사실상 임대차계약이 체결된 토지 및 건물의 평가방법

부당행위계산 적용시 거주자와 거주자가 대표자인 법인은 특수관계에 있는 자에 해당되며 대표자라 함은 사실상의 대표자를 말하는 것임

[회신] 「소득세법」 제41조 및 동법 제101조의 규정에 의한 부당행위계산을 적용함에 있어서 거주자와 당해 거주자가 대표자인 법인은 같은법 시행령 제98조 제1항 제4호의 규정에 의한 특수관계에 있는 자에 해당되는 것이며, 여기에서 「대표자」라 함은 법인 등기부상 대표자로 등재되어 있는지 여부와 관계없이 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 법인을 실질적으로 지배하고 있는 사실상의 대표자를 말하는 것입니다. 귀질의의 등기이사가 사실상 대표자에 해당하는지 여부에 대하여는 사실내용을 종합하여 판단할 사항이며 붙임과 같이 관계법령 및 기질의 회신문 서면1팀 -1607(2005.12.28.)호 및 서이46012-11902(2003.10.31.)호를 보내드리니 이를 참고하시기 바랍니다. | 1. 질의내용 요약 | | 【내용】 - 특수관계없는 개입“갑”은 99. 9. 1. 벤처기업(“을‘법인이하함)을 설립하고 출자하였음. 설립당시 “갑” 지분율은 14%이었고 설립당시 “갑”은 등기이사로서 2005년 퇴사 시까지 6년 동안 “을”법인에 근무하였음. - “을”법인은 2000년1월에 유상증자를 실시하였으며 “갑”은 유상증자에 참여하였으며 증자 후 지분율은 14%로 변동이 없음. - 벤처기업“을”은 2004.10. 코스닥등록협회에 상장하였으며 상장 시 “갑”지분은 3.4%임. 【질의】 - 개인 “갑“이 행한 2000. 1월의 유상증자가 조세특례제한법시행령 제12조 제1항 제2호 에서 규정한 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자”인지 여부에 대하여 다음 각설과 같이 질의합니다. <갑설> 특수관계여부는 설립 출자 시 뿐 아니라 유상증자시도 개별적으로 특수관계자여부를 판단하여야 한다. 즉 “갑”은 설립출자일인 99. 9. 1. 이후부터는 해당 벤처기업의 등기이사이었고 지분율 14%인 주주이었으므로 벤처기업과는 법인세법상 특수관계자에 해당한다 따라서 2000년도에 행한 유상증자는 “갑“이 특수관계가 있는 벤처기업에 행한 출자로 보아야 한다. <을설> 특수관계자 여부는 최초 설립일에만 판단하여야 하며 최초 출자 시에만 특수관계자가 아니었다만 유상증자시도 특수관계자가 아닌 것으로 보아야 한다. 즉 갑은 설립출자일 99. 9. 1일에 행한 설립출자는 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자로 보아야 한다. | | 2. 질의내용에 대한 자료 | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | ○ 조세특례제한법 제14조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 주식 또는 출자지분(제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호ㆍ제4호 및 제6호의 규정에 의한 주식 또는 출자지분은 제13조 제2항 각호의 1의 규정에 의한 방법으로 취득하는 경우에 한한다)의 양도에 대하여는 「소득세법」 제94조 제1항 제3호 의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 제1호ㆍ제2호ㆍ제2호의 2ㆍ제3호 내지 제6호의 경우에는 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우를 제외한다. (2005. 7.13. 개정) 1. 중소기업창업투자회사 또는 「여신전문금융업법」 제3조 제2항 의 규정에 의하여 신기술사업금융업만을 등록한 여신전문금융회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2005.12.31. 개정) 2. 중소기업창업투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2005. 7.13. 개정) 2의 2. 한국벤처투자조합이 창업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2005. 7.13. 신설) 3. 신기술사업투자조합이 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2005. 7.13. 개정) 4. 벤처기업에 출자함으로써 취득(벤처기업육성에 관한 특별조치법 제13조의 규정에 의한 조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.29. 개정) 5. 산업발전법 제15조 의 규정에 의한 기업구조조정조합(이하 “기업구조조정조합”이라 한다)이 동법 제14조 제4항의 규정에 의한 구조조정대상기업(이하 “구조조정대상기업”이라 한다)에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (1999.12.28. 신설) 6. 부품ㆍ소재전문투자조합이 창업자, 신기술사업자 또는 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분 (2005. 7.13. 개정) ② ③ ④ ⑤ ⑥ 생략. | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | ⑦ 제4항 내지 제6항의 규정은 2006년 12월 31일까지 발생하는 소득에 한하여 이를 적용한다. (2003.12.30. 개정) ○ 조세특례제한법 시행령 제12조 【중소기업창업투자회사 등에의 출자에 대한 과세특례】 ① 법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일부터 5년이 경과된 것을 말한다. (1998.12.31. 개정) 1. 창업후 3년 이내인 벤처기업(「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업을 말한다. 이하 같다) 또는 벤처기업으로 전환한지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것 (2005. 