교환으로 취득한 주식을 재단법인에 출연하는 경우 과세이연 받은 양도소득세 납부여부

양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 재단법인에 출연한 경우에는 그 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 하는 것임.

[회신] 귀 질의의 경우, 내국인이 「조세특례제한법」 제38조의2 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 재단법인에 출연한 경우에는 「조세특례제한법」제38조의2 제3항 및 동법 시행령 제35조의3 제2항의 규정에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 가. 사실관계 - 당 거주자는 2003년 보유하고 있던 상장법인 주식을 전환지주회사의 자기주식과 교환 등을 하면 조특법 제38조의 2 제2항에 따라 양도소득세 과세를 이연 받고 있음. ․ 2002. 주식보유 상장법인 인적분할로 분할법인, 분할신설법인 주식 보유 ․ 2003. 분할법인 주식을 분할신설법인 주식과 교환으로 과세이연 ․ 2008. 분할법인 주식, 분할신설법인 주식 모두 재단법인에 출연 예정 나. 질문내용 - 상기 과세이연주식을 새로 설립할 재단법인에 출연할 경우 조특법 제38조의 2 제3항 제2호 “...주식을 증여하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우”(이하 ‘쟁점조항’)에 해당하는지에 대해 이견이 있어 질의함. (갑설) 증여에 해당한다. 쟁점조항이 단순히 “증여”라고 표현되고 있는 만큼 그 증여의 성격이 무엇인지에 관계없이 사후관리 대상에 해당한다. 또한, 상기 과세이연 혜택은 과세 자체를 포기하는 것이 아니고 미래 일정한 시점까지 부과처분을 이연하겠다는 의사표시인 만큼 사후관리 조건에 해당하는 경우 이연받은 양도소득세를 납부하여야 한다. (을설) 증여에 해당하지 않는다. 쟁점조항의 취지는 과세이연받은 주식을 “양도”라는 처분행위를 통하지 않고 증여나 상속을 통해 처분하는 경우 양도소득세를 과세하지 못한다는 불합리를 해결하기 위한 규정으로 특히 과세이연후 지계 존비속 등에게 증여 등을 통해 자산을 이전시키는 경우 당초 조특법이 의도하는 기업구조조정 촉진과는 무관하게 세부담의 이연효과를 지속시키는 부작용이 발생하기 때문이다. 하지만 이 사례와 같이 재단법인 등에 출연하는 경우에는 사적 이익차원에서 과세이연 효과를 연장시키는 행위가 아닌데다 상기 재단법인이 공익법인으로 출범할 예정인 만큼 공익 도모 차원에서 당해 증여는 쟁점조항의 증여에 해당하지 않는다고 보는 것이 타당하다. 또한, 양도소득세 과세이연 효과를 재차 연장하는 것이 사회적으로 유익한 공익법인 출연을 활성화시키는 정책인 만큼 당해 증여는 쟁점조항 증여와 무관하다고 보는 것이 합리적이다. 다. 질의요지 및 쟁점 상장법인 주식을 전환지주회사의 자기주식과 교환 등을 하면 조특법 제38조의 2 제2항에 따라 양도소득세 과세를 이연 받고 있는 상태에서 상기 주식을 재단법인(공익법인)에 출연하는 경우 동법 제3항 제2호의 “증여”에 해당하여 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야 하는지 여부 2. 관련법령 ○ 조세특례제한법 제38조 의 2 【주식의 현물출자 또는 교환ㆍ이전에 의한 지주회사의 설립 등에 대한 과세특례】 (2005. 12. 31. 제목개정) ② 내국인이 현물출자 또는 분할( 「법인세법」 제46조 제1항 각호 또는 동법 제47조 제1항에서 정한 요건을 갖춘 분할에 한하며, 이하 이 조에서 “분할”이라 한다)에 의하여 지주회사로 전환한 내국법인(제1항의 규정에 의하여 지주회사로 전환된 내국법인을 포함하며, 이하 이 조에서 “전환지주회사”라 한다)에 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2009년 12월 31일까지 주식을 현물출자하거나 그 전환지주회사의 자기주식과 교환(이하 이 조에서 “자기주식교환”이라 한다)하는 경우 그 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 전환지주회사의 주식가액 중 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 발생한 주식의 양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세 또는 법인세에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 내국인이 전환지주회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) 1. 내국법인이 지주회사로 전환할 당시 출자하고 있는 다른 내국법인 중 전환지주회사의 주식소유비율이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」 제8조 의 2 제2항 제2호 본문에서 정한 비율 미만인 법인과 당해 내국법인의 분할로 신설ㆍ합병되는 법인 및 분할후 존속하는 법인(이하 이 조에서 “지분비율미달자회사”라 한다)의 주식을 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2005. 12. 31. 개정) 2. 전환지주회사가 지주회사로 전환한 날부터 2년 이내에 현물출자하거나 자기주식교환하는 것일 것 (2000. 12. 29. 개정) 3. 자기주식교환의 경우에는 지분비율미달자회사의 모든 주주가 그 자기주식교환에 참여할 수 있어야 하며, 그 사실을 대통령령이 정하는 바에 따라 공시하였을 것 (2000. 12. 29. 개정) ③ 내국인이 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 양도소득세 또는 법인세의 과세를 이연받은 후 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 과세를 이연받은 양도소득세 또는 법인세를 납부하여야 한다. 이 경우 제3호 및 제4호의 사유에 해당하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당액을 그 납부하는 양도소득세 또는 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. (2000. 12. 29. 개정) 2. 양도소득세의 과세를 이연받은 거주자가 현물출자 또는 자기주식교환으로 인하여 취득한 지주회사 또는 전환지주회사의 주식을 증여 하거나 그 주식의 상속이 이루어지는 경우 (2000. 12. 29. 개정)