조합원이 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 2005.12.31 이전에 취득한 조합원입주권을 사실상 건물이 멸실된 이후에 양도한 경우 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임
전 문
[회신]
귀 질의의 경우, 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 2005년 12월 31일 이전에 취득한 조합원입주권을 사실상 건물이 멸실된 이후에 양도한 경우로써 조합원입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어 「소득세법」 제95조 규정의 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| 【내용】 - 1993년 8월 아파트(A)를 취득 - 2003년 2월 아파트(A)에 대하여 재건축 사업계획승인을 받음 - 재건축 아파트(A)의 사업계획승인 당시 1세대 3주택자에 해당되었음 - 2006년 4월 재건축 조합원입주권(A)을 양도하였음 【질의】 위 조합원입주권(A)의 양도에 대한 양도소득금액을 산정 시 기존주택의 양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 받을 수 있는지 여부 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 소득세법 제95조 【양도소득금액】 ① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다. (1994.12.22. 개정) ② 제1항에서 “장기보유특별공제액”이라 함은 제94조 제1항 제1호에 규정하는 자산(제104조 제1항 제2호의 3 내지 제2호의 8의 규정에 의한 세율을 적용받는 자산 및 동조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다. (2005.12.31. 개정) 1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 (1994.12.22. 개정) 양도차익의 100분의 10 2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 (2005.12.31. 개정) 양도차익의 100분의 15 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 (2005.12.31. 개정) 양도차익의 100분의 30. 다만, 양도소득세가 과세되는 대통령령이 정하는 1세대 1주택의 경우에 당해 주택의 보유기간이 15년 이상인 것은 양도차익의 100분의 45 ③ 이하 생략 ○ 소득세법 제104조 【양도소득세의 세율】 ① 거주자의 양도소득세는 당해 연도의 양도소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하 “양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다. 이 경우 하나의 자산이 다음 각호의 규정에 의한 세율 중 2 이상의 세율에 해당하는 때에는 그 중 가장 높은 것을 적용한다. (2003.12.30. 후단신설) 1. - 2의 2. 생략 2의 3. 대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다) (2003.12.30. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 4. 대통령령이 정하는 1세대가 주택과 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택(대통령령이 정하는 경우를 제외한다) (2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 60 2의 5. 대통령령이 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택 (2005.12.31. 신설) 양도소득과세표준의 100분의 50 2의 6. 이하 생략 ○ 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 ① 생략 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ② 제1항의 규정에 불구하고 동항 제3호의 규정은 대통령령이 정하는 1세대가 주택(주택부수토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 입주자로 선정된 지위[동법에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원으로서 취득한 것(그 조합원으로부터 취득한 것을 포함한다)에 한하며, 이에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 “조합원입주권”이라 한다]를 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 이를 적용하지 아니한다. 다만, 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재건축사업 또는 주택재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2005.12.31. 신설) ○ 소득세법 부칙 제12조【조합원입주권과 주택을 보유한 자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세의 배제 및 양도소득세의 세율에 관한 적용례】(2005. 12. 31. 법률 제7837호) ① 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정은 2006년 1월 1일 이후 최초로 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가된 분부터 적용한다. ② 2006년 1월 1일 전에 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획이 인가되어 취득된 입주자로 선정된 지위 또는 「주택건설촉진법」(법률 제6852호 「도시 및 주거환경정비법」으로 개정되기 전의 것을 말한다) 제33조의 규정에 따라 주택재건축 사업계획승인을 얻어 취득된 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후에 매매ㆍ상속 등으로 인하여 승계취득하는 자에 대하여는 그 승계취득한 입주자로 선정된 지위를 2006년 1월 1일 이후 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 주택재개발사업 또는 주택재건축사업의 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권으로 보아서 제89조 제2항 및 제104조 제1항의 개정규정을 적용한다. |
