교회가 소유하는 부동산을 양도하는 경우 양도소득세 과세 여부

공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단 및 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임

[회신] 1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은「국세기본법」제13조 및「같은법 시행령」제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다. 2. 소득세법상 양도소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은「소득세법」제88조의 규정에 따라 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로, 수용 또는 협의매수를 원인으로 국가에 이전되는 경우를 포함하는 것입니다. 3. 귀 질의의 교회가 개인(거주자)에 해당하는지는 교회의 조직구조, 운영형태 등을 종합하여 사실판단 할 사항이며, 지방세에 관한 사항은 관할지방자치단체의 문의하기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 서울 ○○구에 소재하는 ○○교회는 예배용 토지와 건물(시가 80억원)을 소유하고 있는바, 문화관광부 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙과 민법 제31조 및 제77조에 따라서 개교회의 명의로 등기하고 종교목적에 사용한 위 부동산 전부를 기독교 ○○○유지재단(종교법인)에 증여 등기를 함. - 위 부동산을 증여등기 후 만 2년 경과하여 양도하고 양도대금은 3년 내에 종교용부동산을 취득할 것임. ○ 질의내용 문1) 기독교 ○○○유지재단에 지방세가 과세되는지? 문2) 만일 개교회(○○교회)가 ○○○유지재단에 증여등기하지 아니하고 양도하였다면 어떤 세금이 과세되는지? 문3) 담임목사의 명의로 등기 한다면 증여세 또는 부동산실명제과징금이 부과되는지? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제1조 【납세의무】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994. 12. 22. 개정) 1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 “거주자”라 한다) ③ 법인격 없는 사단ㆍ재단 기타 단체 중 「국세기본법」 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다) 외의 사단ㆍ재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다 . (2006. 12. 30. 개정) ④ 이하 생략 ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다) 중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정) 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22. 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22. 개정) 1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정) 2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정) 3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994.12.22.개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정) ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정) ⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정) ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정) ○ 국세기본법 시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인 등】 ① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정) 1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31. 개정) 2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31. 개정) 3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31. 개정) 4. 고유사업 (1994. 12. 31. 개정) 5. 재산상황 (1994. 12. 31. 개정) 6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31. 개정) 7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31. 개정) ② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 「부가가치세법 시행령」 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 「법인세법」 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 5. 31. 개정) ④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 제4조 【소득의 구분】 ① 거주자의 소득은 다음 각 호와 같이 구분한다. (2006. 12. 30. 개정) 3. 양도소득 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득 4. (삭제, 2006. 12. 30.) ○ 소득세법 제88조 【양도의 정의】 ① 제4조 제1항 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다 . 