신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례 적용 여부 등

신축임대주택에 대한 양도소득세 감면특례 규정은 기존 일반주택을 취득하였거나 타인으로부터 분양권을 승계취득하여 임대한 경우에는 당해 규정을 적용받을 수 없음.

[회신] 「조세특례제한법」 제97조의 2의 규정에 의하여 1호 이상의 신축임대주택(동법 동조 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말함)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자가 동법 동조 제1항 제1호에 규정한 「임대주택법」에 의한 건설임대주택 또는 동법 동조 제1항 제2호에서 규정하는 「임대주택법」에 의한 매입임대주택에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적의 2배이내의 토지를 포함한다)을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제하는 것이며, 이 경우 「임대주택법」에 의한 매입임대주택이란 1999.8.20. 이후 신축된 주택(1999.8.19. 이전에 신축된 공동주택으로서 1999.8.20. 현재 입주된 사실이 없는 주택을 포함한다)에 해당하는 「임대주택법」에 의한 매입임대주택 중 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.부터 2001.12.31. 까지의 기간중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)을 말하는 것이나, 귀 질의의 경우 기존 일반주택을 취득하였거나 타인으로부터 분양권을 승계취득하여 임대한 경우에는 신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례 규정을 적용받을 수 없습니다. 1. 질의내용 요약 ○ 내 용 - 성남시 분당구 거주하는 사람으로서 2001.07.16 주택임대사업자로 등록하고 현재 5주 택에 대하여 임대사업을 하고 있음 - 임대주택 현황 A주택 : 성남시 분당구 소재 전용면적 55.44㎡ 기존 일반주택 2001.06.26 매입, 2001.07.16 임대사업등록 B주택 : 성남시 분당구 소재 전용면적 41.85㎡ 기존 일반주택 2001.06.30 매입, 2001.07.16 임대사업등록 C주택 : 용인시 기흥구 소재 전용면적 75.48㎡ 분양권 2001.02.28 매입, 2001.07.16 임대사업등록, 2004.10.20 등기 D주택 : 용인시 기흥구 소재 전용면적 84.98㎡ 분양권 2001.05.03 매입, 2004.12.07 추가임대사업등록, 2004. 08.20 등기 E주택 : 인천광역시 연수구 소재 시영아파트 전용면적 (미기재) 기존 일반주택 2003.05.06 매입, 2003.06.19 추가임대사업등록 ○ 질 의 - 임대주택을 5년 이상 임대한 경우 양도소득세의 감면대상에 해당되는지 여부 - A주택과 B주택을 현재 5년 이상 임대한 경우로서 양도소득세의 산출 방법은 어떻게 되는지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) ○ 조세특례제한법 제97조 의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례 】 ① 대통령령이 정하는 거주자가 다음 각호의 1에 해당하는 국민주택(이에 부수 되는 당해 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도 함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다 . (2001. 12. 29. 개정) 1. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 건설임대주택 (1999. 12. 28. 신설) 가. 1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 신축된 주택 (1999. 12. 28. 신설) 나. 1999년 8월 19일 이전에 신축된 공동주택으로서 1999년 8월 20일 현재 입주된 사실이 없는 주택 (1999. 12. 28. 신설) 2. 다음 각목의 1에 해당하는 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999년 8월 20일 이후 취득(1999년 8월 20일부터 2001년 12월 31일까지의 기간 중에 매매 계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다) (1999. 12. 28. 신설) 가. 1999년 8월 20일 이후 신축된 주택 (1999. 12. 28. 신설) 나. 제1호 나목에 해당하는 주택 (1999. 12. 28. 신설) ② 제97조 제2항 내지 제4항의 규정은 신축임대주택에 관하여 이를 준용한다. (1999. 12. 28. 신설) ○ 조세특례제한법 시행령 제97조 의 2 【신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례】 ① 법 제97조의 2 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 거주자”라 함은 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의 2 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다. (2001. 12. 31. 개정) ② 신축임대주택의 주택임대사항의 신고ㆍ세액감면의 신청ㆍ임대기간의 계산 등에 관하여는 제97조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용한다. 