대하여 양도세의 과세대상이 되는지. 나. 비영리 공익법인에 무상으로 출연하였을 경우 부담부증여가 관계가 성립되는 것인지. 【회신】 공익법인에 출연하는 재산의 경우에도 상속세 및 증여세법 제47조 제1항 의 규정에 의한 부담부증여가 성립하는 것이며, 개인의료기관을 운영하는 자가 의료기관의 전재산을 무상으로 출연하여 의료법인을 설립하는 경우 같은법 제48조의 규정에 의하여 증여세가 과세되지 아니하는 것이나, 출연재산 중 양도소득세 과세대상 재산에 담보된 채무를 의료법인이 인수하는 경우 당해 채무액에 상당하는 부분은 소득세법 제88조 의 규정에 의하여 양도소득세가 과세되는 것임. ○ 재일46014-1297, 1999.07.02 【질의】 개인사업자가 의료법인목적 사업을 위하여 현재 운영중인 병원의 대지(감정가액) 이십삼억 원 병원건물감정가액 육십육억 원 그리고 병원의 의료장비 비품의 장부가액 일십오억 원 기타병원 구급차량장부가액 칠천구백만원 합계 일백사억칠천구백만 원을 의료법인에게 출연하기로 했고 아울러 위의 건물을 신축할 때 은행으로부터 차입한 금액 삼십오억 원과 건축비 미불금 이십사억 원 부채합계 오십구억 원도 의료법인이 인수할 경우에 소득세법 제88조 에 의한 부담부증여에 해당되어 채무액에 상당하는 금액이 양도소득세 과세가액이 되는지 알고자 함. 【회신】 1. 부담부증여에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 소득세법 제88조 제1항 의 규정에 의하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 보아 양도소득세가 과세되는 것임. 2. 위 1의 경우 채무는 당해 증여재산에 담보된 채무를 말하는 것임.