서울소재 자기가 건설한 신축주택 양도소득세 과세특례규정 적용 범위

2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.1.1.〜2003.6.30. 기간 중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우로서 당해 주택이 고가주택에 해당하지 아니하는 경우 감면대상에 해당함.

[회신] 1. 귀 질의의 경우, 「조세특례제한법」 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.1.1.∼2003.6.30. 기간중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우로서 당해 주택이 「소득세법 시행령」제156조의 규정에 의한 고가주택에 해당하지 아니하는 경우 「조세특례제한법」 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조 제2항의 규정에 의하여 종전 「조세특례제한법」제99조의 3 제1항의 규정을 적용하는 것입니다. 2. 「조세특례제한법」 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 감면되는 경우에는 당해 감면되는 세액에 대하여 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 ① 서울 ◎◎구 소재 주택 : 2001년 취득하여 현재 거주 중 ② 서울 □□구 소재 주택 - 1989년 9월 취득한 후 재개발하여 전용면적 25.7평을 받음. - 관리처분인가일 : 2000.11.30 - 착공일 : 2000.11.23 - 사용승인일 : 2003.03.21 ○ 질의내용 - 상기 보유 주택 중 ②의 신축주택이 「조세특례제한법」 제99조 의 3의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이 되는지 여부 - 양도소득세 감면대상이 되는 경우 다른 어떠한 세금이 있는지 여부 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역 에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 “신축주택취득기간”이라 한다) 중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간 중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다. 2. 자기가 건설한 신축주택 (주택법에 의한 주택조합 또는 도시 및 주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2003. 5. 29. 개정 ; 주택건설촉진법 부칙) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 제1항의 규정을 적용받는 신축주택과 그 외의 주택을 보유한 거주자가 그 신축주택 외의 주택을 2007년 12월 31일까지 양도하는 경우에 한하여 해당 신축주택을 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14. 제목개정) ① 법 제99조의 3 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 서울특별시 , 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역 을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ② 법 제99조의 3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (2000. 12. 29. 신설) ⑤ 법 제99조의 3 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 조합원”이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 의한 관리처분계획의 인가일 또는 「주택법」 제16조 의 규정에 의한 사업계획의 승인일 현재의 조합원을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ○ 구, 조세특례제한법 제99조 의 3【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】의 구법:2001.08.14 법률 제6501호, 개정 ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택 (동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다) 을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면 하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, (이하생략) (2001. 8. 14 개정) 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2000. 12. 29 신설) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ○ 구, 조세특례제한법 제99조 의 3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】 (2001. 8. 14 제목개정) ① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택 (동 주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, (이하생략) (2002. 12. 11 개정) 2. 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우 (2001. 12. 29 개정) 신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택 ○ 조세특례제한법 부 칙 (2002. 12. 11 법률 제6762호) 제1조 【시행일】 이 법은 2003년 1월 1일부터 시행 한다 . 다만, (이하생략) 제2조 【일반적 적용례】 ② 이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용 한다. 제29조 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례에 관한 경과조치】 ① 이 법 시행전에 종전의 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 규정에 의하여 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부하였거나, 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택을 이 법 시행후 양도하는 경우 양도소득세의 감면 및 양도소득세과세대상소득금액의 계산에 관하여는 제99조 제1항 또는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다. 이 경우 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 날 또는 자기가 건설한 신축주택으로서 사용승인 또는 사용검사를 받은 날 당시의 고급주택 기준을 적용한다. ② 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 이 법 시행전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003년 6월 30일 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 제99조의 3 제1항의 개정규정에 불구하고 종전의 규정을 적용한다 . ○ 농어촌특별세법 제5조 【과세표준과 세율】 ① 농어촌특별세는 다음 각호의 과세표준에 해당 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 1. 