전 문
[회신]
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 제13조 제1항에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것이며, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 국세인 양도소득세가 과세되는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| 〔사실관계〕 - ○○시지역에서 23년간 선교와 교육 종교에 전력하고 있었으며 ○○시 ○○구에서 15년간 개인목사 소유로 보유하다가 매각하였으며, 교회가 협소하여 ○○도 지역으로 토지와 건물 주택을 담임목사의 명의로 취득등기하고 시중은행의 대출을 받음. - 위 대지위 신축 개축허가를 신청하였으나 그린벨트지역으로 허가가 나지 않으며 ○○공사에서는 저희 교회지역을 매수하여 아파트 신축을 하려하고 있습니다. - 위의 교회는 관할세무서장의 고유번호 000-00-000을 발급받았으며 정관이 있고 재정집행은 매년도 예산서와 결산서가 있고 회계전문가가 교회재무행정을 공정하게 기장처리하고 이익을 교인에게 배분하지 않음. 〔질의〕 상기의 ○○구 교회의 부동산을 매각하는 경우 국세와 지방세가 비과세 되는지 여부. |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 소득세법 제1조 【납세의무】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994.12.22. 개정) 1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하거주자라 한다) ③ 법인격 없는 사단․재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 법인으로 보는 단체라 한다) 외의 사단 ․재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (1994.12.22. 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단․재단 기타 단체(이하 법인격이 없는 단체라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단 ․ 재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단 ․ 재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단 ․ 재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994.12.22. 개정) 1. 사단 ․ 재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단 ․ 재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유 ․ 관리할 것 3. 사단 ․ 재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 법인으로 보는 단체라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994.12.22. 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 국세기본법시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청승인 등】 ① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단 ․ 재단 기타 단체(이하 법인격이 없는 단체라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994.12.31. 개정) 1. 단체의 명칭 (1994.12.31. 개정) 2. 주사무소의 소재지 (1994.12.31. 개정) 3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994.12.31. 개정) 4. 고유사업 (1994.12.31. 개정) 5. 재산상황 (1994.12.31. 개정) 6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994.12.31. 개정) 7. 기타 필요한 사항 (1994.12.31. 개정) ○ 소득세 제94조【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000.12.29. 개정) 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000.12.29. 개정) ② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994.12.31. 개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994.12.31. 개정) ○ 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. ○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 자산양도소득이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) 1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.31. 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001.12.31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 양도가액이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 양도차익이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001.12.31. 신설) |
