의료법인이 의료시설 취득에 사용된 차입금 상환시 운용소득 직접공익목적 사용여부

의료법인이 운용소득으로 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 의료시설 취득 및 병원확장에 사용된 차입금을 상환한 경우에는 동 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임.

[회신] 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제3호ㆍ제4호의 2 규정을 적용함에 있어 「의료법」의 규정에 의한 의료법인이 운용소득으로 정관상 고유목적사업에 직접 사용하는 의료시설 취득 및 병원확장에 사용된 차입금을 상환한 경우에는 동 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다. ※ 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 O 사실관계 - 의료법인 ○○ 의료재단(이하 “당법인”)은 이미 파산되어 경매신청 중이던 기존 ××병원을 이사장 개인 명의로 낙찰 매입하여, 1999년 5월 21일 새로이 설립된 당법인에 부동산 일체를 출연하여 설립한 공익법인임 - 설립초기 노후화된 건물의 내부수리와 개업준비를 위한 병원기자재 매입을 위하여 주무관청인 경상남도의 사전허가를 득한 후 금융기관으로부터 시설자금을 대출받아 병원을 보수한 후 수익사업을 개시함 - 그 후 수익사업용 병원 확장을 위하여 추가로 주무관청인 경상남도의 사전허가를 받아 시설자금을 차입하거나, 또는 사전허가없이 금융기관으로부터 자금을 차입하여(아래 표 참조) 병원의 증개축과 기존병원을 매입한 후 노인병원도 개설하게 됨 - 초창기에는 적자 운영하였으나 최근에는 흑자경영으로 수익사업에서 운용소득이 발생하였으며, 기존시설자금의 상환기일이 도래되어 수익사업에서 발생한 운용소득으로 차입금을 분할 상환함 - 자금차입과 병원투자(증개축과 매입) 현황 | 구 분 | 1999년 설립시 | 2002-2006년 | 비 고 | | 허가한자금 | 허가받지 않은자금 | 허가한자금 | 허가받지 않은자금 | | 차입금 | 3,500 | 0 | 5,600 | 5,250 | | | 토지.건물 | 35,000 | 9,298 | | | 의료장비 | | 3,651 | | O 질문내용 위와같이 수익사업용 의료법인의 시설투자 및 병원확장을 위하여 주무부 관청의 허가를 받거나, 허가를 받지 않고 금융기관으로부터 차입한 자금을 수익사업에서 발생한 운용소득으로 상환한 경우 이를 직접공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부를 질의함 2. 질의 내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) O 상속세 및 증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 (중간생략) ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 그 사용에 장기간을 요하는 등 대통령령이 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항의 규정에 의한 보고서의 제출과 함께 납세지관할세무서장에게 그 사실을 보고한 경우를 제외한다. 2. 출연받은 재산(당해 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우 및 그 운용소득이 있는 경우를 포함한다)을 내국법인의 주식 등을 취득하는데 사용하는 경우로서 취득하는 주식 등과 다음 각 목의 어느 하나의 주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권있는 발행주식총수 등의 100분의 5(성실공익법인등에 해당하는 경우에는 100분의 10)를 초과하는 경우. 다만, 제49조 제1항 각호외의 부분 단서에 해당하는 것으로서 상호출자제한기업집단과 특수관계에 있지 아니하는 공익법인 등이 당해 공익법인 등의 출연자와 특수관계에 있지 아니하는 내국법인의 주식 등을 취득하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우와 「산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률」에 따른 산학협력단이 대통령령으로 정하는 주식 등을 취득하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2007. 12. 31. 개정) 가. 취득당시 당해 공익법인 등이 보유하고 있는 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28. 개정) 나. 당해 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 당해 공익법인 등외의 다른 공익법인 등에 출연한 동일한 내국법인의 주식 등 (1999. 12. 28. 개정) 3. 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용한 경우 (2000. 12. 29. 개정) 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 지난 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2007. 