다만, 제97조 제4항의 규정을 준용함에 있어서 법 제97조의 2 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택의 경우에는 제97조 제4항 각호에 규정된 서류외에 매매계약서 사본과 계약금 지급일을 입증할 수 있는 증빙서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (2006. 6. 12. 개정 ; 행정정보의 공동이용 및 문서감축을 위한 국가채권관리법 시행령 등 일부 개정령) ○ 소득세법 제96조 【양도가액 】 ① 제94조 제1항 각 호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 양도 자와 양수자간에 실제로 거래한 가액(이하 “실지거래가액”이라 한다)에 의한다 . (2005. 12. 31. 개정) ② 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산을 2006년 12월 31일까지 양도하는 경우에 그 자산의 양도가액은 제1항의 규정에 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 제외하고는 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다 . (2005. 12. 31. 개정) 1. 제89조 제1항 제3호의 규정에 의한 고가주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수 되는 토지를 포함한다)인 경우 (2005. 12. 31. 개정) 2. - 6. 생략 7. 제104조의 2 제2항의 규정에 의한 지정지역 안의 부동산인 경우 (2005. 12. 31. 개정) 8. 생략 9. 그 밖에 당해 자산의 종류ㆍ보유기간ㆍ보유수ㆍ거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우 (2005. 12. 31. 개정) ③ 이하 생략 ○ 소득세법 시행령 제162조 의 2 【양도가액 】 ① - ④ 생략 ⑤ 법 제96조 제2항 제9호에서 “대통령령이 정하는 경우”라 함은 2주택 이상을 소유한 1세 대가 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)을 양도하는 경우를 말한다 . 이 경우 다가구주택의 주택수 계산에 대하여는 제155조 제15항의 규정을 준용(거주자가 선택하는 경우에 한한다)하고, 공동상속주택의 주택수 계산에 대하여는 제167조의 3 제2항 제2호의 규정을 준용하며, 2개 이상의 주택을 같은 날에 양도하는 경우의 양도주택의 결정방법에 대하여는 제154조 제9항의 규정을 준용한다. (2005. 12. 31. 개정) ○ 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산 】 ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다. 1. 취득가액 (2005. 12. 31. 개정) 가. 제94조 제1항 각 호의 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 제96조 제2항 각 호 외의 본문에 해당하는 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가 (2005. 12. 31. 개정) 나. 가목 본문의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 (2005. 12. 31. 개정) 2. 자본적 지출액 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29 개정) 3. 삭 제 (2000. 12. 29) 4. 양도비 등으로서 대통령령이 정하는 것 (2000. 12. 29 개정) ② 이하 생략 ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액 】 ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액” 이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익 ”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994. 12. 22. 개정) ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산 (제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간 이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005. 12. 31. 개정) 1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 (1994. 12. 22. 개정) 양도차익의 100분의 10 2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 (2005. 12. 31. 개정) 양도차익의 100분의 15 3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2005. 12. 31. 개정) 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 ③ 제89조 제1항 제3호의 규정에 의하여 양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)에 해당하는 자산의 양도차익 및 장기보유특별공제액은 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다. (2005. 12. 31. 개정) ④ 제 2항에 규정하는 자산의 보유기간은 당해 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다 . 다만, 제97조 제4항의 경우에는 증여한 배우자가 당해 자산을 취득한 날부터 기산 한다. (1996. 12. 30. 단서신설) ⑤ 양도소득금액의 계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22. 