개발제한구역 안의 임야에 대한 비사업용 토지 규정 적용 여부

농업인이 2009.12.31. 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(농지법에 의한 농업법인)에 현물출자함으로써 발생하는 소득은 양도소득세가 면제되는 것임.

[회신] 조세특례제한법시행령 제63조 제4항에 규정하는 농업인이 2009.12.31. 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것이며, 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 [사실관계] - 농지 및 과수원을 농지 소재지에서 3년이상 거주하고 있는 농업인들이(출자비율 1인 90%, 나머지 3인 10%) 현물출자방식으로 농업회사법인을 설립할 계획임. [질의내용] - 상기와 같은 요건을 현물출자의 경우 양도소득세를100% 면제받을 수 있는지 여부 와 농업인의 요건 및 자경농지 입증 서류는 무엇이 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제68조 【농업회사법인에 대한 법인세의 면제등】 ① 「농업ㆍ농촌기본법」에 따른 농업회사법인(이하 “농업회사법인”이라 한다)에 대하여는 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 농업소득에 대한 법인세를 면제하고 농업소득 외의 소득 중 대통령령이 정하는 소득에 대한 법인세를 제6조 제1항의 규정을 준용하여 감면한다. (2006. 12. 30. 개정) ② 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다. 이 경우 제66조 제5항 내지 제8항을 준용한다. (2006. 12. 30. 개정) ③ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 농업회사법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제2항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) ④ 이하 생략 ⑤ 제1항ㆍ제3항 및 제4항의 규정을 적용받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 (생 략) ④ 법 제66조 제4항ㆍ제7항 및 법 제68조 제2항 전단ㆍ제3항에서 “대통령령이 정하는 농업인”이라 함은 「농어촌발전 특별조치법」에 의한 농업인으로서 현물출자하는 농지ㆍ초지 또는 부동산(이하 이 조에서 “농지등”이라 한다)이 소재하는 시ㆍ군ㆍ구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 조에서 같다), 그와 연접한 시ㆍ군ㆍ구 또는 해당 농지등으로부터 직선거리 20킬로미터 이내에 거주하면서 직접 경작한 자를 말한다. (2008. 2. 22. 개정) ⑤ 법 제66조 제4항 및 법 제68조 제2항의 규정에 의하여 현물출자함으로써 발생한 소득에 대하여 양도소득세가 면제되는 농지는 전ㆍ답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막ㆍ퇴비사ㆍ양수장ㆍ지소ㆍ농로ㆍ수로 등에 사용되는 토지로 한다. 다만, 제66조 제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다. (2005. 2. 19. 단서개정) ⑥ 법 제66조 제5항의 규정에 의한 세액의 납부는 농지를 현물출자하기 전에 자경하였던 기간과 현물출자후 출자지분 양도시까지의 기간을 합한 기간이 8년 미만인 경우에 납부하되, 납부하여야 하는 세액은 당해 농지에 대한 감면세액에 총출자지분에서 3년 이내에 양도한 출자지분이 차지하는 비율을 곱하여 계산한다. 이 경우 상속받은 농지의 경작기간을 계산함에 있어서 피상속인이 경작한 기간은 상속인이 이를 경작한 기간으로 본다. (2000. 12. 29. 개정) ⑦ 법 제66조 제1항의 규정에 의하여 법인세를 면제받고자 하는 영농조합법인은 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액면제신청서 및 면제세액계산서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. 다만, 납부할 법인세가 없는 경우에는 그러하지 아니한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ○ 제66조 【영농조합법인등에 대한 법인세의 면제등】 ⑤ 제4항의 규정에 의하여 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년 이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29. 