전 문
[회신]
공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조에 의거 법인으로 보는 것이나,
재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단 설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며,
이 경우 토지 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| - ◇◇◇ 교회는 기독교 한국소속의 교단입니다. 저희 교회는 2001년 6월에 ○○동 325번지 소유 170평의 대지를 매입하면서 ○○구청에서 종교번호를 부여받고 기독교 한국 ◇◇◇ 교회 명의로 등기를 하였습니다. - 170평의 대지를 구입할 때 일반물 건축물 대장에 8평의 건물과 무허가 건물대장에 등재된 100평의 건물을 수리하여 4년 이상 거주하면서 종교집회 및 교육시설로 사용하여 왔습니다. - 그런데 이 지역이 ○○신도시 근접지역이여서 투기과열지역으로 묶였고, 이 지역이 개발이 확정되면서 교회가 건축할 여건이 되지 않아서 170평의 대지를 팔려고 합니다. - 매매를 하려다 보니 양도세에 대한 부분 때문에 여러 곳에 문의해 보아도 잘 알 수 없기에 이렇게 질의합니다. 위 내용의 경우 교회소유 부동산 양도로 인하여 양도소득세가 과세되는지 여부 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| O 소득세법 제4조 【소득의 구분】 3. 양도소득 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득 O 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】 ① 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (2000. 12. 29 개정) 1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다) 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득 (2000. 12. 29 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| O 소득세법 제1조 【납세의무】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 개인은 이 법에 의하여 각자의 소득에 대한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994. 12. 22 개정) 1. 국내에 주소를 두거나 1년 이상 거소를 둔 개인(이하 거주자라 한다) 2. 거주자가 아닌 자(이하 비거주자라 한다)로서 국내원천소득이 있는 개인 ② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 이 법에 의하여 원천징수한 소득세를 납부할 의무를 진다. (1994. 12. 22 개정) 1. 거주자 2. 비거주자 3. 국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 내국법인이라 한다) 4. 외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 외국법인이라 한다)의 국내지점 또는 국내영업소(출장소 기타 이에 준하는 것을 포함한다. 이하 같다) 5. 기타 이 법에서 정하는 원천징수의무자 ③ 법인격 없는 사단·재단 기타 단체 중 국세기본법 제13조 제4항 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체(이하 법인으로 보는 단체라 한다) 외의 사단·재단 기타 단체는 이를 거주자로 보아 이 법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정) ④ 제1항에 규정하는 주소·거소와 거주자·비거주자의 구분은 대통령령이 정하는 바에 의한다. (1994. 12. 22 개정) O 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체】 ① 법인격이 없는 사단재단 기타 단체(이하 법인격이 없는 단체라 한다)중 다음 각호의 1에 해당하는 것에 대하여는 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. (1994. 12. 22 개정) 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 의하여 주무관청에 등록한 사단재단 기타 단체로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) 2. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 (1994. 12. 22 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 법인으로 보는 사단·재단 기타 단체외의 법인격이 없는 단체 중 다음 각호의 요건을 갖춘 것으로서 대표자 또는 관리인이 관할세무서장에게 신청하여 승인을 얻은 것에 대하여도 이를 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 당해 사단·재단 기타 단체의 계속성 및 동질성이 유지되는 것으로 본다. (1994. 12. 22 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 1. 사단·재단 기타 단체의 조직과 운영에 관한 규정을 가지고 대표자 또는 관리인을 선임하고 있을 것 (1994. 12. 22 개정) 2. 사단·재단 기타 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것 (1994. 