주택과 그 부수토지의 수용시 보상금 지급시기가 상이한 경우 양도시기 및 예정신고납부세액공제 여부 등

1세대 2주택을 소유하는 자의 1주택 및 그 부수토지가 수용되면서 2006년 12월에 그 부수토지에 대한 보상금을 수령한 때에는 대금을 청산한 날, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것임.

[회신] 1. 1세대 2주택을 소유하는 자의 1주택 및 그 부수토지가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 수용되면서 2006년 12월에 그 부수토지에 대한 보상금을 수령한 때에는「소득세법 시행령」제162조 제1항 규정에 의하여 대금을 청산한 날, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것입니다. 2. 1주택을 소유한 1세대가 소유하는 주택 및 그 부수토지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 협의매수 또는 수용되는 경우로서, 주택과 그 부수토지의 보상금 합계금액이 6억원을 초과하나, 보상금을 지급할 당시 주택의 보상가격이 미산정되어 보상가격이 6억원 미만인 주택의 부수토지에 대하여 먼저 소유권 이전등기를 하고 「소득세법」 제105조 및 동법 제106조 규정에 따른 예정신고·납부를 하지 아니한 경우에는 동법 제108조 규정이 적용되지 아니하며, 이 경우 「소득세법」 제110조에서 규정하는 확정신고기한 내에 주택 보상가격이 산정된 때(지장물 손실보상협의 요청일)에는 토지의 양도소득에 대하여 확정신고를 하여야 「국세기본법」에 따른 신고·납부불성실 가산세가 적용되지 아니하는 것입니다. 끝. ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 내 용 - 주택과 그 부수토지가 공익사업용으로 수용되어 보상금 지급시기가 상이한 경우로서 주택의 부수토지는 2006년말에 대금청산되고 소유권이전등기가 되 었으나, 주택의 건물은 2007년 12월 이후에 대금청산되고 소유권이전등기될 예정임 - A안 : 서면4팀-2103, 2006.07.06. ; 서면5팀-1252, 2006.12.15. 주택과 그 부수토지의 보상금 지급시기가 상이한 경우에 전체를 하나의 양도로 보아 소득세법 시행령 제162조 (양도 또는 취득의 시기)의 규정을 적용함 - B안 : 서면4팀-4075, 2006.12.14. ; 서면4팀-1581, 2007.05.11. 주택과 그 부수토지의 부상금 지급시가가 상이한 경우에 대금청산 전에 당해 건물 또는 그 부수토지에 대해 소유권이전등기를 하는 경우에 등기접수일이 양도일이라고 하며, 건물의 보상금액은 예상보상금액으로 하고 추후에 증감이 되는 경우에 수정신고를 적용함 ○ 질 의 위와 같이 주택의 부수토지는 2006년말에 대금청산되고 소유권이전등기된 경우로서 그 주택의 부수토지 양도에 따른 양도소득세는 위 A안을 적용하여 2007년 12월에 양도되는 주택의 건물과 같이 양도소득세를 신고하는 경우, 그 부수토지는 당해 부수토지에 대한 확정신고기한까지 양도소득세를 무신고한 것으로 보아 예정신고납부세액공제 불공제와 가산세가 부과되는지 여부 등 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다 . (1994. 12. 22. 개정) ○ 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】 ① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금 (당해 자산의 양도에 대한 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 양수자가 부담하기로 약정한 경우에는 당해 양도소득세 및 양도소득세의 부가세액을 제외한다) 을 청산한 날로 한다 . (1998. 12. 31. 개정) 1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기ㆍ등록접수일 또는 명의개서일 (2001. 12. 31. 개정) 2. 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기(등록 및 명의의 개서를 포함한다)를 한 경우에는 등기부ㆍ등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일 3. 재정경제부령이 정하는 장기할부조건의 경우에는 소유권이전등기(등록 및 명의개서를 포함한다) 접수일ㆍ인도일 또는 사용수익일중 빠른 날 (1999. 12. 31. 개정) 4. 이하 생략 ○ 소득세법 제105조 【양도소득과세표준예정신고】 ① 제94조 제1항 각호에 규정하는 자산을 양도한 거주자는 제92조 제2항의 규정 에 의하여 계산한 양도소득과세표준을 다음 각호의 구분에 의한 기간 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다 . (2003. 12. 30. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산을 양도한 경우에는 그 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 . 