2.19. 개정) 2. 개인이 그와 「소득세법 시행령」 제98조 제1항 또는 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 의 규정에 의한 특수관계(이하 이 항에서 “특수관계”라 한다)가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자이거나 「벤처기업육성에 관한 특별조치법」 제13조의 규정에 의한 조합이 그 조합원과 특수관계가 없는 벤처기업에 대하여 행한 출자일 것. 이 경우 「법인세법 시행령」 제87조 제1항 의 규정을 적용함에 있어서 동항 제6호 중 “100분의 50”은 각각 “100분의 30”으로 본다. (2005. 2.19. 개정) ② 법 제14조 제2항에서 “대통령령이 정하는 기관투자자”라 함은 「법인세법 시행령」 제17조 제1항 제4호 및 제5호의 규정에 의한 기관투자자를 말한다. (2005. 2.19. 개정) ○ 소득세법시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】 ① 법 제41조 및 법 제101조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 1의 관계에 있는 자를 말한다. 1. 당해 거주자의 친족 2. 당해 거주자의 종업원 또는 그 종업원과 생계를 같이하는 친족 3. 당해 거주자의 종업원 외의 자로서 당해 거주자의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 같이하는 친족 | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | 4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 30 이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인 (2002.12.30. 개정) 5. 당해 거주자와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자가 이사의 과반수이거나 출연금(설립을 위한 출연금에 한한다)의 100분의 50 이상을 출연하고 그중 1인이 설립자로 되어 있는 비영리법인 6. 제4호 또는 제5호에 해당하는 법인이 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50 이상을 출자하고 있는 법인 (2002.12.30. 개정) ② 법 제41조에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다. 1. 특수관계 있는 자로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계 있는 자에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 때 2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 당해 주택에 실제 거주하는 경우를 제외한다. (1999. 12.31. 단서신설) 3. 특수관계 있는 자로부터 금전 기타 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 때 4. 특수관계 있는 자로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 때 5. 기타 특수관계 있는 자와의 거래로 인하여 당해연도의 총수입금액 또는 필요경비의 계산에 있어서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때 ③ 제2항 제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. (2005. 2.19. 개정) ④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 「법인세법 시행령」 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. (2005. 2.19. 개정) | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | ○ 소득세법 기본통칙 41-2 【부당행위계산의 대상이 되는 거래의 범위】 법 제41조의 규정은 행위시 당해 거주자와 영 제98조 제1항 각호에 규정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 한하여 적용하는 것으로 한다. 따라서 특수관계가 소멸된 후에 발생한 거래에 대하여는 이를 적용하지 아니한다. ○ 벤처기업육성법 제13조 【개인투자조합의 결성 등】 ① 벤처기업 및 「중소기업 창업지원법」 제2조 제2호 의 규정에 의한 창업자(이하 “창업자”라 한다)에 투자할 목적으로 개인들이 출자하여 결성하는 조합으로서 이 법에 의한 지원을 받고자 하는 조합은 대통령령이 정하는 바에 따라 중소기업청장에게 등록하여야 한다. 등록한 사항을 변경하고자 하는 경우에도 또한 같다. (2005. 7.29. 개정) ② 제1항의 규정에 의하여 등록한 조합(이하 “개인투자조합”이라 한다)은 개인투자조합의 업무를 집행하는 업무집행조합원 1인과 그 외의 조합원으로 구성한다. 다만, 업무집행조합원은 금융거래 등 상거래에 있어서 정당한 사유 없이 약정기일을 3월 이상 경과한 채무가 1천만원을 초과하여서는 아니 된다. (2005. 7.29. 단서신설) ③ 업무집행조합원은 개인투자조합의 업무를 집행함에 있어서 자금차입ㆍ지급보증 또는 담보를 제공하는 행위를 하여서는 아니되며, 당해 개인투자조합의 규약에서 달리 정하는 경우를 제외하고는 탈퇴하거나 그 지위를 양도하여서는 아니된다. (2001. 2. 3. 신설) ④ 개인투자조합은 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 있는 때에는 해산한다. (2001. 2. 3. 신설) 1. 존속기간의 만료 (2001. 2. 3. 신설) 2. 조합원 전원의 탈퇴 (2001. 2. 3. 신설) 3. 기타 대통령령이 정하는 사유 (2001. 2. 3. 