조합원입주권을 승계취득한 경우의 장기보유특별공제 적용 방법

조합원입주권을 승계취득한 경우 장기보유특별공제를 적용함에 있어 재건축된 주택(그 부수토지를 포함)의 보유기간 기산일은 재건축아파트의 사용검사필증 교부일이 되는 것임

[회신] 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 재건축사업시행인가일(2005.5.30. 이전) 또는 관리처분계획인가일(2005.5.31. 이후) 이후에 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원으로부터 그 조합원의 입주자로 선정된 지위(이를 “입주권”이라 함)를 승계ㆍ취득한 경우에는 기존 건물의 멸실 여부와 관계없이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 주택 보유기간계산 등을 판단하는 것으로서, 양도자산에 대한 장기보유특별공제를 적용함에 있어 재건축된 주택(그 부수토지를 포함)의 보유기간기산일은 당해 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 되는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 본인은 2002.4.8 에 ◇◇구 ◇◇동에 아파트 입주권을 매입하여 관리처분후 26평을 배정받았음 - 입주예정일이 2006.12.28 인데 개인사정으로 2006.11.14 에 매도하였음 - 본인은 2002년 상반기부터 2006년 하반기까지 위 부동산 대지지분에 대한 재산세를 5년간 완납하였고, 보유기간은 만 4년임 ○ 질의내용 상기의 경우 대지에 대한 양도소득세 장기보유특별공제(3년이상)를 적용 받을 수 있는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정) 2. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산에 관한 권리의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29. 개정) 가. 부동산을 취득할 수 있는 권리(건물이 완성되는 때에 그 건물과 이에 부수되는 토지를 취득할 수 있는 권리를 포함한다) (2000. 12. 29. 개정) 나. 지상권 (2000. 12. 29. 개정) 다. 전세권과 등기된 부동산임차권 (2000. 12. 29. 개정) 3. 이하생략 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정) ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 (1994. 12. 22. 개정) 양도차익의 100분의 10 2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 (2005. 12. 31. 개정) 양도차익의 100분의 15 3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2005. 12. 31. 개정) 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 ③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 개정) ④ 제2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산한다. (1996. 12. 30. 단서신설) ⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정) 나. 관련 예규 (법률, 시행령, 시행규칙) ○ 서면4팀-1585, 2006.06.05 【질의】 (사실관계) A 주택 : 3년이상 보유 및 2년이상 거주한 주택임. B 주택 입주권 - 2001년 조합설립인가되고, 2003년에 사업계획승인받아 이주중인 재건축 아파트의 재건축조합입주권을 2004.3월에 취득하였으며 2004년에 철거되고 2005년에 관리처분 및 일반분양이 완료됨. (질의) 본인은 B주택이 완성된 후 재건축 아파트로 입주하려 계획하고 있음. 위의 경우 A주택이 양도소득세를 비과세받기 위해서는 언제까지 매도하여야 하는지 등. 【회신】 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 재건축사업시행인가일(2005.5.30. 이전) 또는 관리처분계획인가일(2005.5.31. 이후) 이후에 주택재건축사업을 시행하는 정비사업의 조합원으로부터 그 조합원의 입주자로 선정된 지위(이를 “입주권”이라 함)를 승계ㆍ취득한 경우에는 기존 건물의 멸실 여부와 관계없이 부동산을 취득할 수 있는 권리로 보아 주택 보유기간계산 등을 판단하는 것으로서, 양도자산에 대한 1세대 1주택 비과세의 적용과 장기보유특별공제액의 계산 및 세율을 적용함에 있어 재건축된 주택(그 부수토지를 포함)의 보유기간기산일은 당해 재건축아파트의 사용검사필증 교부일(사용검사전에 사실상 사용하거나 사용승인을 얻은 경우에는 그 사실상의 사용일 또는 사용승인일)이 되는 것임. ○ 서면4팀-1326, 2006.05.11 【질의】 (내용) -서초구 소재 아파트(A)를 1996년 2월 취득하여 2년거주 요건을 충족한 상태이고 - 다른 서초구 소재 아파트(B)를 2003년 6월 취득하였고, 현재 재건축 심의를 통과한 상태임. (질의) (1) 2007.1.1. 이후 (B)아파트를 철거 하여 입주권 상태에서 먼저 양도할 경우 양도 소득세율은 어떻게 적용하고, 장기보유특별공제도 가능한지 여부 (2) (A)아파트를 양도할 경우 주택투기지역이므로 실지거래금액으로 신고하여야 하는데 매입당시 계약서를 분실한 경우 취득가액을 어떻게 산정하는지. 【회신】 1. 주택 1채와 소득세법 제89조 제2항 의 조합원입주권을 소유한 1세대가 조합원입주권을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제1항 제2호 가목에 해당하는 부동산을 취득할 수 있는 권리를 양도한 것으로 보는 것이므로 소득세법 제104조 제1항 제2의 6의 규정인 양도세율 중과세율(50％)이 적용되지 않는 것이며 2.「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임. ○ 서면4팀-1946, 2005.10.21 【질의】 재건축아파트의 고가입주권을 양도하고 양도소득세를 계산하는 과정에서 양도차익에 대한 장비보유특별공제를 함에 있어서 기존부동산의 양도차익에 대하여만 공제를 하는지 아니면 권리부분에 대한 양도차익에 대하여도 공제를 할 수 있는지. 【회신】 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임.