다만, 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제117조 제1항 의 규정에 의한 거래계약허가구역안에 있는 토지를 양도함에 있어서 토지거래계약허가를 받기 전에 대금을 청산한 경우에는 그 허가일이 속하는 달의 말일부터 2월로 한다. (2006. 12. 30. 단서개정) 2. 생략 ② 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 예정신고라 한다. (1999. 12. 28. 개정) ③ 제1항의 규정은 양도차익이 없거나 양도차손이 발생한 때에도 적용한다. (1994. 12. 22. 개정) ○ 소득세법 제106조 【예정신고자진납부】 ① 거주자가 예정신고를 하는 때에는 제107조의 규정에 의하여 계산한 산출세액 에서 「조세특례제한법」 기타 법률에 의하여 감면되는 세액과 제108조의 규정 에 의한 예정신고납부세액공제를 한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서ㆍ한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. (2006. 12. 30. 개정) ② 제1항의 규정에 의한 납부는 이를 예정신고자진납부라 한다. (1999. 12. 28. 개정) ③ 생략 ○ 소득세법 제108조 【예정신고납부세액공제】 ① 예정신고와 함께 자진납부를 하는 때에는 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제한다 . (2000. 12. 29. 단서삭제) ② 제1항의 규정에 의한 공제는 이를 예정신고납부세액공제라 한다. (1999. 12. 28. 개정) ○ 소득세법 제110조 【양도소득과세표준 확정신고】 ① 당해연도의 양도소득금액이 있는 거주자는 그 양도소득과세표준을 당해연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지(제105조 제1항 제1호 단서의 규정에 해당하는 경우에는 토지의 거래계약허가일이 속하는 연도의 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지) 대통령령이 정하는 바에 의하여 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2000. 12. 29. 개정) ② 제1항의 규정은 당해연도의 과세표준이 없거나 결손금액이 있는 때에도 적용 한다. (1994. 12. 22. 개정) ③ 제1항의 규정에 의한 양도소득과세표준의 신고는 이를 확정신고라 한다. (1999. 12. 28. 개정) ④ 예정신고를 한 자는 제1항의 규정에 불구하고, 당해 소득에 대한 확정신고를 하지 아니할 수 있다. 다만, 당해연도에 누진세율의 적용대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등으로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29. 단서신설) ⑤ 확정신고에 있어서는 그 신고서에 양도소득금액의 계산의 기초가 된 양도가액과 필요경비의 계산에 필요한 서류로서 대통령령이 정하는 것을 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1999. 12. 28. 개정) ⑥ 생략 ○ 국세기본법 제47조 【가산세의 부과】 ① 정부는 세법에 규정하는 의무를 위반한 자에 대하여 이 법 또는 세법이 정하는 바에 의하여 가산세를 부과할 수 있다. (2006. 12. 30. 개정) ② 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 당해 국세의 세목으로 한다. 다만, 당해 국세를 감면하는 경우에는 가산세는 그 감면하는 국세에 포함하지 아니하는 것으로 한다. (2006. 12. 30. 개정) ○ 국세기본법 제47조 의 2 【무신고가산세】 ① 납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 세법에 따른 산출세액(법인세의 경우에는 「법인세법」 제55조 의 2의 규정에 따른 토지 등 양도소득에 대한 법인세를, 상속세 및 증여세의 경우 에는 「상속세 및 증여세법」 제27조 또는 제57조의 규정에 따라 가산하는 금액 을 각각 포함하고, 부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “산출세액”이라 한다) 의 100분의 20에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “일반무신고가산세액”이라 한다 )을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 대통령령이 정하는 복식부기의무자(이하 이 절에서 “복식부기의무자”라 한다) 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 산출세액의 100분의 20에 상당하는 금액과 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액을 납부할 소득세액 또는 법인세액에 가산하거나 환급받을 세액 에서 공제한다. (2006. 12. 30. 신설) ② 제1항의 규정에 불구하고 부당한 방법(납세자가 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 것에 기초하여 국세의 과세표준 또는 세액의 신고의무를 위반하는 것으로서 대통령령이 정하는 방법을 말한다. 