신설) ⑤ 개인투자조합이 해산하는 때에는 그 업무집행조합원이 청산인이 된다. 다만, 당해 조합의 규약이 정하는 바에 따라 업무집행조합원외의 자를 청산인으로 선임할 수 있다. (2001. 2. 3. 신설) | | 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) | | ⑥ 개인투자조합에 관하여 이 법에 규정한 것을 제외하고는 「민법」 중 조합에 관한 규정을 준용한다. (2006. 3. 3. 개정) ⑦ 개인투자조합의 출자금액ㆍ조합원수 및 존속기간을 포함한 등록요건과 그 운영 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2005. 7.29. 개정) | | 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) | | ○ 서면1팀-1607, 2005.12.28. 【제목】 거주자와 당해 거주자가 대표자인 법인은 특수관계이며, 대표자라 함은 등기부상 등재여부와 관계없이 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 실질적으로 지배하고 있는 자를 의미함 【질의】 거주자 갑은 (주)A의 법인등기부상 이사(대표이사는 아님)로 등재되어 있고, 갑(19％) 및 갑과 법인세법상 특수관계자(28％)가 (주)의 주식을 47％이상 소유하고 있으며, 거주자 갑은 국세청에서 발간한 계열그룹명단에 속한 그룹명 A의 총수이며, (주)A는 “A”의 계열그룹대표법인에 해당함. 소득세법 시행령 제98조 제1항 제4호 후단 “당해 거주자가 대표자인 법인”의 규정을 적용함에 있어 “대표자”의 요건이 등기부상 대표이사로 등재되어 있는 대표자를 의미하는지 아니면 법인세법상의 부당행위계산부인 요건을 판정함에 있어서 와 같이 “사실상의 영향력을 행사하는 자”를 의미하는 것인지. 【회신】 소득세법 제41조 의 규정에 의한 부당행위계산을 적용함에 있어서 거주자와 당해 거주자가 대표자인 법인은 같은법 시행령 제98조 제1항 제4호의 규정에 의한 특수관계에 있는 자에 해당되는 것이며, 여기에서 「대표자」라 함은 법인 등기부상 대표자로 등재되어 있는지 여부와 관계없이 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 법인의 경영에 대하여 사실상의 영향력을 행사하고 법인을 실질적으로 지배하고 있는 사실상의 대표자를 말하는 것임. | | 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) | | ○ 서이46012-11902, 2003.10.31. 【회신】 1. 질의 1)의 경우 법인이 주식발행의 주주라는 사실만으로는 당해 법인의 임원과는 특수관계에 해당하지 아니하는 것이나, 주주인 법인이 독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 소속된 계열회사의 임원은 특수관계가 있는 것이며, 2. 질의 2)의 경우 소득세법 제41조 및 제101조를 적용함에 있어서 단순히 특정법인의 서로 다른 임원이라는 사유만으로는 같은법시행령 제98조 제1항이 정하는 “특수관계 있는 자”에 해당하지 아니하는 것이나 주주 1인 및 그와 특수관계에 있는 자가 30％ 이상 출자하여 지배하고 있는 법인의 사용인은 상속세 및 증여세법시행령 제13조 제6항 제2호 의 규정에 의하여 당해 주주 등의 사용인으로서 특수관계자에 해당하는 것임. ○ 재산46014-924, 2000.07.27. 【제목】 양도세 과세특례가 적용되는 벤처기업의 주식 또는 출자지분이란 ‘출자당시 벤처기업’의 것을 말함 【질의】 조세특례제한법 제14조 제1항 본문 및 동조 동항 제4호에 의하면 “벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 대통령령이 정하는 주식을 양도하는 경우에는 소득세법 제94조 제3호 및 제4호의 규정을 적용하지 아니한다”라고 규정되어 있으며 같은법시행령 제12조 제1항에 의하면 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분이라 함은 “창업 후 3년 이내인 벤처기업 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자로서 그 출자일로부터 5년이 경과된 것을 말한다”라고 규정되어 있는 바, 여기서 벤처기업에 출자함으로써 최초로 취득한 것의 의미는. (질의 1) 〈갑설〉 본건 주식의 양도소득세 비과세 요건으로 출자당시 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의한 벤처기업이어야 함. | | 나. 유사 사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) | | 〈을설〉 출자당시는 벤처기업이 아니라 하더라도 출자기업이 창업 후 3년 이내에 벤처기업으로 확인받으면 됨. 갑설에 의할 경우 법인설립 시 발행주식과 벤처기업확인 전 증자 시 발행되는 주식은 제외되므로 본 양도소득세 비과세 취지상 불합리한 결과를 낳게 됨. (질의 2) 〈갑설〉 최초로 취득한 것이란 타인의 주식이나 출자지분을 양수하는 방법으로 출자하는 것이 아닌 것으로 새겨지므로 회사의 설립 시, 유상증자 시 직접 참여하여 출자한 것을 의미하며, 유·무상 취득을 구분하지 않으므로 여기에는 무상증자에 의하여 취득한 주식도 포함함. 〈을설〉 무상증자에 의하여 수령한 주식은 포함하지 않음. 【회신】 1. 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 의 규정에 의하여 양도소득세 과세특례가 적용되는 주식 또는 출자지분은 출자당시 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업의 주식 또는 출자지분으로서 같은법시행령 제12조 제1항에서 규정하는 주식 또는 출자지분을 말하는 것임. 2. 벤처기업의 무상증자로 교부받은 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우에는 상기 1.에서 규정하는 양도소득세 과세특례 규정을 적용받을 수 없는 것임. |