교회용으로 사용하는 개인소유 부동산을 양도하는 경우 양도소득세 과세여부 등

「민법」 제32조의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 「국세기본법」 제13조의 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물을 양도하는 경우 동 부동산의 소유자에게 양도소득세가 과세되는 것임

[회신] 1. 「민법」 제32조의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 「국세기본법」 제13조의 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교회를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물을 양도하는 경우 동 부동산의 소유자에게 양도소득세가 과세되는 것입니다. 2. 「소득세법」 제89조 제1항 제3호 및 동법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말하는 것입니다. 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 교회의 목사 주택은 2002.9월 구 건물 주택에 거주하다가 철거하여 신축한 목사 개인의 명의로 신축 취득하여 2005년 2월 입주하여 사실상 3년이상 1주택에서 거주하였음 - 교회 영내에 교회의 주차장용 토지가 담임 목사의 명의로 4년간 등기되어 종교의 용도로 사용하다가 주택공사에 수용되었음 ○ 질의내용 소득세법 시행령 제154조 제1항 의 규정에 의거 양도소득세 비과세에 해당하는지 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 파산선고에 의한 처분으로 인하여 발생하는 소득 (1994. 12. 22. 개정) 2. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 교환 또는 분합으로 인하여 발생하는 소득 (1994. 12. 22. 개정) 3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정) 4. 이하생략 ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 「임대주택법」에 의한 건설임대주택을 취득하여 양도하는 경우로서 당해 건설임대주택의 임차일부터 당해 주택의 양도일까지의 거주기간이 5년 이상인 경우 (2005. 2. 19. 개정) 2. 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우. 이 경우 가목에 있어서는 그 양도일 또는 수용일부터 2년 이내에 양도하는 그 잔존주택 및 그 부수토지를 포함하는 것으로 한다. (2006. 2. 9. 개정) 가. 주택 및 그 부수토지(사업인정 고시일 전에 취득한 주택 및 그 부수토지에 한한다)의 전부 또는 일부가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의한 협의매수ㆍ수용 및 그 밖의 법률에 의하여 수용되는 경우 (2006. 2. 9. 개정) 나. 「해외이주법」에 따른 해외이주로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. (2006. 2. 9. 신설) 다. 1년 이상 계속하여 국외거주를 필요로 하는 취학 또는 근무상의 형편으로 세대전원이 출국하는 경우. 다만, 출국일부터 2년 이내에 양도하는 경우에 한한다. (2006. 2. 9. 개정) 3. 1년 이상 거주한 주택을 재정경제부령이 정하는 취학, 근무상의 형편, 질병의 요양 기타 부득이한 사유로 양도하는 경우 (1998. 4. 1. 직제개정) ② ~ ⑦ 생략 ⑧ 제1항의 규정에 의한 거주기간 또는 보유기간을 계산함에 있어서 거주하거나 보유하는 중에 소실ㆍ도괴ㆍ노후 등으로 인하여 멸실되어 재건축한 주택의 경우에는 그 멸실된 주택과 재건축한 주택에 대한 기간을 통산한다. ⑨ 법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용함에 있어서 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우에는 당해 거주자가 선택하는 순서에 따라 주택을 양도한 것으로 본다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단ㆍ재단 기타 단체(이하 “법인격이 없는 단체”라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정) 〈☞ (주) 1, 2〉 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단ㆍ재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22. 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단ㆍ재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단ㆍ재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22. 개정) 1. 사단ㆍ재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22. 개정) 2. 사단ㆍ재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 (1994. 12. 22. 개정) 3. 사단ㆍ재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994. 12. 22. 개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22. 개정) ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 “법인으로 보는 단체”라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정) ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22. 개정) ⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22. 개정) ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청ㆍ승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정) 나. 관련 예규 (법률, 시행령, 시행규칙) ○ 서면4팀-2694, 2006.08.04 【질의】 (사실관계) - 2000.6.24. 경매로 대구지역 소재 주택(그 부수토지 포함)을 낙찰받아 소유권이전등기 완료함. - 2005.7.1. 경매받은 주택 이외의 기존의 아파트를 매매하여 소유권이전 완료함. - 상기 매매로 취득한 주택을 양도하려고 함. (질의사항) 위와 같은 상황에서 경매로 취득한 주택을 양도하는 경우 양도소득세 비과세여부 【회신】 「소득세법」 제89조 제3호 및 동법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족(직계존비속 및 형제자매)과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말하는 것임. ○ 서면4팀-2532, 2005.12.19 【회신】 「민법」 제32조 의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 「국세기본법」 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교회를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지ㆍ건물을 양도하는 경우 동 부동산의 소유자에게 양도소득세가 과세되는 것임. ○ 서면4팀-1145, 2005.07.07 【질의】 질의자 본인은 인천에서 목회를 하는 목사임. 교회를 건축하기 위하여 당사자 합의에 의한 증여등기로 토지를 매입하였는데 2년을 소유하였으나 교회를 건축하지 못하고 양도한 경우 양도소득세가 과세되는지 아니면 증여세가 과세되는지. 〈갑설〉 매매계약 관계증빙서류에 의거 양도소득세를 과세함. 〈을설〉 증여등기하고 교회용도에 사용하지 못하였으므로 증여세를 과세함. 【회신】 귀 질의의 경우 당해 토지의 소유자가 누구인지 등 사실관계가 다소 불분명하여 정확한 답변을 하기 어려우나, 토지의 소유자가 목사 개인이거나 또는 토지의 소유자가 교회로서 국세기본법 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체에 해당하지 않은 개인인 경우 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임.