이하 이 절에서 같다)으로 무신고한 과세표준(부가가치세의 경우에는 「부가가치세법」 제17조 및 제26조 제2항의 규정에 따른 납부세액을 말한다. 이하 이 절에서 “과세표준”이라 한다)이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제 한다. (2006. 12. 30. 신설) 1. 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당한 방법으로 무신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당무신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당무신고가산세액”이라 한다). 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세 과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 부당무신고가산세액과 부당한 방법으로 무신고한 과세표준과 관련된 수입금액(이하 이 항에서 “부당무신고수입금액”이라 한다)에 1만분의 14를 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. (2006. 12. 30. 신설) 2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액 : 과세표준 중 부당무신고과세표준을 차감한 과세표준에 상당하는 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액. 다만, 복식부기의무자 또는 법인이 소득세과세표준신고서 또는 법인세 과세표준신고서를 제출하지 아니한 때에는 과세표준에서 부당무신고과세표준을 차감한 금액이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 20에 상당하는 금액과 부당무신고수입금액 외의 수입금액에 1만분의 7을 곱하여 계산한 금액 중 큰 금액으로 한다. (2006. 12. 30. 신설) ③ - ⑥ 생략 ⑦ 수입금액의 범위, 부당무신고수입금액의 계산 그 밖에 무신고가산세의 부과와 관련하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2006. 12. 30. 신설) ○ 국세기본법 제47조 의 5 【납부ㆍ환급불성실가산세】 ① 납세자가 세법에 따른 납부기한 내에 국세를 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달한 경우에는 다음 산식을 적용하여 계산한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다. 다만, 「인지 세법」 제8조 제1항의 규정에 따라 인지세를 납부하지 아니하였거나 납부한 세액 이 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 경우에는 그 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액의 100분의 300으로 한다. (2006. 12. 30. 신설) 납부하지 아니한 세액 또는 미달한 세액 × 납부기한의 다음 날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간 × 금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율 등을 고려하여 대통령령이 정하는 이자율 ② 이하 생략 ○ 국세기본법 부칙 제7조 【무신고가산세 등에 관한 적용례】 ① 생략 ② 제47조의 2 내지 제47조의 5의 개정규정 중 퇴직소득 및 양도소득에 대한 소득세(그 소득세를 본세로 하는 농어촌특별세를 포함한다)에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 퇴직하거나 양도하는 분부터 적용한다 . ③ 이하 생략 ○ (구) 소득세법 제115조 【양도소득세에 대한 가산세】 (2006.12.30 소득세법 법률 제8144호로 개정되기 전의 규정) ① 거주자가 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 때에는 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산한다 . (1999. 12. 28 개정) ② 거주자가 제111조의 규정에 의한 양도소득세액을 납부하지 아니하였거나 납부하여야 할 세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 미달한 세액에 대하여 금융기관의 연체대출이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율을 적용하여 계산한 금액(이하 “납부불성실가산세액”이라 한다)을 산출세액에 가산 한다 . (1999. 12. 28 개정) ③ 확정신고를 하여야 할 거주자가 신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 과세표준에 미달하게 신고한 경우에도 제114조의 규정에 의한 추가납부세액(가산세액을 제외한다)이 없는 경우에는 제1항의 규정을 적용하지 아니한다. (1999. 12. 