개정) ○ 소득세법 제103조 【양도소득기본공제 】 ① 양도소득이 있는 거주자에 대하여는 다음 각호의 소득별로 당해연도의 양도소득금액 에서 각각 연 250만원을 공제한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 소득. 다만, 제104조 제3항의 규정에 의한 미등기양도자산의 양도소득금액에 대하여는 그러하지 아니하다. (2000. 12. 29. 개정) 2. 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 소득 (2000. 12. 29. 개정) ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 제95조의 규정에 의한 양도소득금액에 이 법 또는 조세특례제한법 기타 법률의 규정에 의한 감면소득금액이 있는 때에는 당해 감면소득 금액외의 양도소득금액에서 먼저 공제하고, 감면소득금액외의 양도소득금액중에서는 당해 연도중 먼저 양도한 자산의 양도소득금액에서부터 순차로 공제한다. (2000. 12. 29. 신설) ③ 제1항의 규정에 의한 공제를 “양도소득기본공제”라 한다. (2000. 12. 29. 항번개정) ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율 】 ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003. 12. 30. 후단신설) 1. 제94조 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 (2004. 12. 31. 개정) 〈양도소득과세표준〉 〈세율〉 1천만원 이하 과세표준의 100분의 9 1천만원 초과 90만원 ＋ 1천만원을 초과하는 4천만원 이하 금액의 100분의 18 4천만원 초과 630만원 ＋ 4천만원을 초과하는 8천만원 이하 금액의 100분의 27 8천만원 초과 1천710만원 ＋ 8천만원을 초과하는 금액의 100분의 36 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호에 규정하는 자산으로서 그 보유기간이 1년 이상 2년 미만인 것 (2003. 12. 30. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 40 2의 2. 제94조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산으로서 그 보유기간이 1년 미만인 것 (2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지 를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003. 12. 30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 6. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 각각 1개씩 보유한 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 7. 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 8. 제94조 제1항 제4호 다목의 규정에 의한 자산 중 제104조의 3의 규정에 의한 비사업용 토지의 보유현황을 감안하여 대통령령이 정하는 자산 (2005. 12. 31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 3. 미등기양도자산 (2003. 12. 30. 개정) 양도소득과세표준의 100분의 70 4. 이하 생략 ○ 소득세법 시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상 에 해당 하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산 함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호 의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다 . (2005. 12. 31. 개정) 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수 도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2. 19. 개정) 가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2. 19. 개정) 나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설) 2. 법 제168조에 의한 사업자등록과 「임대 주택법」 제6조 에 의한 임대사업자 등록(이하 이 조에서 “사업자등록 등”이라 한다)을 한 거주자가 임대주택으로 등록 하여 임대하는 다음 각목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 “장기임대 주택”이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 “기존사업자기준일”이라 한다) 현재 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 의한 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004년 6월 30일까지 동조 동항의 규정에 의한 사업자등록을 한 때에는 「임대 주택법」 제6조 의 규정에 의한 임대사업자등록일에 법 제168조의 규정에 의한 사업자등록을 한 것으로 본다 . (2005. 5. 31. 개정) 가. 같은 시(특별시 및 광역시를 포함한다)ㆍ군에서 5호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 10년 이상 임대한 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 나. 