자경농지에 대한 양도소득세의 감면 적용여부 및 자산의 취득시기 등

자경농지에 대한 양도소득세의 감면은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시・군・구(연접지역 포함)안의 지역에서 직접 8년이상 경작한 경우에 적용함.

[회신] 1. 조세특례제한법 제69조의 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면”규정은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하면서 자기가 직접 8년 이상 경작한 사실이 있는 경우로서 양도일 현재 지방세법상 농업소득세 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함함)이 되는 토지(농지)에 대하여 적용하는 것이며, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실 판단할 사항임. 2. 귀 질의의 자산의 취득시기에 대하여는 붙임 재일01254-1475(1990.7.30)호를 참조하기 바람. 3. 거주자가 보유하고 있는 토지 또는 건물을 2006.12.31.까지 양도하는 경우 그 자산의 양도차익을 산정함에 있어 적용할 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하는 것이나, 그 거래나 신고방법 등이 「소득세법」 제96조 제2항 각호(투기지정지역 소재 부동산 양도 등)에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의하는 것임. | 1. 질의내용 요약 | | 【사실관계】 - 농지의 표시 : 천안시 ○○읍 ○○리 7-3 (답) 2,355㎡ 천안시 ○○읍 ○○리 7-4 (답) 3,000㎡ 천안시 ○○읍 ○○리 7-5 (답) 2,205㎡ - 본 질의자는 1945년생으로 본 농지를 1955.3.1 매매를 원인으로 하여 소유권이전 은 1979.12.24로 실제와는 달리 등기부상 취득한 것처럼 되어있음. - 원래 본 농지는 질의자의 부친의 농지였으나 부친께서 1951년경 돌아가시면서 본 인은(당시 입양 중에 있었고 입양신고는 1955년 신고로 사후양자됨)1951.8.15 호 주 상속을 받은 자(신고는 돌아가신 이후 1955.11.30 호주상속됨)로 본 농지는 상 속재산으로서 당시 본인에게 소유권이전 되었어야 하나, 사정에 의하여 1955.3.1 매매를 한 것처럼 하여 1979.12.24 소유권이전등기를 마침. - 본인은 부친의 1951년 사망후 당시 나이 8세로 홀어머님과 같이 본인이 군에 입 대하여 제대하기까지(1969년도) 18년간 자경하여온 농지임. - 본인은 1969.8.30 제대 이후 서울에 취업을 위하여 주소를 서울로 이전(어머님 포 함)하고 어머님께서 시골을 왕래하며 시골의 작은집의 협조로 농사를 경작하여 왔 으며 현재는 “농지은행”에 위탁영농하고 있음. 【질의내용】 1. 상기 농지의 경우 취득시기는 언제로 보아야 하는지와 자경농지에 대한 양도소 득세 감면 규정을 적용받을 수 있는지 여부 ? 2. 농지의 양도시 양도가액은 실지거래가액인지 아니면 공시지가인지 ? 3. 본인의 경우 양도소득세가 부과된다면 대략 얼마나 되는지 ? | | 2. 질의내용에 대한 자료 | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금(당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다)을 청산한 날로 한다. (1998. 12. 31. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3～4. 생략 5. 상속 또는 증여에 의하여 취득한 자산에 대하여는 그 상속이 개시된 날 또는 증여를 받은 날 6. 생략 ②～⑧. 생략 ○ 조세특례제한법 제69조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 29. 제목개정) ① 농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8년 이상[대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 「농업기반공사 및 농지관리기금법」에 의한 농업기반공사 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령이 정하는 법인(이하 이 조에서 “농업법인”이라 한다)에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년 이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상(비과세ㆍ감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 “주거지역등”이라 한다)에 편입되거나 「도시개발법」 그밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. (2005. 12. 31. 개정) ② 농업법인이 당해 토지를 취득한 날부터 3년 이내에 당해 토지를 양도하거나 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 당해 법인이 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고시 제1항의 규정에 의하여 감면된 세액에 상당하는 금액을 법인세로 납부하여야 한다. (2002. 12. 11. 신설) ③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. (2002. 12. 11. 항번개정) ○ 제66조 【자경농지에 대한 양도소득세의 감면】 (2001. 12. 