부동산등기특별조치법에 의한 소유권이전시 양도시기 및 농지의 8년자경 감면

겸업자의 경우에도 자경농지에 대한 양도소득세의 감면의 규정을 적용받을 수 있는 것이나 직접 자경 여부는 사실 조사하여 판단할 사항임

[회신] 겸업자의 경우에도 조세특례제한법 제69조의 규정을 적용받을 수 있는 것이나 직접 자경 여부는 사실 조사하여 판단할 사항으로서 기존사례(재일46014-1973,1994.7.20, 국심2003중2370,2003.11.28, 국심2006중523,2006. 6.26, 국심2005광2953,2006.5.2) 참고하시기 바랍니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 ○○시 ○○구 ○○동2가 소재 농지를 ○○시 ○○동에 거주하는 갑이 1988.5.4일 취득하여 과수묘목을 식재하고 2006년 12월까지 18년 이상을 직접 자신의 노동력으로 경작하여 왔음. 갑은 의과대학 교수임. 강의시간은 1주일중 2일 강의하고 있음. 갑은 주로 토요일과 일요일 및 공휴일에 주말농장의 개념으로 과수 묘목을 재배하였음. 당초 상기 부동산의 진입로가 없어 다리를 만드는 공사를 19893.6.16일 자비로 갑이 하였으며 다리공사 내역과 관련된 증빙지출 영수증을 보관하고 있음. 상기 갑의 부동산(과수원)은 해당구청에 농지원부도 비치되어 있고 상기 갑이 경작한 사실을 입증하고 있으며 상기 부동산은 토지이용계획확인원에 자연녹지구역이고 현재에도 과수원으로 되어 있음. 이러한 경우 실제로 갑이 8년 이상을 직접 자신의 노동력으로 경작한 농지로 보아 조세특례제한법 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면)에 따라 양도소득세의 100%에 상당하는 세액을 감면하여 신청할 수 있는지요. 아니면 단지 직업이 의과대학 교수라하여 조세특례제한법 제69조 의 감면을 적용받을 수 없는지의 여부를 질의합니다. ○ 질의내용 겸업(의과대학 교수)자의 경우에도 조세특례제한법 제69조 규정을 적용받을 수 있는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정) ② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (2002. 12. 11. 신설) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정) ○ 조세특례제한법시행령 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자” 라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1. 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) ② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금”이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지 로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정) 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정) ⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2003. 12. 30. 항번개정) ⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정) ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. (2006. 2. 9. 신설) ⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설) 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 재일46014-1973, 1994.07.20 【회신】 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호의 농지소재지에 거주하는 거주자는 같은법시행령 제54조 제2항의 요건을 충족하면 되는것으로서 사업자등록 유무와는 관계가 없음. ○ 국심2003중2370, 2003.11.28 청구인이 영위하고 있는 사업은 양돈업으로서 농민이 통상 경영할 수 있는 사업이고, 청구인의 남편 역시 청구인보다 대규모로 농업과 양돈업을 겸하고 있는 바, 이는 청구인 부부가 함께 그들 소유의 농지를 경작하면서 양돈업을 영위하였다고 보는 것이 사회통념상 타당하다 할 것이므로 처분청이 쟁점토지 중 일부를 임대하였다거나 양돈업을 영위하였다는 사실만으로 쟁점토지의 양도에 대하여 8년 이상 자경농지의 양도로 보지 아니하고 양도소득세 감면을 배제한 처분은 부당하다고 판단된다. ○ 국심2006중523, 2006.06.26 조세특례제한법상 양도소득세가 면제되는 자경농지의 요건을 갖추기 위하여는 농지소유자가 농지소재지 및 그 인접지역에 8년이상 거주하면서 자경하고 양도일 현재 농지이어야 하는 바, 처분청은 청구인이 축산업을 영위한 사업자이므로 쟁점토지를 직접 자경한 것으로 볼 수 없다고 판단하였으나, 축산업의 경우 농업을 겸업할 수 있는 것으로 보이며 청구인이 쟁점토지의 취득일 이전부터 양도일 현재까지 쟁점토지 소재지에서 거주하면서 농지인 쟁점토지를 경작하였다고 보는 것이 다른 특별한 반증이 없는 한 현실에 부합된다고 보인다. ○ 국심2005광2953, 2006.05.02 청구인이 ○○○대학교 교수로 재직하면서 간헐적으로 쟁점농지의 경작에 참여할 수는 있다 하더라도 청구인이 자기 책임하에 자경하였음을 인정하기는 어렵다 하겠으므로 쟁점농지에 대하여 8년이상 자경에 의한 양도소득세 감면대상이라는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.