12. 31. 개정) 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달 하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000. 12. 29. 신설) 5. 기타 출연받은 재산 및 직접 공익목적사업의 운용에 있어서 대통령령이 정하는 바에 의하여 운용하지 아니하는 경우 O 상속세 및 증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 ① 법 제48조 제2항 본문 단서에서 “대통령령이 정하는 재산”이라 함은 제12조 제1호에 규정된 종교사업에 출연하는 헌금(부동산ㆍ주식 또는 출자지분으로 출연하는 경우를 제외한다)을 말한다. ② 법 제48조 제2항 제1호에서 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 공익법인 등의 정관상 고유목적사업에 사용(기획재정부령이 정하는 관리비로 사용하는 경우를 제외한다)하는 것으로 한다 . 다만, 출연받은 재산을 당해 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인등에게 출연하는 것을 포함한다. (2008. 2. 29. 직제개정 ; 기획재정부와 그 소속기관 직제 부칙) ③ 법 제48조 제2항 제1호 단서에서 “대통령령이 정하는 부득이한 사유”라 함은 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어서 법령상 또는 행 정상의 부득이한 사유 등으로 인하여 3년 이내에 전부 사용하는 것이 곤란한 경우로서 주무부장관(권한을 위임받은 자를 포함한다)이 인정한 경우를 말한다. ④ 법 제48조 제2항 제4호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우”라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. ⑤ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 운용소득과 관련된 “대통령령이 정하는 기준금액”이라 함은 제1호의 규정에 의하여 계산한 금액에서 제2호의 규정에 의한 금액을 차감한 금액(이하 이 항에서 “운용소득”이라 한다)의 100분의 70에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “사용기준금액”이라 한다)을 말한다. 이 경우 직전 과세기간 또는 사업연도에서 발생한 운용소득을 사용기준금액에 미달 하게 사용한 경우에는 그 미달하게 사용한 금액(법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 차감한 금액을 말한다)을 운용소득에 가산한다. (2000. 12. 29. 개정) 1. 당해 과세기간 또는 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(법 제48조 제2항 제4호의 규정에 의한 출연재산 매각금액을 제외하고, 「법인세법」 제29조 제1항 의 규정에 의한 고유목적사업준비금과 당해 과세기간 또는 사업연도 중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)과 출연재산을 수익의 원천에 사용함으로써 생긴 소득금액의 합계액 2. 당해 소득에 대한 법인세 또는 소득세ㆍ농어촌특별세ㆍ주민세 및 이월결손금 ⑥ 법 제48조 제2항 제4호의 2의 규정에 의한 운용소득의 사용은 그 소득이 발생한 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적(제5항 제1호의 규정에 의하여 당해 과세기간 또는 사업연도중 고유목적사업비로 지출된 금액으로서 손금에 산입된 금액을 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 실적 및 기준금액은 각각 당해 과세기간 또는 사업연도와 직전 4과세기간 또는 사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시후 5년이 경과한 때부터 이를 계산한다. (2000. 12. 29. 개정) ⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 “매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우”라 함은 매각대금중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12. 29. 개정) (이하생략) O 상속세 및 증여세법 기본통칙 48-38…2 【직접공익목적사업 등에 사용한 금액의 범위】 법 제48조 제2항에서 직접공익목적사업 등에 사용한 금액은 다음 각호의 구분에 의한다. 1. 출연재산이 현금인 경우 가. 직접공익목적사업용 재산을 취득하기 위하여 지출한 금액 나. 직접공익목적사업비로 지출한 금액 다. 수익사업용 또는 수익용재산을 취득하기 위하여 지출한 금액 2. 출연재산이 제1호외의 재산인 경우 가. 직접공익목적사업에 사용하는 재산의 금액 나. 수익사업용 또는 수익용재산으로 사용되는 재산의 금액 다. 당해 출연재산을 매각한 대금으로 제1호 각목의 용도에 지출한 금액 나. 