1세대가 2주택을 소유하던 중 그 1주택의 부수토지가 2006년에 수용된 경우 양도차익 산정기준

1세대가 2주택을 소유하던 중 그 1주택(부수토지 포함)이 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우로서 양도소득세의 과세대상에 해당되고 그 양도일이 2006년에 해당하는 때에는 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것임.

[회신] 1세대가 2주택을 소유하던 중 그 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우로서 양도소득세의 과세대상에 해당되고 그 양도일이 2006년에 해당하는 때에는 「소득세법」 제96조 제2항 제9호 및 같은법 시행령 제162조의 2 제5항의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것임. 1. 질의내용 요약 [사실관계] - 인천시 ○구 ○○도 소재 토지에 대하여 「경제자유구역지정 및 운영에 관한 법률」에 의거 한국토지공사와 수용계약 체결하여 2006년 12월에 주택의 부수토지만 먼저 수용되어 보상금 수령함(양도시점에 1세대2주택자에 해당됨) - 토지에 대하여 기준시가로 양도소득세 예정신고 - 건물에 대한 보상관계가 끝나지 아니하여 2007년 이후에 건물수용예정 [질의사항] - 1세대가 2주택을 소유하던 중 그 1주택의 부수토지가 2006년에 수용된 경우 양도차익 산정기준 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다 . (2005.12.31. 개정) ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다 . (2005.12.31. 개정) 1. 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주 택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우 (2005.12.31. 개정) 2. 제94조 제1항 제2호 가목의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 권리인 경우 (2005.12.31. 개정) 3. 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우 (2005.12.31. 개정) 4. 취득 후 1년 이내의 부동산인 경우 (2005.12.31. 개정) 5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 (2005.12.31. 개정) 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2005.12.31. 개정) 7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 (2005.12.31 . 개정) 8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우 (2005.12.31. 개정) 9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (2005.12.31. 개정) ③ 제1항 및 제2항 각 호의 규정을 적용함에 있어서 거주자가 제94조 제1항 각호의 자산을 「법인세법」 제52조 의 규정에 의한 특수관계에 있는 법인(외국법인을 포함한다)에게 양도한 경우로서 동법 제67조의 규정에 의하여 거주자의 상여ㆍ배당 등으로 처분된 금액이 있는 때에는 동법 제52조의 규정에 의한 시가를 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액으로 본다. (2006.12.30. 개정) ④ 제2항 제4호의 규정을 적용함에 있어서 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 취득후 1년 이내에 양도하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 기준시가에 의할 수 있다. (2005.12.31. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 의 2 【양도가액】 ① - ③ 생략 ④ 법 제96조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 상속에 의하여 취득한 부동산을 취득후 1년 이내에 양도하는 경우 또는 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다) 등 부득이한 사유로 인하여 취득후 1년 이내에 양도하는 경우로서 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 때에는 제176조의 2 제5항의 규정에 의한 자문을 거쳐 기준시가에 의할 수 있다. (2005.2.19. 개정) ⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 2주택 이상을 소유한 1세대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다 . 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의 3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다. (2005.12.31. 개정) ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994.12.22. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998.12.31. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001.12.31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 (1999.12.31. 개정) 4. 이하 생략 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀-906, 2007.03.16. 【질의】 ○ 내 용 - 2006.12.29. 현재 1세대 2주택(A, B) 소유자임 - 2주택(A, B) 중 1주택(A)은 성남시 중원구 ○○동 지역에 소재하는 주택으로서 1984.08.11. 취득하였고, 다른 주택(B)은 취득한 이후 약 10여 년간 소유하고 있음 * A주택의 면적은 73.65㎡, 그 부속토지 면적은 132㎡임 - A주택과 그 부속토지가 소재하는 지역은 2006.06.26. 건설교통부에서 “성남여수 국민임대 사업지구”로 고시하였고, 사업시행자는 대한주택공사임 - A주택의 부속토지에 대하여 2006.12.28. 대한주택공사와 토지수용(협의매수)에 합의하여 당해 토지는 2006.12.29. 소유권이 대한주택공사로 이전되었고, 그 보상금은 2007.01.26. 수령하였음 - A주택의 건물에 대한 보상은 사업시행자인 대한주택공사에서 2007년 3월 현재에도 지장물 조사 중에 있어 협의매수가 이루어지지 아니하고 있음 ○ 질 의 - 위와 같이 A주택의 부속토지를 공공사업의 사업시행자에게 2006.12.29. 소유권이전등기하고 그 보상금을 2007.01.26. 수령한 경우에는 “순수한 토지의 양도”로 보아 양도소득세를 기준시가로 신고할 수 있는지 여부 【회신】 1세대가 2주택을 소유하던 중 그 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우로서 양도소득세의 과세대상에 해당되고 그 양도일이 2006년에 해당하는 때에는 「소득세법」 제96조 제2항 제9호 및 같은법 시행령 제162조의 2 제5항의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것임 . ○ 서면4팀-2560, 2006.07.28. 1. 소득세법 제96조 제2항 각호의 어느 하나에 해당하는 경우, 그 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것임. 2. 1세대가 2주택 이상을 소유하던 중 그 중 1주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)이 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용된 경우로서 그 양도일이 2006.1.1. 이후에 이루어진 경우에는 「소득세법」 제96조 제2항 제9호 및 「같은법 시행령」 제162조의 2 제5항의 규정에 의하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것임 . 3. 귀 질의의 경우 주택의 건물전체와 부수토지의 일부가 수용된 후에 나머지 토지를 다른 1인에게 양도하는 때에는 양도일 현재 사실상의 현황에 의하여 소득세법 제96조 제2항 각호의 규정을 적용하는 것임. ○ 서면4팀-1548, 2006.06.01. 1. 「소득세법」 제96조 제2항 제9호 의 규정과 「조세특례제한법」 제85조 의 규정이 동시에 해당하는 자산을 양도하는 경우, 그 양도가액은 「소득세법」 제96조 의 규정에 의하여 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액에 의하는 것임 . 2. 하나의 건물이 주택과 주택 외의 건물로 복합되어 있는 경우에는 「소득세법 시행령」 제154조 제3항 의 규정에 의하여 주택으로 보는 부분을 판정하는 것이며, 당해 건물 및 그 부수토지가 「소득세법」 제104조 의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역내에 소재하는 경우에 주택 외의 부분 및 그 부수토지에 대한 양도가액 적용방법은 기존 질의회신문(서면4팀-603, 2006.3.16.)을 참고하기 바람.