조세특례제한법 ㆍ 관세법 및 지방세법에 의하여 감면을 받는 소득세 ㆍ법인세ㆍ관세ㆍ취득세 또는 등록세 의 감면세액 (제2호의 경우를 제외한다) (1998. 12. 28 개정 ; 조세특례제한법 부칙) 세율 100분의 20 나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사 ․ 심판례, 판례) ○ 서면5팀-1157, 2007.04.10 자기가 건설한 신축주택(주택건설촉진법에 의한 주택조합 또는 도시재개발법에 의한 재개발조합을 통하여 조합원이 취득하는 주택을 포함)으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간(서울, 과천, 5대신도시의 경우에는 2001.5.23.부터 2002.12.31.까지)내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택( 소득세법 시행령 제156조 에 해당하는 고가주택은 제외함)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 「조세특례제한법」 제99조 의 3의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것이며, 감면하는 세액에 대하여는 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임. ○ 서면4팀-1622, 2005.09.08 「조세특례제한법」 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.1.1.∼2003.6.30. 기간중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우에는 당해 주택의 실지양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택에 해당하면 같은법 부칙(2002.12.11. 법률 제6762호) 제29조 제2항 규정이 적용되지 않아 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례가 적용되지 않는 것임. ○ 서면5팀-174, 2007.01.12 거주자가 자기가 건설한 신축주택으로서 2001.5.23.부터 2003.6.30.까지의 기간 중에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함)를 받은 신축주택을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 조세특례제한법 제99조 의 3의 규정에 의하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하는 것임. 이 경우 당해 신축주택이 고가주택에 해당하는 때에는 감면대상에서 제외되는 것이며, 감면세액의 100분의 20에 상당하는 농어촌특별세가 과세되는 것임. ○ 재정경제부 재산세제과-96, 2007.01.10 「조세특례제한법」 제99조 의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 2002.12.31. 이전에 당해 신축주택에 대한 공사에 착수하여 2003.06.30. 이전에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 경우, 신축주택 과세특례가 배제되는 고가(고급)주택 판정은 같은법 부칙(2002.12.11. 법률 6762호) 제29조 제2항의 규정에 의하여 종전의 「소득세법 시행령」(2002.12.30. 대통령 제17825호로 개정되기 전의 것) 제156조 규정에 의하는 것임. 본 내용은 2007.01.10. 이후 결정(경정)하는 분부터 적용함. ○ 서면4팀-367, 2007.01.26 3. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제154조 제1항 규정의 “1세대 1주택 비과세”요건을 판정함에 있어 「조세특례제한법」 제99조 의 3 규정의 “신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례”에 해당하는 신축주택외의 일반주택을 2007.12.31.까지 양도하는 경우 당해 신축주택은 당해 소유자의 주택으로 보지 아니하는 것이나, 당해 신축주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 당해 소유자의 주택으로 보는 것임. ○ 국심2006서559, 2006.10.02 【제목】 신축주택이 2002.12.31. 이전에 착공되고 2003.6.30. 이전에 사용승인을 받은 경우 조세특례제한법 부칙 제29조의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례 대상임 【주문】 ○○○세무서장이 2006.1.26. 청구인에게 한 경정청구 거부처분은 이를 취소한다. 【이유】 1. 처분개요 가. 청구인은 1997.1.24. ○○○를 취득하였고, 동 아파트가 1999.6.3. 주택건설촉진법에 의한 재건축 사업계획승인을 받아 2000.3.16.에 재건축 공사에 착공하여 2003.5.10.에 사용승인을 받았으며, 청구인은 재건축으로 ○○○(전용면적 126.31㎡로서, 이하 “쟁점주택”이라 한다)를 분양받아 2005.7.28. 11억 9천만원에 양도하고 (이하생략) 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 조특례제한법 제99조의 3 제1항 제2호의 규정에 의한 신축주택으로서 동 주택이 2002.12.31. 이전에 착공되고 2003.6.30.이전 사용승인받은 경우 같은 법 부칙 제29조 제2항 규정에 의하여 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 있는지 여부 다. 사실관계 및 판단 (3) 종전 조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정전의 것) 제99조의 3 제1항은 2001.5.23.∼2003.6.30. 기간 중 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택에 대하여 이를 양도소득세의 감면대상으로 규정하면서 동항 단서에서 당해 신축주택이 종전 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정 전의 것) 제89조 제3호의 규정에 의한 고급주택에 해당할 경우 감면을 배제하였고, 2002.12.11. 법률 제6762호로 개정된 조세특례제한법 제99조의3 제1항 단서는 2003.1.1.이후 양도분에 대하여 개정 소득세법(2002.12.18. 법률 제6781호로 개정된 것) 제89조 제3호의 규정에 의한 고가주택을 감면대상에서 제외하였다. 다만, 같은 법 부칙 제29조 제2항은 당해 신축주택이 동 개정 소득세법 시행일인 2003.1.1.이전에 착공하여 2003.6.30.이전에 사용승인받은 경우에는 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용하는 경과규정을 두어 2000.3.15. 착공하여 2003.5.10. 사용승인을 받은 쟁점아파트의 양도소득에 대하여는 개정된 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항의 규정에 의해 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항을 적용하도록 하였다. (이하생략) (4) 따라서 쟁점주택은 전용면적이 126.31㎡로 149㎡에 미달하여 종전 소득세법 제89조 제3호 및 같은 법 시행령 제156조 제1항의 규정에 의한 고급주택에 해당되지 아니하므로 개정 조세특례제한법 부칙 제29조 제2항 및 종전 조세특례제한법 제99조 의 3 제1항의 규정에 의해 양도소득세를 감면하는 것이 타당○○○하므로 처분청이 청구인의 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이므로 취소함이 타당하다고 판단된다.