국가에 공급하는 사회기반시설 등의 매입세액 조기환급 가능여부

국가에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 관련 매입세액은 조기환급대상에서 제외됨

[회신] 귀 질의의 경우 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3의 2호의 규정에 의하여 국가에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 관련 매입세액 조기환급 가능여부에 대하여 기 질의회신사례(부가46015-1668, 1997.07.23)를 참고하시기 바람 ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 해양수산부 고시 마산항(1-1단계) 민간투자시설사업의 사업시행자로 지정받고 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 에 의한 민간투자법의 추진방식으로 현재 사회간접자본시설을 건설 중에 있는 법인으로 조세특례제한법 제105조 제1항 제3의2호의 규정에 의하여 영세율적용을 받는 사업자가 국가에 공급하는 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 관련 매입세액에 대하여 부가가치세법 시행령 제73조 제3항 에 의하여 3월 중 매월 또는 매2월 조기환급 가능여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제105조 【부가가치세 영세율의 적용】 ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다. 이 경우 제3호 및 제3의 2호의 규정은 2009년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용하고, 제5호 및 제6호의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 적용한다. (2006. 12. 30. 개정) 3의 2. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역 (2005. 7. 13. 개정) ○ 부가가치세법 제24조 【환 급】 ① 사업장 관할세무서장은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다. (1995. 12. 29. 개정) ② 사업장 관할세무서장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 환급세액을 사업자에게 환급할 수 있다. (1995. 12. 29. 개정) 1.제11조의 규정이 적용되는 때 2.사업설비를 신설ㆍ취득ㆍ확장 또는 증축하는 때 ○ 부가가치세법 시행령 제73조 【조기환급】 ③ 법 제24조 제2항의 규정이 적용되는 사업자는 예정신고기간중 또는 과세기간 최종 3월중 매월 또는 매 2월(이하 “영세율 등 조기환급기간”이라 한다)에 영세율 등 조기환급기간종료일로부터 25일내에 영세율 등 조기환급기간에 대한 과세표준과 환급세액을 정부에 신고하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 영세율 등 조기환급기간에 대한 환급세액을 각 영세율 등 조기환급기간별로 당해 조기환급신고기한경과후 15일 이내에 사업자에게 환급하여야 한다. (1993. 12. 31. 개정) 나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례) 【서면3팀-2165, 2007.07.31】 1. 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역을 2009.12.31.까지 공급한 분은 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3호 의 2의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 것임. 2. 귀 질의의 경우 건설업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호 의 규정에 의한 사업시행자에게 공급하는 동법에 의한 사회기반시설의 건설용역은 영세율이 적용되지 아니함. 【서면3팀-635, 2004.03.31】 【질의】 사회간접자본시설에 대한 민간투자법에 의하여 설립된 사업자가 항만시설 등을 준공후 국가에 기부채납하고 관리운영권을 부여받은 경우에 있어, 당해 공사의 건설용역이 사업설비에 해당되어 이와 관련하여 교부받은 세금계산서상의 매입세액이 조기환급 대상인지 여부 【회신】 귀 질의의 경우 유사사례(재소비 46015-290, 1997.10.1.)를 참고바람. 