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| ○ 소득세법 시행령 제167조 의 3 【1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 3의 규정에서 “대통령령이 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이라 함은 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산함에 있어 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각호의 1에 해당하지 아니하는 주택을 말한다. (2005.12.31. 개정) 1. 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 의 규정에 의한 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각목의 1에 해당하는 지역을 제외한다)외의 지역에 소재하는 주택으로서 당해 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 당해 주택 또는 그밖의 주택의 양도당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 (2005. 2.19. 개정) 가. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 의한 읍ㆍ면 (2005. 2.19. 개정)나. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2003. 12. 30. 신설) 2. 이하 생략 ○ 소득세법 시행령 제167조 의 4 【1세대3주택ㆍ입주권 이상에서 제외되는 주택의 범위】 ① 법 제104조 제1항 제2호의 4에서 “대통령령이 정하는 1세대”라 함은 제154조의 규정에 따른 1세대를 말한다. (2005.12.31. 신설) |
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| ② 법 제104조 제1항 제2호의 4의 규정에서 1세대가 소유한 주택(주택에 부수되는 토지를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)과 조합원입주권의 수를 계산함에 있어 「수도권정비계획법」 제2조 제1호 의 규정에 따른 수도권(이하 이 조에서 “수도권”이라 한다) 및 광역시(다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역을 제외한다) 외의 지역에 소재하는 주택 또는 조합원입주권으로서 당해 주택의 기준시가 또는 조합원입주권의 가액( 「도시 및 주거환경정비법」 제48조 제1항 제4호 의 규정에 의한 종전 주택의 가격을 말한다)이 당해 주택 또는 그 밖의 주택의 양도 당시 3억원을 초과하지 아니하는 주택 및 조합원입주권은 이를 산입하지 아니한다. (2005.12.31. 신설) 1. 광역시에 소속된 군 및 「지방자치법」 제3조 제3항 ㆍ제4항의 규정에 따른 읍ㆍ면 (2005.12.31. 신설) 2. 수도권 중 당해 지역의 주택보급률ㆍ주택가격 및 그 동향 등을 감안하여 재정경제부령이 정하는 지역 (2005.12.31. 신설) ③ 이하 생략 ○ 소득세법 시행령 제166조 【양도차익의 산정 등】 ① 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주자로 선정된 지위를 양도하는 경우 그 조합원의 양도차익은 다음 각호의 산식에 의하여 계산한다. (2005.12. 31. 개정) 1. 청산금을 납부한 경우 (2001.12.3.1 개정) ［양도가액 - (기존건물과 그 부수토지의 평가액＋납부한 청산금) - 법 제97조 제1항 제2호 및 제4호의 규정에 의한 필요경비］＋［(기존건물과 그 부수토지의 평가액 - 기존건물과 그 부수토지의 취득가액) - 법 제97조 제1항 제2호 내지 제4호 또는 제163조 제6항의 규정에 의한 필요경비］ |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 기존건물과 그 부수토지의 취득가액을 확인할 수 없는 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. (2005. 5. 31. 개정) 취득일 현재 기존건물과 그 부수토지법제99조 기존건물과 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 그 부수토지 × ───────────────────────── 의 평가액 관리처분계획인가일 현재 기존 건물과 그 부수토지의 법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 기준시가 ③ 제1항 제1호ㆍ제2호 및 제2항에서 기존건물과 그 부수토지의 평가액이라 함은 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 관리처분계획에 의하여 정하여진 가격에 의한다. 이 경우 그 가격이 변경되는 때에는 변경된 가격에 의한다. (2005. 5.31. 개정) ④ 법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 「부가가치세법 시행령」 제48조 의 2 제4항 단서의 규정에 의하여 안분계산한다. (2005. 2.19. 개정) ⑤ 법 제100조의 규정에 의하여 양도차익을 산정함에 있어서 주택재개발사업 또는 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존건물과 그 부수토지를 제공하고 관리처분계획에 따라 취득한 신축건물 및 그 부수토지를 양도하는 경우 기준시가에 의한 양도차익은 다음 각호의 구분에 따라 계산한 양도차익의 합계액(청산금을 수령한 경우에는 이에 상당하는 양도차익을 차감한다)으로 한다. (2005.12.31. 개정) 1. 기존건물과 그 부수토지의 취득일부터 관리처분계획인가일 전일까지의 양도차익 : 관리처분계획인가일 전일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가(법 제99조 제1항 제1호의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) - 기존건물과 그 부수토지의 취득일 현재의 기존건물과 그 부수토지의 기준시가 - 기존건물과 그 부수토지의 필요경비(제163조 제6항의 규정에 의한 것을 말한다. 이하 이 항에서 같다) (2005. 5.31. 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 2. 관리처분계획인가일부터 신축건물의 준공일(제162조 제1항 제4호의 규정에 의한 취득일을 말한다) 전일까지의 양도차익 : 신축건물의 준공일 전일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 - 관리처분계획인가일 현재의 기존건물의 부수토지의 기준시가 (2005. 5.31. 개정) 3. 신축건물의 준공일부터 신축건물의 양도일까지의 양도차익 : 신축건물의 양도일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가 - 신축건물의 준공일 현재의 신축건물과 그 부수토지의 기준시가(신축주택의 양도일 현재 법 제99조 제1항 제1호 다목 및 라목의 규정에 의한 기준시가가 있는 경우에는 제164조 제6항 및 제7항의 규정을 준용하여 계산한 기준시가) - 신축건물과 그 부수토지(기존건물의 부수토지보다 증가된 부분에 한한다)의 필요경비 (2005. 8. 5. 개정) |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서면4팀-301 (2006.02.16.) 【회신】 「소득세법」 제104조 제1항 제2호 의 4에 의하여 1세대가 주택과 「동법」 제89조 제2항의 규정에 따른 조합원 입주권을 보유한 경우로서 주택 수와 조합원 입주권 수의 합이 3 이상인 경우의 그 주택을 양도하는 경우에는 60％의 중과세율을 적용하는 것이나 입주권을 양도하는 경우에는 중과세율을 적용하지 아니함. ○ 서면4팀-1946 (2005.10.21.) 【회신】 「도시 및 주거환경정비법」에 의한 주택재건축사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 당해 조합에 기존주택과 그 부수토지를 제공하고 취득한 입주권의 양도소득금액을 산정함에 있어서 장기보유특별공제는 부동산의 보유기간에 따라 기존부동산의 양도차익에서만 공제할 수 있는 것임. |