관련 예규(판례, 심판례, 심사례, 예규) O 서면4팀-592, 2008.03.07 【질의】 ○ 사실관계 - 공익법인인 △△교회가 현재의 장소가 협소하여 다른 인근지역으로 이전하기 위하여 대지와 건물을 매입하기로 결정하고 대금은 교회 자체 현금 1억원, 신도차입금 4억원, 은행차입금 30억원 합계 35억원에 2007.1.20.에 매입함. - 매입한 장소로 이전하기까지는 약 7∼8년이 소요될 것이므로 그 때까지는 건물은 일반인에게 임대하였고, 대지는 주차장으로 일반인에게 공개하여 주차료를 징수하고 있음. - 문화관광부 및 문화재청 소관 비영리법인의 설립 및 감독에 관한 규칙의 2000.2.21.개정으로 차입금 승인에 관한 규정이 폐지되므로 인하여 차입금 승인 신청을 하지 아니하였음. - 2007년도중 차입금 상환을 위하여 교회의 특정신도로부터 기부받은 금액을 차입금 상환에 사용하였음. ○ 질문내용 주무관청으로부터 승인받지 아니한 차입금의 상환에 사용된 금액이 상증법 또는 다른 법에 의하여 증여세 등이 과세되는지 . 【회신】 「상속세 및 증여세법」제48조 제2항의 규정을 적용함에 있어 종교단체가 공익목적사업에 사용하던 부동산의 매각대금 또는 헌금을 공익목적사업에 사용된 차입금의 상환에 사용하였다면 동 부동산의 매각대금 또는 헌금을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임. O 재재산-322. 2008.02.25 【회신】 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 의 규정을 적용함에 있어 종교단체가 공익목적사업에 사용하던 부동산의 매각대금 또는 헌금을 공익목적사업에 사용된 차입금의 상환에 사용하였다면 동 부동산의 매각대금 또는 헌금을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것 입니다. O 서면4팀-376, 2007.01.29 【질의】 (사실관계) 본인은 비영리 재단법인에 임원으로 재단기본재산의 효율적인 운영방안의 일환으로 다양한 금융상품, 펀드 및 보험의 저축상품 등을 활용하여 기금의 효율성을 극대화시킬 수 있는 방안을 계획중에 있음. (질의내용) 공익법인의 기본재산을 운용하여 발생되는 운용소득(이자소득)에 대한 상속세 및 증여세법상 사용방법 및 가산세 적용여부 등 【회신】 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호 의 2의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 그 소득이 발생한 사업연도 종료일로부터 1년 이내에 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 운용소득의 100분의 70에 상당하는 금액에 미달하는 경우에 같은법 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세가 부과되는 것이며, 이 경우 그 실적 및 기준금액은 같은법 시행령 제38조 제6항 후단의 규정에 의하여 각각 당해 사업연도와 직전 4사업연도와의 5년간의 평균금액을 기준으로 계산할 수 있으며 사업개시후 5년이 경과되지 아니한 경우에는 사업개시후 5년이 경과한 때부터 이를 계산하는 것임. O 서일46014-11386, 2003.10.06 【질의】 ○ 의료업을 영위하는 당해 공익법인이 수익사업에서 발생한 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용함에 있어 - 법인세법에서는 운용소득을 의료기기 등의 구입에 사용하고 의료발전회계로 구분회계하는 경우 고유목적사업비로 사용한 것으로 보도록 규정하고 손금으로 인정하고 있으나, - 상속세및증여세법에서는 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업외에 사용하는 경우에는 증여세를 부과토록 규정하고 기본통칙에서 공익법인 등이 운용소득으로 수익용재산을 취득한 금액은 직접공익목적사업에 사용한 금액에 포함하지 아니하도록 규정하고 있음. ○ 의료업(의료업 자체가 수익사업이자 공익목적사업임)을 영위하는 당해 공익법인이 수익사업(의료사업)에서 발생한 운용소득으로 의료기기 등을 구입하고 의료발전회계로 구분 회계하는 경우 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 볼 수 있는지. 【회신】 상속세및증여세법 제48조 제2항 제3호 ㆍ제4호의 2의 규정에 의하여 공익법인 등이 출연받은 재산을 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우로서 그 운용소득을 직접 공익목적사업 외에 사용하거나 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 같은법시행령 제38조 제5항의 기준금액에 미달하는 경우 증여세 또는 가산세가 부과되는 것이며, 수익용 또는 수익사업용 재산에서 발생한 운용소득으로 정관상의 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 재산을 취득하는 경우에는 운용소득을 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임.