개정) ⑥ 제4항의 규정에 의하여 면제받은 양도소득세를 제5항 본문의 규정에 의하여 납부하는 때에는 제46조 제4항 중 이자상당가산액에 관한 규정을 준용한다. (2001. 12. 29. 개정) ⑦ 대통령령이 정하는 농업인이 2009년 12월 31일 이전에 영농조합법인에게 「농업ㆍ농촌기본법」 제3조 제1호의 규정에 따른 농작물생산업, 축산업 및 임업에 직접 사용되는 부동산(제4항의 규정에 의한 농지 및 초지를 제외한다)을 현물출자하는 경우 이월과세를 적용받을 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) ⑧ 제1항ㆍ제2항ㆍ제4항 및 제7항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 신청을 하여야 한다. (2004. 12. 31. 신설) 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면5팀-1885, 2007.06.25 【질의】 - 농업ㆍ농촌기본법 제16조에 규정한 농촌회사법인의 설립시 농지와 그에 따른 부대시설 등을 현물 출자할 경우에 농지와 그에 따른 부대시설 등을 현물 출자함으로 발생하는 소득에 대한 양도소득세 부과 여부와 사후관리는 어떻게 되는지. 【회신】 대통령령이 정하는 농업인이 2009.12.31. 이전에 농지 또는 초지를 농업회사법인(「농지법」에 따른 농업법인의 요건을 갖춘 경우에 한한다)에 현물출자함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제하는 것이며 양도소득세를 면제받은 자가 그 출자지분을 출자일부터 3년이내에 다른 사람에게 양도하는 경우에는 당해 양도일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 세액을 양도소득세로 납부하여야 하는 것임. ○ 재일46014-1922, 1998.10.07 【질의】 당사는 달걀 판매업과 달걀 가공 및 기타 식료품의 제조, 판매를 주사업목적으로 하는 농어촌발전특별조치법 제7조 의 규정에 의하여 설립된 농업회사 법인으로써, 당사의 과점주주로 되어 있는 출자자가 개별적으로 운영하고 있는 축산, 양계사업체를 사업의 연관성과 기업통합에 따른 재무구조의 개선을 도모하고 또한 경비절감을 통한 대외 경쟁력을 갖추기 위한 목적으로 당사에 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하되 사업용 건물과 그 부속토지를 당사에 현물출자를 하였을 경우에 조세감면규제법 제53조 제2항에 의하여 현물출자를 한 농업인(출자자)에 대하여 양도소득세가 면제되는지에 대하여 질의함. 【회신】 1. 농어촌발전특별조치법에 의한 농업인으로서 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말함. 이하 같음) 또는 그와 연접한 시·군·구 안에 거주하면서 직접 경작하던 자가 농어촌발전특별조치법에 의한 농업회사법인에 그 농지를 현물출자하는 경우에는 조세감면규제법 제53조 제2항의 규정에 의하여 양도소득세가 면제되는 것임. 2. 위 1의 경우에서 말하는 농지는 전·답으로서 지적공부상의 지목에 관계없이 실제로 경작에 사용되는 토지와 그 경작에 직접 필요한 농막·퇴비사·양수장·지소·농로·수로 등에 사용되는 토지를 말하는 것이며, 조세감면규제법시행령 제54조 제1항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외하는 것임. ○ 서면4팀-1246, 2006.05.03 【질의】 (질의요약) - 본인이 농지 소재지에 거주하면서 1980년부터 자경한 농지이며 2006년 공익사업개발로 양도하게 되었음. (질의) 1. 농지원부 생기기 전 또는 후에 농사를 짓은 사실에 대하여 농지원부 외에 입증할 수 있는 방법은 없는지. 2. 2006년에 주택과 자경농지를 양도하였을 경우 양도소득세를 합산하여 계산하는 방법은. 【회신】 「소득세법」 제95조 의 규정에 의한 양도소득금액과 「조세특례제한법」 제69조 의 감면소득금액이 있는 경우에 감면되는 양도소득세액은 「소득세법」 제92조 제2항 의 규정에 의한 양도소득과세표준에 「소득세법」 제104조 의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 금액에 당해 감면소득금액에서 「소득세법」 제103조 제2항 의 규정에 의한 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 계산하는 것이며, 8년 이상 경작한 농지가 양도소득세가 감면되는 자경농지에 해당하는지 여부는 등기부등본 또는 토지대장등본, 토지이용계획확인원, 주민등록등본, 농지원부등본 및 기타 경작한 사실을 입증할 수 있는 서류등에 의한 관련사실을 종합 확인하여 판단하는 것임.