28 개정) ④ 생략 ⑤ 제1항과 제4항에 동시에 해당하는 경우에는 그 중 큰 금액에 해당하는 가산세만을 적용하고, 제1항과 제4항의 가산세액이 같을 경우에는 제1항의 가산세만을 적용한다. (1999. 12. 28 신설) ⑥ 삭 제 (2003. 12. 30.) ○ (구) 소득세법 시행령 제178조 【양도소득세에 대한 가산세의 계산】 ① 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액은 법 제114조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 결정 또는 경정한 소득금액으로 한다. (1999. 12. 31. 개정) ② 법 제115조 제1항에 규정하는 신고하여야 할 소득금액에 미달한 금액에 관하여는 제146조 제1항 및 동조 제2항의 규정을 준용한다. ③ 법 제115조 제2항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 고지일까지의 기간에 대하여 1일 1만분의 3의 율을 말한다 . (2002. 12. 30. 개정) ④ (삭제, 2003. 12. 30.) ○ 소득세법 부칙 제33조 【양도소득세에 대한 가산세에 관한 경과조치】 (2006. 12. 30. 법률 제8144호) 이 법 시행 전에 양도하여 종전의 제115조의 규정에 의하여 부과하였거나 부과 하여야 할 양도소득세에 대한 가산세에 관하여는 제115조의 개정규정에 불구하고 종전의 규정에 따른다 . 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀-483, 2007.02.05. 【회신】 1세대 2주택을 소유하는 자의 1주택 및 그 부수토지가「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 의하여 수용되면서 2006년 12월에 그 부수 토지에 대한 보상금을 수령한 때에는 「소득세법 시행령」제162조 제1항 규정에 의하여 대금을 청산한 날, 대금을 청산하기 전에 소유권이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것임 . ○ 서면5팀-2957, 2007.11.12. 【회신】 1주택을 소유한 1세대가 소유하는 주택 및 그 부수토지가 「공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률」에 따른 공공사업의 시행자에게 협의매수 또는 수용되는 경우로서, 주택과 그 부수토지의 보상금 합계금액이 6억원을 초과 하나, 보상금을 지급할 당시 주택의 보상가격이 미산정되어 보상가격이 6억원 미만인 주택의 부수토지에 대하여 먼저 소유권 이전등기를 하고 「소득세법」 제105조 및 동법 제106조 규정에 따른 예정신고·납부를 하지 아니한 경우에는 동법 제108조 규정이 적용되지 아니하며 , 이 경우 「소득세법」 제110조 에서 규정하는 확정신고기한 내에 주택 보상가격이 산정된 때(지장물 손실보상협의 요청일)에는 토지의 양도소득에 대하여 확정신고를 하여야 「국세기본법」에 따른 신고·납부불성실 가산세가 적용되지 아니하는 것임 . ○ 서면4팀-1581, 2007.05.11. 【회신】 1. 생략 2. 귀 질의의 경우, 당해 고가주택(1세대1주택) 및 그 부수토지에 대한 보상금이 시차를 두고 지급되고 그 대금을 청산하기 전에 당해 부수토지에 대한 소유권이전등기를 하는 경우 등기부에 기재된 등기접수일을 그 부수토지의 양도시기로 보는 것임 . 3. 당해 주택과 그 부수토지에 대한 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하는 것이고, 그 부수토지의 양도차익은 「소득세법」기본통칙 95-1【고가주택의 양도차익 계산】의 계산방법에 따라 계산하되 『건물의 양도가액』은 당해주택의 ‘예상보상 금액’으로 하는 것이며, 당해 주택에 대한 보상금잔액 수령시 보상금액이 증감이 되는 경우에는 국세기본법 제45조 의 규정에 따라 수정신고를 하는 것임 . ○ 서면5팀-1346, 2006.12.22. 【회신】 1. 「소득세법」 제94조 제1항 제1호 ㆍ제2호 및 제4호에서 규정하는 자산에 대한 양도소득과세표준 예정신고납부세액공제는 같은법 시행령 제162조의 규정에 의한 양도일이 속하는 달의 말일부터 2월 이내에 예정신고와 함께 세액을 자진 납부하는 경우에 한하여 그 산출세액에서 납부할 세액의 100분의 10에 상당하는 금액을 공제하는 것이며 , 거주자로서 양도소득세를 소득세법 제106조 및 제111조 규정에 의하여 예정신고자진납부와 확정신고자진납부를 하는 경우로서 납부할 세액이 각각 2천만원을 초과하는 때에는 같은법 제112조 규정에 따라서 그 세액의 100분의 50 이하의 금액을 납부기한 경과 후 45일 이내에 분납할 수 있는 것임. 2. 생략 ○ 서면5팀-1862, 2007.06.21. 【회신】 귀 질의의 경우, 거주자가 양도소득세 과세표준 확정신고를 하지 아니하였거나 신고하여야 할 소득금액에 미달하게 신고한 경우에는 「소득세법」 제115조 제1항 의 규정(2006.12.30. 법률 제8144호, 개정전)에 의하여 그 신고를 하지 아니한 당해 소득금액 또는 신고하여야 할 금액에 미달한 당해 소득금액이 양도소득금액에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액(이하 “신고불성실가산세액”이라 함)을 산출세액에 가산하는 것임 . ( 이 하 여 백 )