12. 22 개정) 3. 사단·재단 기타 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 (1994.12.22 개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체는 그 신청에 대하여 관할세무서장으로부터 승인을 얻은 날이 속하는 과세기간과 그 과세기간 종료일부터 3년이 되는 날이 속하는 과세기간까지는 거주자로 변경할 수 없다. 다만, 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 되어 승인취소를 받는 경우에는 그러하지 아니하다. (1994. 12. 22 개정) ④ 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인으로 보는 법인격이 없는 단체(이하 법인으로 보는 단체라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자 또는 관리인이 이행하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무의 이행을 위하여 대표자 또는 관리인을 선임 또는 변경한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (1994. 12. 22 개정) ⑥ 관할세무서장은 제5항의 규정에 의한 신고가 없는 때에는 그 구성원 또는 관계인 중 1인을 국세에 관한 의무를 이행하는 자로 지정할 수 있다. (1994. 12. 22 개정) ⑦ 법인으로 보는 단체의 신청승인과 납세번호 등의 교부 및 승인취소에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1994. 12. 22 개정) O 국세기본법시행령 제8조 【법인으로 보는 단체의 신청 승인 등】 ① 법 제13조 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻고자 하는 법인격이 없는 사단·재단 기타 단체(이하 법인격이 없는 단체라 한다)의 대표자 또는 관리인은 다음 각호의 사항을 기재한 문서를 관할세무서장에게 제출하여야 한다. (1994. 12. 31 개정) 1. 단체의 명칭 (1994. 12. 31 개정) 2. 주사무소의 소재지 (1994. 12. 31 개정) 3. 대표자 또는 관리인의 성명과 주소 또는 거소 (1994. 12. 31 개정) 4. 고유사업 (1994. 12. 31 개정) 5. 재산상황 (1994. 12. 31 개정) 6. 정관 또는 조직과 운영에 관한 규정 (1994. 12. 31 개정) 7. 기타 필요한 사항 (1994. 12. 31 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ② 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 법인격이 없는 단체의 대표자 또는 관리인이 제출한 문서에 대하여 그 승인 여부를 신청일부터 10일내에 신청인에게 통지하여야 한다. (1994. 12. 31 개정) ③ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체에 대하여는 승인과 동시에 부가가치세법시행령 제8조 제2항 에 규정된 고유번호를 부여하여야 한다. 다만, 당해 단체가 수익사업을 영위하고자 하는 경우로서 법인세법 제111조 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 하는 경우에는 그러하지 아니하다. (1998. 12. 31 단서개정) ④ 제2항의 규정에 의하여 승인을 얻은 법인격이 없는 단체가 법 제13조 제2항 각호의 요건을 갖추지 못하게 된 때에는 관할세무서장은 지체없이 그 승인을 취소하여야 한다. (1994. 12. 31 개정) O 민법 제32조 【비영리법인의 설립과 허가】 학술, 종교, 자선, 기예, 사교 기타 영리아닌 사업을 목적으로 하는 사단 또는 재단은 주무관청의 허가를 얻어 이를 법인으로 할 수 있다. O 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 자산양도소득이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설) 1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001. 12. 31 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001. 12. 31 신설) ③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 양도가액이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 양도차익이라 한다)에서 소득세법 제95조 제2항 및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2001. 12. 31 신설) |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| O 서면4팀-240,2005.02.11 【질의】 ① 서울 ○○구 ○○동에 소재한 교회로 20여년간 선교, 교육, 사회봉사 등 종교목적으로 사용하였음 ② 교회명의 토지는 18년 전부터 교회담임목사 명의로 등기하였다가 2년 전에 교회 명의로 증여등기이전 하였음 ③ 교회 건물은 18년 전 건축허가받아 예배당과 교육관을 건축하여 예배를 드리어 왔는데, 준공검사를 받지 못하여 건축물대장이 없고 건물등기도 없음 ④ 새로운 대지에 예배당을 건축하기 위하여 위 토지와 사실상의 예배당을 매각하였으며, 매각대금은 예배당 건축비에 충당하였음 위 경우 예배당(미준공 건물)과 토지의 양도에 대하여 어떠한 세금이 과세되는지 【회신】 1. 