31. 제목개정) ① 법 제69조 제1항 본문에서 “농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자”라 함은 8년[제3항의 규정에 의한 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 「한국농촌공사 및 농지관리기금법」에 따른 한국농촌공사(이하 이 조에서 “한국농촌공사”라 한다) 또는 제2항의 규정에 따른 법인에게 양도하는 경우에는 3년] 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역(경작개시 당시에는 당해 지역에 해당하였으나 행정구역의 개편 등으로 이에 해당하지 아니하게 된 지역을 포함한다)에 거주하면서 경작한 자를 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1 . 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) 2. 제1호의 지역과 연접한 시ㆍ군ㆍ구안의 지역 (2001. 12. 31. 신설) ② 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 법인”이라 함은 「농업ㆍ농촌기본법」 제15조의 규정에 의한 영농조합법인 및 동법 제16조의 규정에 의한 농업회사법인을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ③ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금”이라 함은 「농산물의 생산자를 위한 직접지불제도 시행규정」 제3조의 2의 규정에 의한 경영이양보조금을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ④ 법 제69조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 8년(제3항의 규정에 따른 경영이양보조금의 지급대상이 되는 농지를 한국농촌공사 또는 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도하는 경우에는 3년) 이상 자기가 경작한 사실이 있는 농지로서 다음 각호의 1에 해당하는 것을 제외한 것을 말한다. (2006. 4. 28. 개정 ; 농업기반공사 및 농지관리기금법 시행령 부칙) 1. 양도일 현재 특별시ㆍ광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시( 「지방자치법」 제3조 제4항 의 규정에 의하여 설치된 도ㆍ농복합형태의 시의 읍ㆍ면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 및 공업지역안에 있는 농지로서 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모 개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」에 의한 주거지역ㆍ상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 지난 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 개정) 가. 사업시행지역안의 토지소유자가 1천명 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모 이상인 지역 (1998. 12. 31. 개정) 2. 환지처분이전에 농지외의 토지로 환지예정지를 지정하는 경우에는 그 환지예정지 지정일부터 3년이 지난 농지 (1998. 12. 31. 개정) ⑤ 제4항의 규정을 적용받는 농지는 「소득세법 시행령」 제162조 의 규정에 의한 양도일 현재의 농지를 기준으로 한다. 다만, 양도일 이전에 매매계약조건에 따라 매수자가 형질변경, 건축착공 등을 한 경우에는 매매계약일 현재의 농지를 기준으로 하며, 환지처분전에 당해 농지가 농지외의 토지로 환지예정지 지정이 되고 그 환지예정지 지정일부터 3년이 경과하기 전의 토지로서 환지예정지 지정후 토지조성공사의 시행으로 경작을 못하게 된 경우에는 토지조성공사 착수일 현재의 농지를 기준으로 한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑥ 생략 ⑦ 법 제69조 제1항 단서에서 “대통령령이 정하는 소득”이라 함은 「소득세법」 제95조 제1항 의 규정에 의한 양도소득금액(이하 이 항에서 “양도소득금액”이라 한다) 중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) (주거지역 등에 편입되거나 (취득당시의 환지예정지 지정을 받은 － 기준시가) 날의 기준시가) 양도소득금액 ×─────────────────────── (양도당시의 기준시가)―(취득당시의 기준시가) ⑧ 생략 ⑨ 법 제69조 제3항의 규정에 의하여 양도소득세의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 농지를 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 이 경우 제2항의 규정에 의한 법인에게 양도한 경우에는 당해 양수인과 함께 세액감면신청서를 제출하여야 한다. (2003. 12. 30. 항번개정) ⑩ 제9항 후단의 규정에 의한 세액감면신청서를 접수한 당해 세무서장은 제2항의 규정에 의한 법인의 납세지 관할세무서장에게 이를 즉시 통지하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정) ⑪ 제4항의 규정에 따른 경작한 기간을 계산함에 있어서 피상속인이 취득하여 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. 