장기임대주택 감면 적용과 1세대 1주택 비과세 적용 여부

감면대상 장기임대주택은 당해 임대주택외의 1호의 주택에 대한 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것임.

[회신] 1. 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 또는 1985. 12.31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것입니다. 2. 위 1.에 해당하는 감면대상 장기임대주택은 당해 임대주택외의 1호의 주택에 대한 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어 당해 거주자의 소유주택으로 보지 않는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - “A”는 인접한 2필지의 대지위에 각각 5세대 이상이 거주할 수 있는 다가구주택 2동을 동시에 신축하여 보유하던 중 하나의 다가구주택을 2006년 9월에 양도함. - 당해 다가구주택 2동은 모두 조세특례제한법 제97조 규정에 의한 장기임대주택에 해당됨. - 먼저 양도한 다가구주택은 소득세법상 고가주택에 해당하지 않으며, “A”와 생계를 같이하는 세대원이 소유하는 주택은 당해 장기임대주택 2주택만을 소유하고 있음. ○ 질의내용 - 위의 경우 먼저 양도한 장기임대주택에 대하여 세액감면 규정을 적용하는 것과 양도하지 않은 장기임대주택을 소유주택에서 제외하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용하는 것 중 선택하여 신고․납부할 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 임대주택법에 의한 건설임대주택중 5년 이상 임대한 임대주택과 동법에 의한 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2001. 12. 29. 개정) 1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택 (1998. 12. 28. 개정) 2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1998. 12. 28. 개정) ② 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다 . (2005. 12. 31. 개정) ③ 제1항의 규정에 의하여 양도소득세를 감면받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다. (2001. 12. 29. 개정) ④ 제1항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제97조 【장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제97조 제1항 각호외의 부분 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다. (2001. 12. 31. 개정) ② 법 제97조 제1항 단서의 규정에 의한 건설임대주택의 일부 또는 동일한 지번상에 상가 등 다른 목적의 건물이 설치된 경우의 주택으로 보는 범위 및 필요경비계산에 관하여는 「소득세법 시행령」 제32조 제3항 및 제4항의 규정을 준용한다. (2005. 2. 19. 개정) ③ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 주택임대에 관한 사항을 신고하고자 하는 거주자는 주택의 임대를 개시한 날부터 3월 이내에 재정경제부령이 정하는 주택임대신고서를 임대주택의 소재지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정) ④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2001. 12. 31. 개정) 1. 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록증 (2005. 2. 19. 개정) 2. 임대차계약서 사본 (1998. 12. 31. 개정) 3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본 (1998. 12. 31. 개정) 4. (삭제, 2006. 6. 12. ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) 5. 기타 재정경제부령이 정하는 서류 (1998. 12. 31. 개정) ⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다. (1998. 12. 31. 개정) 1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것 (1998. 12. 31. 개정) 2. (삭제, 2001. 12. 31.) 3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 (1998. 12. 31. 개정) 3의 2. (삭제, 2001. 12. 31.) 4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것 (1998. 12. 31. 개정) 5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 재정경제부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 (2001. 12. 31. 개정) ⑥ 법 제97조 제3항에 따라 세액의 감면신청을 받은 납세지 관할 세무서장은 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화촉진에 관한 법률」 제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 임대주택에 대한 등기부 등본 또는 토지 및 건축물대장 등본을 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2006. 6. 12. 신설 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀-2679, 2006.08.04 「조세특례제한법」 제97조 의 규정에 의한 5호이상의 주택을 5년이상 임대한 장기임대주택은 당해 임대주택외의 1호의 주택에 대한 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 규정을 적용함에 있어서 당해 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것임 . ○ 서면4팀-987, 2006.04.18 1. 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면을 적용받기 위하여는 5호 이상의 임대주택을 2000.12.31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하여야 하고, 「조세특례제한법」 제97조 의 2의 규정에 의한 신축임대주택에 대한 양도소득세감면 적용 대상 주택은 국민주택으로서 1999.8.20.∼2001.12.31. 기간중에 신축된 주택과 1999.8.19. 이전에 신축된 공동주택으로서 1999.8.20. 현재 입주된 사실이 없는 주택 또는 「임대주택법」이에 의하 매입임대주택중 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.부터 2001.12.31.까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한함) 및 임대를 개시한 당해 신축 임대주택 1호 이상을 포함하여 2호 이상의 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 신축임대주택에 대하여 양도소득세가 감면되는 것임. 2. 위 1.에 해당하는 감면대상 장기임대주택 및 신축임대주택은 다른 거주하는 주택의 1세대 1주택 비과세규정을 적용함에 있어 소유주택으로 보지 않는 것임. ○ 서면5팀-823, 2006.11.15 1986.1.1.부터 2000.12.31.까지의 기간 중 신축된 국민주택 또는 1985.12.31. 이전에 신축된 공동주택으로서 1986.1.1. 현재 입주된 사실이 없는 국민주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 당해 주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 「조세특례제한법」 제97조 의 규정에 의하여 당해 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50(10년 이상 임대한 경우에는 100분의 100)에 상당하는 세액을 감면받을 수 있는 것이며 , 이에 임대주택의 임대기간의 기산일은 소재지 관할 세무서장이 확인한 사실상의 임대를 개시한 날을 기준으로 기산하는 것이며, 다가구주택이 임대주택법에 의한 임대사업자등록이 불가하여 관할 지방자치단체에 임대사업자등록을 하지 못한 경우에도 5호 이상 임대한 사실을 관할세무서장에게 신고하고 5년이상 임대하는 경우에는 동 법령을 적용받을 수 있는 것임. ○ 서면5팀-496, 2006.10.24 「조세특례제한법」 제99조 제1항 의 규정을 적용하는 “신축주택”이 「감면대상 신축주택」임을 전제로 ‘일반주택’ 양도에 대하여 1세대1주택 비과세를 적용받은 이후, 당해 “신축주택”을 양도하는 경우로서 「소득세법」 제89조 제1항 3호 의 규정에 의하여 1세대1주택 비과세를 적용하는 경우 「같은법」 시행령 제154조 제1항의 규정에 의한 거주기간 및 보유기간의 계산은 「조세특례제한법」 제99조 제2항 에서 규정하는 “소유주택”으로 변경된 날부터 기산하는 것임.