농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례 적용 여부 등

조세특례제한법 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 농어촌주택을 취득하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 농어촌주택을 소유주택이 아닌 것으로 보아 비과세 여부를 판정함

[회신] 1. 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함) 중에 조세특례제한법 제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 소득세법 제89조 제1항 제3호의 규정을 적용하는 것입니다. 2. 한편, 위 “1”의 조세특례제한법 제99조의 4에 따른 과세특례를 적용받고자 하는 경우에는 “농어촌주택취득자에 대한 과세특례적용신고서”(조세특례제한법 시행규칙 별지 제63호의 4 서식)를 소득세법 제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 합니다. 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 본인은 현재 55세로 경기도 광명시 소재 아파트 1채와 충북 충주시 ○○면 소재 작은 농가주택을 1채 소유하고 있음 - 충북 충주시 ○○명 소재 주택의 취득 현황 등은 아래와 같음 • 취득일(등기접수일) : 2005. 5. 16. • 건물 면적 : 단독주택 34㎡, 단층축사 38㎡, 단층축사 20㎡ • 부수토지 면적 : 436㎡ - 자녀 대학교육을 위하여 광명시 소재 아파트를 처분해야 하는 상황임 ○ 질의내용 (1) 광명시 소재 아파트를 양도하는 경우 충주시 ○○면 소재 주택이 조세특례제한법 제99조 의 4 제1항의 농어촌주택에 해당하는 것으로 보아 1세대 1주택 비과세 적용이 가능한지 (2) 충주시 ○○면 소재 주택이 위 “(1)”의 농어촌주택에 해당하는 경우 광명시 소재 아파트를 양도한 후 양도소득세 신고 방법 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 “양도소득세”라 한다)를 과세하지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정) 1 ~ 2. 생략 3. 대통령령이 정하는 1세대 1주택(가액이 대통령령이 정하는 기준을 초과하는 고가주택을 제외한다)과 이에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령이 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지(이하 이 조에서 “주택부수토지”라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2005. 12. 31. 개정) 4. (삭제, 2005. 12. 31.) ② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005. 12. 31. 신설) ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준예정신고】(1999. 12. 28. 제목개정) ① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2003. 12. 30. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월. 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) 2. 생략 ② 이하 생략 ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】(1999. 12. 28. 제목개정) ① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2000. 12. 29. 개정) ② 이하 생략 ○ 소득세법 시행령 제154조 【1세대 1주택의 범위】 ① 법 제89조 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대(이하 “1세대”라 한다)가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 「택지개발촉진법」 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말한다. 다만, 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 보유기간 및 거주기간의 제한을 받지 아니한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 이하 생략 ② 이하 생략 ○ 조세특례제한법 제99조 의 4【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 거주자 및 그 배우자가 구성하는 대통령령이 정하는 1세대(이하 이 조에서 “1세대”라 한다)가 2003년 8월 1일부터 2008년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “농어촌주택취득기간”이라 한다) 중에 다음 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 이 조에서 “농어촌주택”이라 한다)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(이하 이 조에서 “일반주택”이라 한다)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아「소득세법」제89조 제1항 제3호의 규정을 적용한다 . (2005. 