농업회사법인에 농지를 현물출자시 양도소득세 면제 여부

대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것임

[회신] 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것이며 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 없 음 ○ 질의내용 - 농업 ․ 농촌기본법 제16조에 규정한 농촌회사법인의 설립시 농지와 그에 따른 부대시설 등을 현물 출자할 경우에 농지와 그에 따른 부대시설 등을 현물 출자함으로 발생하는 소득에 대한 양도소득세 부과 여부와 사후관리는 어떻게 되는지? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제등】 ①「농업·농촌기본법」에 따른 농업회사법인(이하 "농업회사법인"이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조제1항의 규정을 준용하여 감면한다. <개정 2000.12.29, 2002.12.11, 2003.12.30, 2006.12.30> ②대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조제5항 내지 제8항을 준용한다. <개정 2000.12.29, 2003.12.30, 2006.12.30> ③대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업·농촌기본법」 제3조제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2004.12.31, 2006.12.30> ④농업회사법인에 출자한 거주자가 2009년 12월 31일까지 지급받는 배당소득 중 농업소득에서 발생한 배당소득 전액에 대하여는 소득세를 면제하고, 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득에 대하여는 「소득세법」 제14조제2항 의 규정에 따른 종합소득과세표준계산의 경우 합산하지 아니한다. 이 경우 농업소득에서 발생한 배당소득과 농업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령이 정하는 바에 따른다. <신설 2006.12.30> ⑤제1항·제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. <개정 2006.12.30> ○제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 (생 략) ④법 제66조제4항·제7항 및 법 제68조제2항 전단·제3항에서 " 대통령령이 정하는 농업인"이라 함은 「농어촌발전 특별조치법」에 의한 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산이 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시·군·구안에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. <개정 2005.2.19> ○ 제66조 【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】 (생 략) ④대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일이전에 농지 또는 「초지법」에 따른 초지(이하 "초지"라 한다)를 영농조합법인에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. ⑤제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2000.12.29> ⑥제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 제46조제4항중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. <개정 2000.12.29, 2001.12.29> ⑦대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 「농업·농촌기본법」 제3조제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. <개정 2004.12.31, 2006.12.30> ⑧ 제1항·제2항·제4항 및 제7항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다 . <신설 2004.12.31> ○ 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ①법 제66조제1항의 규정에 의하여 농업소득외의 소득중 법인세가 면제되는 소득금액은 각 사업연도별로 다음 산식에 의하여 계산한 금액이하의 금액으로 한다. <개정 2002.12.30> {1천200만원 ×조합원 수 ×(사업연도월수/12)} ②법 제66조제2항 전단의 규정에 의하여 소득세가 면제되는 배당소득은 과세연도별로 1천200만원이하의 금액으로 한다. ③법 제66조제2항 후단의 규정에 의한 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 각 배당시마다 다음 산식에 의하여 계산한 금액으로 하고, 농업소득에서 발생한 배당소득은 배당소득 총액중 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득을 차감한 금액으로 한다. <개정 2002.12.30> {영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 ×(배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도의 농지소득외의 소득금액/배당소득확정일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 총소득금액)} ④법 제66조제4항·제7항 및 법 제68조제2항 전단·제3항에서 "대통령령이 정하는 농업인"이라 함은 「농어촌발전 특별조치법」에 의한 농업인으로서 현물출자하는 농지·초지 또는 부동산이 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 그와 연접한 시·군·구안에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. <개정 2005.2.19> ⑤법 제66조제4항 및 법 제68조제2항의 규정에 의하여 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 면제되는 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농로·수로등에 사용되는 토지로 한다. 다만, 제66조제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다. <개정 2005.2.19> ⑥법 제66조제5항의 규정에 의한 세액의 납부는 농지를 현물출자하기 전에 자경하였던 기간과 현물출자후 출자지분 양도시까지의 기간을 합한 기간이 8년 미만인 경우에 납부하되, 납부하여야 하는 세액은 당해 농지에 대한 감면세액에 총출자지분에서 3년 이내에 양도한 출자지분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작기간을 계산함에 있어서 피상속인이 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. <개정 2000.12.29> ⑦법 제66조제1항의 규정에 의하여 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2003.12.30> ⑧법 제66조제2항의 규정에 의하여 배당소득에 대한 소득세를 면제받고자 하는 자는 당해 배당소득을 지급받는 때에 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서를 영농조합법인에 제출하여야 한다. 이 경우 영농조합법인은 배당금을 지급한 날이 속하는 달의 다음달 말일까지 조합원이 제출한 세액면제신청서를 원천징수 관할세무서장에게 제출하여야 한다. ⑨법 제66조제8항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받거나 이월과세를 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액면제신청서 또는 이월과세적용신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 이월과세적용신청서는 영농조합법인과 함께 제출하여야 한다. <개정 2005.2.19> 1. 현물출자계약서 사본 1부 2. 당해 농지의 등기부등본 1부