기존사업자기준일 이전에 사업자등록 등을 하고 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택(기존사업자기준일 이전에 임대주택으로 등록하여 임대하는 것에 한한다)으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 제10호의 규정에 의한 일반주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2003. 12. 30. 신설) 다. 이하 생략 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) ○ 서면4팀-2021 (2006.06.27) 【회신】 1. 「조세특례제한법」 제97조 의 2의 규정에 의하여 1호 이상의 신축임대주택(동법 동조 제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말함)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자가 동법 동조 제1항 제1호에 규정한 임대주택법에 의한 건설임대주택 또는 동법 동조 제1항 제2호에서 규정하는 임대주 택법에 의한 매입임대주택에 해당하는 국민주택(이에 부수되는 당해 건물연면적 의 2배이내의 토지를 포함한다)을 5년이상 임대한 후 양도하는 경우에는 당해 주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제하는 것임 . 2. 위 “1”에서 말하는 임대주택법에 의한 건설임대주택이란 1999.8.20.부터 2001.12.31. 까지의 기간중에 신축된 주택 또는 1999.8.19. 이전에 신축된 공동 주택으로서 1999.8.20. 현재 입주된 사실이 없는 주택을 말하는 것이며 3. 위 “1”에서 말하는 임대주택법에 의한 매입임대주택이란 1999.8.20. 이후 신축된 주택 또는 1999.8.19. 이전에 신축된 공동주택으로서 1999.8.20. 현재 입주된 사실이 없는, 임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999.8.20. 이후 취득 (1999.8.20.부터 2001.12.31. 까지의 기간중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)을 말하는 것임 . ○ 재재산-199 (2004.02.13) 【회신】 조세특례제한법 제97조 의 2(신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례)의 규정 을 적용함에 있어서 매입임대주택중 감면특례 적용대상은 동조 제1항 제2호의 규정에 의한 매입임대주택중 1999.8.20. 이후 취득(1999.8.20.부터 2001.12.31 .의 기간중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택(취득당시 입주된 사실이 없는 주택에 한한다)으로서 타인으로부터 분양권을 구입하여 취득하는 경우는 포함되지 아니함 . ○ 제도46014-10614 (2001.04.17) 【회신】 1 . 조세특례제한법 제97조 의 규정에 의한 장기임대주택에 대한 양도소득세등의 감면 을 적용받기 위하여는 5호 이상의 임대주택을 2000. 12. 31 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하여야 하고 2. 같은법 제97조의 2의 규정에 의한 신축임대주택에 대한 양도소득세 등의 감면 을 적용받기 위하여는 1호 이상의 신축임대주택〔임대주택법에 의한 매입임대주택 중 1999. 8. 20 이후 취득(1999. 8. 20부터 2001. 12. 31까지의 기간 중에 매매계약을 체결하고 계약금을 지급하는 경우에 한한다) 및 임대를 개시한 임대주택〕을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에 해당하여야 하는 것으로서 3. 위의 1. 및 2.에 해당하는 경우 소득세법 제89조 제3호 의 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어서 임대주택은 당해 내국인의 소유주택으로 보지 아니하는 것임. ○ 서면4팀-520 (2006.03.08) 【회신】 1. 「소득세법」 제168조 에 의한 사업자등록(2003.10.29. 현재 「임대주택법 」 제6조에 의한 임대사업자등록을 하였으나 사업자등록을 하지 아니한 거주자가 2004.6.30. 까지 사업자등록을 한 때에는 임대사업자등록일에 사업자등록을 한 것으로 본다)과 임대사업자등록을 한 거주자가 임대주택으로 등록하여 임대하는 「소득세법 시행령」 제167조 의 3 제1항 제2호 각목의 어느 하나에 해당 하는 주택은 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60％)적용 대상에서 제외 되는 것임. ○ 서면4팀-2026 (2005.11.01) 【회신】 2호 이상의 국민주택을 임대하고 있는 거주자가 기존사업자기준일 (2003.10.29.) 이전에 소득세법 제168조 에 의한 사업자등록과 임대 주택법 제6조 에 의한 임대사업자 등록을 하고 5년 이상 임대한 이후에 양도하는 경우로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 양도당시 3억원을 초과 하지 아니하는 경우에는 「소득세법 시행령」 제167조 의 3 제1항 제2호 나목의 규정에 의하여 1세대 3주택 이상의 양도소득세 중과세율(60％) 적용대상에서 제외되는 것임 . 이를 적용함에 있어서 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날(사업자등록을 하고 임대주택으로 등록하여 임대하는 날)로 하는 것이며, 귀 사례의 추가 매입(2000년 4월)하여 임대한 주택의 경우에는 당해 주택을 임대사업자 변경등록하여 임대하는 날부터 2호 이상의 국민주택을 5년 이상 임대한 이후에 양도하여야 중과세율이 적용되지 않음. ( 이 하 여 백 )