| 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서면4팀-240, 2005.02.11. 【질의】① ○○시 ○○구 ○○동에 소재한 교회로 20여 년간 선교, 교육, 사회봉사 등 종교목적으로 사용하였음 ② 교회명의 토지는 18년 전부터 교회담임목사 명의로 등기하였다가 2년 전에 교회 명의로 증여등기이전 하였음 ③ 교회 건물은 18년 전 건축허가 받아 예배당과 교육관을 건축하여 예배를 드리어 왔는데, 준공검사를 받지 못하여 건축물대장이 없고 건물등기도 없음 ④ 새로운 대지에 예배당을 건축하기 위하여 위 토지와 사실상의 예배당을 매각하였으며, 매각대금은 예배당 건축비에 충당하였음 - 위 경우 예배당(미준공 건물)과 토지의 양도에 대하여 어떠한 세금이 과세되는지. 【회신】1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. 2. 귀 질의가 위 1.에 해당하는 지에 대해서는 구체적인 사실관계를 종합하여 판단할 사항임. |
| 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서면4팀-1382, 2005.08.05. 【질의】- 토지는 담임목사 개인명의로 등기 되었으며 건물을 교회 명의로 등기됨. - 교회의 고유번호증이 있으며 1층은 교회당, 2층은 유치원(교육구청장 허가득함), 3층은 목사의 사택으로 사용하고 있음. - 20년간 종교목적에 사용하고 양도할 때 양도소득세 과세 부분에 대하여 다음과 같은 이견이 있어 질의함. 1. 유치원만 과세됨. 2. 유치원도 교회의 교육사업에 제공하였으므로 비과세 됨. 【회신】공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법 적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 1거주자(개인)로 보는 것으로, 교회가 1거주자에 해당하는 경우에는 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. ○ 서면4팀-649, 2005.04.27. 【제목】교회용으로 사용하는 개인소유 부동산의 양도하는 경우 양도소득세가 과세되는 것임 【질의】- 30여 년간 ○○구 ○○동에서 ○○교회를 신설개척하여 예배 등 종교목적에 사용하고 있으며, 일부는 유치원을 인가하여 사용하고 있음. - 건물과 토지는 목사인 본인명의로 등기되어 있고 1층은 예배당, 2층은 유치원(일요일은 교회학교에서 사용), 3층은 본인의 주택 및 교회의 교육관으로 사용하고 있음. (질의사항) 목사 개인명의로 되어 있는 위의 교회건물을 양도하고 이사하여 양도대금을 다른지역에서 교회목적으로 사용하는 경우, 종교목적으로 3년 이상 사용하였기 때문에 양도소득세를 비과세 받을 수 있는지 여부 |
| 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| 【회신】 「민법」 제32조 의 규정에 의하여 설립된 종교법인, 「국세기본법」 제13조 의 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교회를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지건물을 양도하는 경우 양도소득세가 과세되는 것이나 다만, 주택부분 및 그에 상당하는 부수토지로서 「소득세법 시행령」 제154조 제1항 의 요건을 갖춘 때에는 양도소득세가 비과세되는 것임. ○ 재일46014-1177, 1997.05.13. 【질의】 개인이 건물을 구입. 그 재산을 개인명의로 등기를 하고 사실상은 교회 등 종교관련 공익단체인 속칭 민법상의 준 사단법인에게 종교관련 예배 및 업무에 전용케 할 경우, 사정에 의하여 동 재산을 매각하고 타처로 이전할 때와, 동 목적이 더 이상 필요가 없어 해산하고 소유주 개인이 매도할 때에 양도소득세의 면세 여부(해당 법규의 조항?) 【회신】 민법 제32조 규정에 의하여 설립된 종교법인, 국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지․건물을 양도하는 경우 양도소득세가 부과되는 것임. ○ 서면4팀-1168, 2005.07.08. 【제목】재단법인인 종교단체와 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)로 보는 것임 【질의】(상황) ｏ 당 교회는 문화공보부장관으로부터 종교법인으로 설립허가된 재단법인 대한예수장로회 ○○노회 유지재단에 소속되어 있는 교회임. ｏ 당 교회 소유부동산은 담임목사 개인명의 및 재단명의가 아닌 교회명의로(○○교회)등기되어 있고 재단법인과는 별도로 독립운영되고 있음. ｏ 당 교회에서는 성도들의 헌금으로 조성되어 2000년도에 취득한 교회부동산을 종교목적으로 사용해오다 2004년도에 양도하였음. |
| 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| o 당 교회는 종교라는 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있고 부동산 양도대금도 금융기관 부채상환 및 고유목적사업용 부동산을 매입하는데 사용되었으며 그 재산의 관리사용 및 회계처리 등 모든 운영이 당 교회 제직회에서 독립적으로 이루어지고 있음. o 당 교회는 1992년 4월 교회에 대한 개인고유번호증을 해당세무서로부터 발급받았으나, 2005년 4월 수익사업을 하지 않는 비영리법인으로 인정하는 고유번호증을 다시 발급받았음. (질의) 위 내용의 경우 교회소유 부동산 양도로 인하여 양도소득세가 과세되는지의 여부 【회신】1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며, 이 경우 토지 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임. ○ 심사양도 2003-46, 2003. 5.16. ‘교회’가 종교법인 산하의 종파에 소속돼 있으나, 그 소유재산이 종교법인인 명의가 아닌 개별교회명의로 등기돼 있고 별도로 독립운영되므로 ‘법인으로 보는 단체’에 해당하지 않아 ‘개인’으로서 양도세 과세됨 |