이 경우 부담부증여( 「상속세 및 증여세법」 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 토지(「지적법」에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2006. 12. 30. 개정) 나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면4팀-1289, 2007.04.23 【질의】 (사실관계) - 토지 관련 내용 ㆍ고양시 ○○동 소재 토지로서, 일부는 □□교회 내 주택의 마당 및 정원으로, 일부는 도로로 사용함. ㆍ○○지구 택지개발사업( 택지개발촉진법 제8조 및 동법 시행령 제18조에 의거 건교부 고시 제2006-526호(2006.12.11.)로 개발계획승인 고시)에 편입되어 2006.12.20. 사업시행자인 ○○공사와 계약 체결(수용) (질의내용) 교회 소유의 토지가 수용되는 경우 양도소득세 및 등록세 과세 여부 【회신】 1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은「국세기본법」제13조 및「같은법 시행령」제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. 2. 소득세법상 양도소득세가 과세되는 자산의 양도라 함은「소득세법」제88조의 규정에 따라 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도ㆍ교환ㆍ법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말하는 것으로, 수용 또는 협의매수를 원인으로 국가에 이전되는 경우를 포함하는 것임. 3. 귀 질의의 교회가 개인(거주자)에 해당하는지는 교회의 조직구조, 운영형태 등을 종합하여 사실판단 할 사항이며, 등록세 등 지방세에 관한 사항은 관할지방자치단체의 문의하기 바람. ○ 서면4팀-1170, 2007.04.10 【질의】 (내용) - 서울시 ○○구 ○○ 소재의 교회 건물을 신도가 경매로 낙찰(경매가 7천여만원) 받은 후 교회에 현물로 증여를 하여 ○○교회 명의로 등기이전을 하였고, 토지 소유주가 당해 교회부지를 매도하려고 해서 교회건물도 같이 양도할 예정임. - 교회건물은 등기이전후 1년 경과 하였음. (질의) - 상기와 같을 경우 교회에게 양도소득세 납세의무가 발생하는지 여부 - 건물을 경매받은 금액의 취득가액 인정여부 및 양도차익 계산방법 - 종교단체의 경우 양도소득세 비과세 요건은 무엇인지 【회신】 1.공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 「국세기본법」 제13조 및 「같은법 시행령」 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. 2. 2007.1.1. 이후 양도하는 자산의 양도가액은 소득세법 제96조 제1항 규정에 의하여 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의하여 신고하는 것이며, 이 경우 증여를 원인으로 취득하는 부동산의 취득가액은 증여일 현재 「상속세 및 증여세법」 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액(시가)을 취득당시의 실지거래가액으로 보는 것임. ○ 서면4팀-1716, 2005.09.23 【질의】 (상황) ◇◇◇ 교회는 기독교 한국침례회 소속의 교단임. 우리 교회는 2001.6월에 ○○동 XXX번지 소유 170평의 대지를 매입하면서 연수구청에서 종교번호를 부여 받고 기독교 한국 침례회 ◇◇◇ 교회 명의로 등기를 함. 170평의 대지를 구입할 때 일반물 건축물 대장에 8평의 건물과 무허가 건물대장에 등재된 100평의 건물을 수리하여 4년 이상 거주하면서 종교집회 및 교육시설로 사용하여 왔음. 그런데 이 지역이 △△신도시 근접지역 이여서 투기과열지역으로 묶였고, 이 지역이 개발이 확정되면서 교회가 건축할 여건이 되지 않아서 170평의 대지를 팔려고 함. (질의) 위 내용의 경우 교회소유 부동산 양도로 인하여 양도소득세가 과세되는지 여부 【회신】 1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. 2. 귀 질의와 관련된 기질의회신문(서면4팀-240, 2005.2.11. ; 재일46014-1177, 1997.5.13.)을 참고하기 바람. ○ 서면4팀-2731, 2006.08.07 【질의】 (사실관계) 상속세및증여세법 제45조 의 2(명의신탁재산의 증여의제)의 규정에 의하면 토지와 건물은 명의신탁재산의 증여의제규정 적용을 제외한다고 규정하고 있고 부동산실권리명의등기에관한법률 제4조 및 제8조에서는 과징금, 이행강제금 등의 예외로서 종중 및 배우자에 대한 특례 규정을 두어 조세포탈, 강제집행의 면탈 또는 법령상 제한의 회피를 목적으로 하지 아니하는 경우에는 배우자 명의로 부동산에 관한 물권을 등기한 경우 부부의 부동산명의신탁을 인정해주고 있음. (질의내용) 타인으로부터 매매로 부동산을 취득할 당시 사실상 남편과 부인의 공동소유이나, 부동산실권리자명의등기에관한법률 제8조 의 규정에 의하여 남편 명의로 취득한 후 명의신탁을 해지하여 부인지분을 부인소유권이전등기를 한 경우 남편 및 부인에게 증여세가 과세되는지 여부 【회신】 1. 타인명의로 등기되어 있는 부동산을 신탁을 해지하여 그 부동산의 실질상 소유자인 위탁자 명의로 환원하는 경우 증여세 과세문제는 발생하지 아니하는 것이나, 당해 소유권 이전등기가 신탁해지에 의한 것인지 또는 실질적인 증여나 양도에 의한 것인지 여부는 구체적인 사실을 확인하여 판단할 사항임. 2. 1997.1.1. 이후 부동산을 타인명의로 등기하는 경우 「상속세 및 증여세법」 제45조 의 2(명의신탁재산의 증여의제)의 규정은 적용되지 않으나, 「부동산실권리자명의등기에관한법률」에 의하여 과징금 등이 부과될 수 있으며, 동법률에 관한 구체적인 내용에 대하여 소관부서인 법무부 또는 부동산 소재지를 관할하는 시ㆍ군ㆍ구청에 문의하기 바람.