12. 31. 개정) 1. 취득당시 다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한 지역으로서 「지방자치법」 제3조 제3항 및 제4항의 규정에 의한 읍 또는 면에 소재할 것 (2005. 12. 31. 개정) 가. 광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역. 다만, 접경지역지원법 제2조의 규정에 의한 접경지역(광역시에 소속된 군에 소재하는 지역 및 수도권지역 중 지역특성 등이 접경지역과 유사한 지역을 포함한다) 중 부동산가격동향 등을 감안하여 대통령령이 정하는 지역을 제외한다. (2005. 12. 31. 개정) 나. 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 제6조 및 동법 제117조의 규정에 의한 도시지역 및 허가구역 (2003. 12. 30. 신설) 다. 「소득세법」제104조의 2 제1항의 규정에 의한 지정지역 (2003. 12. 30. 신설) 라. 그 밖에 관광단지 등 부동산가격안정이 필요하다고 인정되어 대통령령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설) 2. 대지면적이 660제곱미터 이내이고, 주택의 면적이 대통령령이 정하는 기준 이내일 것 (2003. 12. 30. 신설) 3. 주택 및 이에 부수되는 토지의 가액( 소득세법 제99조 의 규정에 의한 기준시가를 말한다)의 합계액이 당해 주택의 취득당시에는 7천만원을 초과하지 아니하고, 일반주택의 양도당시에는 대통령령이 정하는 금액을 초과하지 아니할 것 (2003. 12. 30. 신설) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 농어촌주택취득기간내에 농어촌주택의 매매계약을 체결(계약금을 지급한 경우에 한한다)하고 2006년 12월 31일까지 잔금을 모두 지급하는 경우에는 농어촌주택취득기간내에 농어촌주택을 취득한 것으로 본다. (2003. 12. 30. 신설) ③ 1세대가 취득한 농어촌주택과 보유하고 있던 일반주택이 행정구역상 같은 읍ㆍ면 또는 연접한 읍ㆍ면에 소재하는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (2003. 12. 30. 신설) ④ 1세대가 제1항의 규정에 의한 농어촌주택의 3년 이상 보유요건을 충족하기 전에 일반주택을 양도하는 경우에도 제1항의 규정을 적용한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑤ 제4항의 규정에 의한 양도소득세의 특례를 적용받은 1세대가 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 된 경우에는 과세특례를 적용받은 자가 과세특례를 적용받지 아니하였을 경우 납부하였을 세액에 상당하는 세액으로서 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액을 그 보유하지 아니하게 된 과세연도의 과세표준신고시 양도소득세로 납부하여야 한다. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 의한 수용 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 신설) ⑥ 제1항 및 제4항의 규정에 의한 과세특례를 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 과세특례신청을 하여야 한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑦ 농어촌주택의 면적 및 취득가액의 산정방법, 농어촌주택의 보유기간의 계산, 농어촌주택의 판정기준 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2003. 12. 30. 신설) ○ 조세특례제한법 시행령 제99조 의 4【농어촌주택 취득자에 대한 양도소득세 과세특례】 ① 법 제99조의 4 제1항 각호외의 부분에서 “대통령령이 정하는 1세대”라 함은 제99조의 2 제3항의 규정에 의한 1세대를 말한다. (2003. 12. 30. 신설) ② 법 제99조의 4 제1항 제1호 가목 단서에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 경기도 연천군, 인천광역시 옹진군 및 그 밖에 지역특성이 이와 유사한 지역으로서 재정경제부령이 정하는 지역을 말한다. (2003. 12. 30. 신설) ③ 법 제99조의 4 제1항 제1호 라목에서 “대통령령이 정하는 지역”이라 함은 「관광진흥법」제2조의 규정에 의한 관광단지를 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ④ 법 제99조의 4 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준 이내”라 함은 주택의 연면적이 150제곱미터(공동주택의 경우에는 전용면적 116제곱미터)이내를 말한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑤ 법 제99조의 4 제1항 제3호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 1억원을 말한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑥ 법 제99조의 4 제5항 본문에서 “대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 세액”이라 함은 일반주택을 양도한 시점에서의 당해 일반주택에 대한「소득세법」제104조의 규정에 의하여 계산한 세액을 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑦ 법 제99조의 4 제5항 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」및 그 밖의 법률에 의한 수용(협의매수를 포함한다), 사망으로 인한 상속 또는 멸실의 사유로 인하여 당해 농어촌주택을 3년 이상 보유하지 아니하게 되는 경우의 당해 사유를 말한다. (2005. 