다만, 상속인이 상속받은 농지를 경작하지 아니한 경우에는 상속받은 날부터 3년이 되는 날까지 양도하는 경우에 한하여 피상속인이 취득하여 경작한 기간을 상속인이 경작한 기간으로 본다. (2006. 2. 9. 신설) ⑫ 법 제69조 제1항에서 “직접 경작”이라 함은 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말한다. (2006. 2. 9. 신설) ○ 소득세법 제96조 【양도가액】 ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다. (2005. 12. 31. 개정) ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. - 5. 생략 6. 양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조 제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우 (2005. 12. 31. 개정) 7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 (2005. 12. 31. 개정) 8. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지인 경우 (2005. 12. 31. 개정) 9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (2005. 12. 31. 개정) | | 2. 질의내용에 대한 자료 | | 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) | | ○ 서면4팀-1952, 2006.6.23 【회신】 1. 조세특례제한법 제69조 의 “자경농지에 대한 양도소득세의 감면”규정은 농지를 취득한 때부터 양도할 때까지의 사이에 농지가 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 안의 지역이나 이와 연접한 시ㆍ군ㆍ구에 거주하면서 자기가 직접 8년 이상 경작한 사실이 있는 경우로서 양도일 현재 지방세법상 농업소득세 과세대상(비과세 감면 및 소액부징수 대상을 포함함)이 되는 토지(농지)에 대하여 적용하는 것이며, 귀 질의의 경우 이에 해당하는지 여부는 사실판단할 사항임. ○ 서면5팀-283, 2006.9.28 【회신】 농지소재지에 거주하는 거주자가 8년 이상 직접 경작한 토지는 「조세특례제한법」 제69조 의 규정에 의하여 양도소득세 감면대상이며, 이 경우 ‘직접 경작’이라 함은 동법 시행령(2006.2.9. 대통령령 제19329호로 개정된 것을 말함) 제66조 제12항의 규정에 의하여 거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작 또는 다년성식물의 재배에 상시 종사하거나 농작업의 2분의 1 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작 또는 재배하는 것을 말하는 것임. ○ 서면4팀-1957, 2006.06.23 【회신】 거주자가 보유하고 있는 토지 또는 건물을 2006.12.31.까지 양도하는 경우 그 자산의 양도차익을 산정함에 있어 적용할 양도가액 및 취득가액은 기준시가에 의하는 것이나, 그 거래나 신고방법 등이 「소득세법」 제96조 제2항 각호(투기지정지역 소재 부동산 양도 등)에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의하는 것임. ○ 재일01254-1475, 1990.07.30 【질의】 본인은 양친이 1969. 2. 24 사망한후 양모의 선정으로 1969. 9. 10 사후 양자로 입양하여 양친명의 부동산을 법률 제3094호 부동산 소유권 이전등기 등에 관한 특별조치법에 의하여 1970. 3. 4 상속을 원인으로 한 소유권 이전등기를 1980. 9. 11자로 본인명의로 이전등기하였음. 그러나 실제로는 민법상 사후양자는 양친소유재산의 상속권이 없으므로 양친의 재산은 양모가 상속인이 되어 사후양자는 양모로부터 증여받은 것으로 되어 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 하여야 옳바른 이전등기였으나 소유권이전등기 등에 관한 특별조치법으로 이전등기하는 부동산에 관하여는 상속세 및 증여세를 면제하였으므로 그 당시 상속세 및 증여세 납부에 관한 문제는 없었으며 이전등기 신청시 관련기관이나 본인은 그당시 사후양자에 관한 민법상 재산 상속권에 대해서 알지 못하였고 아버지의 재산은 아들이 상속소유한 관습적인 관념으로 별생각없이 관습상인 상속을 원인으로 한 이전등기를 하였음. 그리고 그 당시 국민대부분이 법률 제3094호에 의한데로 사실상 양수소유한 부동산인지의 여부만 확인하였지 등기원인인 매매, 증여, 상속의 정확성과 등기원인 일자의 정확성은 없이 이전등기한 것이 상례였음. 그리고 양모의 사망일은 1989. 2. 10임. 이러할 경우 동 부동산을 매도할 예정인데 동 부동산의 취득시기를 상속을 원인으로 할 경우 민법상 본인은 양친소유 재산의 상속 개시일이 없으므로 취득시기를 상속개시일로 할려고 하여도 할 수 없게 되어 있음. 그러나 사실과 다르지만 등기원인 기록인 70. 3. 4을 상속 개시일로 보아 취득시기를 70. 3. 4로 하는것이 타당한지 아니면 등기원인 기록에 관계없이 사실상 증여에 의하여 등기된 것으로 호적등본과 사실판단에 의한 증여로 보아 이전등기일인 1980. 9. 11을 취득시기로 보아야 할지. 【회신】 1. 상속재산을 상속권이 없는 자가 상속을 원인으로 취득한 경우에는 정당한 상속인이 상속으로 취득한 후 증여한 것으로 봄. 2. 따라서 소유권이전등기접수일을 취득시기로 봄. |