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법 시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나, 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인으로 보는 것으로, 교회가 개인인 경우 토지 또는 건물의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것임 2. 귀 질의가 위 1.에 해당하는 지에 대해서는 구체적인 사실관계를 종합하여 판단할 사항임 O 재일46014-1177,1997.05.13 【질의】 개인이 건물을 구입. 그 재산을 개인명의로 등기를 하고 사실상은 교회 등 종교관련 공익단체인 속칭 민법상의 준 사단법인에게 종교관련 예배 및 업무에 전용케 할 경우 사정에 의하여 동 재산을 매각하고 타처로 이전할 때와, 동 목적이 더 이상 필요가 없어 해산하고 소유주 개인이 매도할 때에 양도소득세의 면세 여부 【회신】 민법 제32조 규정에 의하여 설립된 종교법인, 국세기본법 제13조 규정에 의한 법인으로 보는 종교단체 또는 개인 등이 운영하는 교회가 그 종교의 보급과 기타 교화를 목적으로 사용하던 개인 소유의 토지․건물을 양도하는 경우 양도소득세가 부과되는 것임 |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| O 국심2004광3861,2005.04.02 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점교회가 교회부지로 사용하던 토지를 2003.10.10.자로 양도가액 3,615백만원에 전라남도 ○○교육청에 학교부지로 양도하고, 전라남도 ○○시 ○○동 XXX-2 외 9필지 12,122㎡를 취득하여 동 지상에 750㎡ 건물을 신축하여 교회로 사용하고 있는 사실에 대하여는 다툼이 없다. (2) 청구인은 쟁점교회가 토지를 양도함으로써 발생한 양도소득에 대하여 소득세 또는 법인세과세표준으로 신고한 사실이 없다. (3) 쟁점교회는 이 건 토지를 양도한 후인 2004.5.8. ○○세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 사실이 2004.5.19.자 고유번호증 사본에 의하여 확인된다. (4) 청구인은 쟁점교회가 비영리법인에 해당되며, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리법인이 고유목적사업용자산을 양도하는 경우, 그 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 법인세가 과세되지 아니한다고 주장하고 있는바, 이 건 토지의 양도당시 쟁점교회를 비영리내국법인으로 볼 수 있는지 여부와 쟁점교회를 비영리내국법인으로 보는 경우 이 건 토지양도소득에 대하여 법인세가 과세되지 아니하는지 여부를 살펴본다. (가) 교회를 공익목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로 판단하는 경우, 쟁점교회는 국세기본법 제13조 제1항 제2호 의 규정에 의하여 법인으로 보는 것이 타당하나, 교회는 일반적으로 예배를 목적으로 하는 교인들로 구성된 사단으로서의 성질을 가지며, 교회의 재산은 교인들의 총유에 속하는 것이라 할 것인바, 교회를 법인격없는 재단으로 보는 것은 교회재산이 재단의 단독소유가 된다는 점에서 교회를 재단으로 보는 것은 타당하지 아니하며, 따라서 동 규정에 의하여 법인으로 볼 수 없다 할 것이다(같은뜻, 대법원97누17261, 1999.9.7.). 또한, 법인격없는 사단은 국세기본법 제13조 제1항 제1호 의 규정에 규정하는 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록한 사단에 해당하는 경우에 한하여 법인으로 보는 것이나, 쟁점교회가 이 건 토지의 양도당시 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립된 것이 아니며, 주무관청에 등록한 것도 아니므로 동 규정에 의하여 법인으로 보지 아니하고 거주자로 본 당초 처분은 정당한 것으로 판단된다. (나) 설사, 청구인이 주장하는 바와 같이 쟁점교회를 비영리내국법인으로 보는 경우에도 법인세법 제62조 의 2 제2항의 규정에 의하면, 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 자산양도소득에 대하여 법인세과세표준신고를 하지 아니할 수 있으나, 과세표준신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 규정에 의하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하는 것으로 규정되어 있어 비영리법인의 자산양도소득에 대하여도 법인세가 과세된다 할 것인바, 이 건 토지의 양도소득에 대하여 법인세가 과세되지 아니한다는 청구인의 주장은 타당하지 아니한 것으로 보인다. |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| O 서면4팀-1168(2005.7.8) 공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것과 주무관청에 등록한 재단 또는 기타 단체로서 등기되지 아니한 것은 국세기본법시행령 제8조 에 의거 법인으로 보는 것이나 재단법인인 종교단체와는 회계 등 모든 운영이 독립된 산하지역의 교회는 별도의 허가를 받아 세법적용상 재단설립된 경우를 제외하고는 개인(거주자)으로 보는 것이며 이 경우 토지 등 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세가 과세되는 것입니다. |