2. 19. 개정) ⑧ 법 제99조의 4에 따른 과세특례를 적용받으려는 자는 재정경제부령이 정하는 과세특례신고서를「소득세법」제105조 또는 동법 제110조에 따른 양도소득세과세표준신고기한 내에 제출하여야 한다 . 이 경우 납세지 관할세무서장은「전자정부법」제21조 제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 다음 각 호의 서류를 확인하여야 하며, 신청인이 확인에 동의하지 아니하는 경우에는 이를 첨부하도록 하여야 한다. (2007. 6. 28. 후단개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 간접투자자산 운용업법 시행령 등 일부개정령) 1. 일반주택의 토지대장 및 건축물관리대장 (2003. 12. 30. 신설) 2. 농어촌주택의 토지대장 및 건축물관리대장 (2003. 12. 30. 신설) ⑨ 법 제99조의 4 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 농어촌주택의 면적 및 가액을 산정함에 있어서 일반주택의 양도일까지 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에는 당해 증가된 건물ㆍ 토지의 면적 및 가액을 포함하여 계산한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑩ 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 및 제4항의 규정에 의한 농어촌주택의 보유기간은 당초 농어촌주택의 취득일부터 기산하여 계산한다. (2003. 12. 30. 신설) ⑪ 농어촌주택의 증축 또는 그 부수토지의 추가 취득이 있는 경우에 있어서 법 제99조의 4 제1항 각호 외의 부분의 규정에 의한 농어촌주택취득기간 이내의 취득 또는 동조 동항 제1호의 규정에 의한 지역에 해당하는 여부의 판정은 당초 농어촌주택의 취득일을 기준으로 한다. (2003. 12. 30. 신설) 나. 관련 예규 (예규, 해석사례, 심사, 심판) ○ 서면4팀-3484, 2007.12.06 【질의】 (내용) - ○○광역시 ○구 ○○동 지역에 소재하는 A주택을 2005.04.06. 취득 하였음 * A주택은 2005.04.06. 잔금지급 및 소유권이전등기접수 하였음 - 경북 ○○군 ○○면 지역에 소재하는 B주택(대지 198㎡, 건물 99㎡)을 2005.04.07. 취득가액 6,000만원(기준시가 3,200만원)에 취득 하였음 * B주택은 2005.04.07. 잔금지급 및 2005.04.08. 소유권이전등기접수 하였음 (질의) - 위와 같은 경우로서 경북 ○○군 ○○면 지역에 소재하는 B주택을 취득하기 전에 보유하던 A주택을 3년 이상 보유하고 2008.04.06. 이후 양도하는 경우 당해 A주택은 1세대 1주택 비과세가 적용되는지 여부 【회신】 1. 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 2003.08.01.부터 2008.12.31.까지의 기간(이하 “농어촌주택취득기간”이라 함) 중에「조세특례제한법」제99조의 4 제1항 각호의 요건을 갖춘 1개의 주택(이하 “농어촌주택”이라 함)을 취득(자기가 건설하여 취득한 경우를 포함한다)하여 3년 이상 보유하고 당해 농어촌주택 취득 전에 보유하던 다른 주택(일반주택)을 양도하는 경우에는 당해 농어촌주택을 당해 1세대의 소유주택이 아닌 것으로 보아 1세대 1주택 비과세(실지 양도가액이 6억원을 초과하는 고가주택은 제외) 규정을 적용하는 것입니다. 2.「소득세법」제89조 제1항 제3호 및 같은법 시행령 제154조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세가 비과세되는 “1세대 1주택”이라 함은 거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이하는 가족(직계존비속 및 형제자매)과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 당해 주택의 보유기간이 3년 이상인 것(서울특별시, 과천시 및 택지개발촉진법 제3조 의 규정에 의하여 택지개발예정지구로 지정ㆍ고시된 분당ㆍ일산ㆍ평촌ㆍ산본ㆍ중동 신도시지역에 소재하는 주택의 경우에는 당해 주택의 보유기간이 3년 이상이고 그 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 것)을 말하는 것이며, 이 경우 양도하는 주택이 「소득세법 시행령」제156조 규정의 고가주택에 해당하는 경우에는 같은법 시행령 제160조 제1항 규정에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세가 과세되는 것입니다.