농수산물종합유통센터의 도매시장 사용료의 부가가치세 과세 여부

지방자치단체가 부동산을 비영리법인에게 사용하게 하고 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 부가가치세가 과세됨

[회신] 지방자치단체가 국ㆍ공유재산 중 부동산을 비영리단체에게 임대하는 경우로서 보조금 등으로 그 대가를 지급받는 경우 부가가치세 과세여부와 관련하여 기 질의회신사례(서면3팀-2685, 2007.09.28)를 참고바람. ■ 서면3팀-2685, 2007.09.28 지방자치단체가「공유재산 및 물품관리법」제4조의 규정에 의한 부동산을 비영리법인(단체)에게 사용하게 하고 비영리법인(단체)이 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 당해 부동산의 임대용역에 대하여는「부가가치세법 시행령」제38조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임. 〔 붙임 : 참고자료 〕 1. 질의내용 - ◎◎시는 관내 중소기업의 발전을 위해 비영리 연구기관(힌국△△소재진흥원, □□△△ 연구원 등)등을 각종 혜택을 주는 조건(공간지원, 운영비지원 등)으로 유치하여 관내 지역의 산업 활성화를 위한 맞춤형 기술지원을 하고 있음. - 우리 시에서는 비영리 연구기관에 건물 대부료를 예산에 계상하여 지원하고, 우리시로부터 예산을 지원받은 상기 기관은 「공유재산 및 물품관리법 시행령」제31조 규정에 의하여 대부료를 납부하는 시스템으로 대부료 지원(세출)과 징수(세입) 처리하는 경우 부가가치세 과세대상인지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. ② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다. ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 17. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 ○ 부가가치세법 시행령 제38조 【국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 면세범위】 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 재화 또는 용역을 제외한 것을 말한다. (2007. 2. 28. 개정) 3. 부동산 임대업, 도ㆍ소매업, 음식ㆍ숙박업, 골프장ㆍ스키장운영업, 기타 운동시설 운영업. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. (2007. 2. 28. 단서개정) 가. 국방부 또는 「국군조직법」에 따른 국군이 「군인사법」 제2조 에 따른 군인, 「군무원인사법」 제2조 에 따른 군무원 그 밖에 이들의 직계존비속 등 재정경제부령이 정하는 자에게 제공하는 재화 또는 용역 (2007. 2. 28. 개정) 나. 국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역 (2007. 2. 28. 개정) 법 제12조 제1항 제17호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각 호의 용역을 제외한 것을 말한다. (2003. 12. 30. 신설) 나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례) 【재경부 부가가치세제과-186, 2007.03.22】 국가, 지방자치단체 등이 국ㆍ공유재산 중 부동산을 임대하는 경우에는 「부가가치세법 시행령」 제38조 제3호 의 규정에 의하여 2007.1.1. 이후 계약을 체결(최초 계약 및 수정, 변경, 갱신을 포함)하여 공급하는 분부터 부가가치세가 과세되는 것임. 【서면3팀-2685, 2007.09.28】 지방자치단체가「공유재산 및 물품관리법」제4조의 규정에 의한 부동산을 비영리법인(단체)에게 사용하게 하고 비영리법인(단체)이 그 사용료를 당해 지방자치단체로부터 받은 보조금을 재원으로 지급하는 경우 당해 부동산의 임대용역에 대하여는 「부가가치세법 시행령」제38조 제3호의 규정에 의하여 부가가치세가 과세되는 것임.