【재소비46015-290, 1997.10.01】 【질의】 1. 회사의 개요 ｏ 신공항고속도로 주식회사(이하 “회사”)는 사회간접자본시설에 대한 민자유치촉진법에 따른 민자유치시설사업인 서울∼인천국제공항간 고속도로의 건설 및 운영을 위해 1995. 12월에 설립된 법인임. ｏ 현재 회사는 상기 고속도로를 건설하고 있으며 고속도로는 준공과 동시에 국가에 그 소유권이 이전되며, 이후 30년간의 관리운영권을 부여받아 고속도로 이용자들로부터 통행료를 징수하여 투자비 등을 회수할 예정임. 2. 질의사항 가. 부가가치세법상 세금계산서 교부방법에 대한 사항 (1) 현황 ｏ 회사가 시행중인 고속도로공사구간 중 연육교(육지와 영종도를 잇는)공사와 같이 동일교량내에 철도와 고속도로가 함께 통과하게 되어 철도와의 병행시공이 불가피한 공사에 대해서는 ‘수도권신공항 고속도로 민자유치시설사업 기본계획(건설교통부 고시 제1995-174호, 1995. 5.)’ 및 ‘수도권신공항고속도로 민자유치시설사업 실시협약(1995. 10. 27)’에 따라 회사가 병행하여 시행하도록 되어 있음. ｏ 따라서 철도청과 회사는 이러한 병행공사구간에 대해 ‘인천국제공항 전용철도와 고속도로 병행구간 공사 위·수탁협약서(1997. 1. 27)’를 체결하여 공사시행의 위·수탁자로서 공사를 시행하고 있음. ｏ 병행구간 공사 중 철도기초시설에 대한 공사는 회사로부터 도급받은 도로구간 시공자(건설회사)가 공사를 수행하며, 회사는 이러한 과정에서의 시행이익 또는 수수료와 같은 경제적인 이득을 얻지 아니함. (2) 질의사항 ｏ 회사가 철도청으로부터 시행을 위탁받은 철도시설공사에 대해 부가가치세법상 시공자가 철도청을 공급받는 자로 하여 직접 세금계산서를 교부하고 회사는 수탁자로서 사업자등록번호를 부기하는 형식으로 세금계산서를 발행할 수 있는지 여부에 대해 질의함. (3) 의견 ｏ 병행구간의 철도기초시설공사는 시행 및 시공의 효율성 때문에 회사가 병행시행하는 것임. ｏ 부가가치세에 있어서는 시공자가 철도청에 공급하는 도시철도건설용역은 영세율이 적용되지만, 회사가 중간에 개재하여 시공자가 회사로 세금계산서를 발행할 경우 이는 일반과세(10％)로 부가가치세가 과세되며, 회사가 다시 철도청에 발행하는 세금계산서에 대해서는 영세율이 적용됨. ｏ 회사는 이와 같은 병행시행의 위·수탁과 관련하여 실질적인 경제적 이득을 취하는 것이 없으면서 부가가치세만 부담하는 것이 됨. 물론, 부가가치세 매입세액에 대해 환급이 되기는 하지만 환급시점까지의 이자비용을 회사가 부담하게 됨. ｏ 따라서, 회사의 성격 및 거래구조를 고려해 볼 때 상기와 같은 위·수탁계약에서는 시공자가 철도청에 직접 세금계산서를 교부하는 것이 합리적인 것으로 판단됨. 나. 부가가치세법상 조기환급대상 여부 (1) 현황 ｏ 회사는 고속도로준공과 동시에 고속도로시설 일체에 대한 소유권을 국가로 이전하고 이에 대한 관리운영권을 얻게 되는 법인으로, 공사기간중 발생하는 고속도로건설비에 대한 부가가치세 매입세액을 부담하고 있음. (2) 질의사항 ｏ 회사의 고속도로 건설과 관련하여 발생하는 부가가치세 매입세액에 대해 조기환급대상이 되는지의 여부에 대해 질의함. (3) 의견 ｏ 부가가치세법 제24조 제2항 에서의 사업설비는 법인세법시행령 제48조 에 규정한 감가상각자산임. ｏ 회사가 고속도로건설을 위해 지출하는 공사비는, 회사의 목적사업인 ‘고속도로의 건설 및 운영’을 위해 필수적인 사업설비인 ‘고속도로에 대한 관리운영권’을 취득하기 위한 것이라고 봄. ｏ 회사의 고속도로 건설공사비와 관련하여 고속도로 자체는 준공과 동시에 국가에 기부채납되어 고속도로 그 자체는 회사의 사업설비가 아니지만, 이러한 공사비 지출은 회사의 사업설비인 ‘고속도로에 대한 관리운영권’의 취득을 목적으로 하는 자본적지출임. ｏ 따라서, 회사의 ‘고속도로에 대한 관리운영권’은 법인세법시행규칙 별표4에 규정된 유료도로관리권에 해당된다고 판단되며, 따라서 조기환급대상이 되는 ‘사업설비’에 해당된다고 봄. 【회신】 귀 질의 경우는 국세청 회신(부가 46015-1668, 1997. 7. 23)이 타당함. 【부가46015-1668, 1997.07.23】 1. 신공항고속도로(주)가 서울과 인천국제공항간의 고속도로를 건설하여 준공과 동시에 국가에 기부채납한 후 그 대가로 일정기간 무상사용할 수 있는 관리운영권을 취득함에 있어서 동 고속도로(주)가 시공하는 교량(도로)위에 공항전용철도를 함께 병행시공 하기로 하고 철도공사 부분에 대하여 철도청으로부터 별도 시공위탁을 받아 이를 건설업자에게 하도급하여 당해 철도건설용역을 제공하고 철도청으로부터 대가를 받아 하도급업자에게 지급하는 경우 당해 하도급업자는 신공항고속도로(주)에게, 신공항고속도로(주)는 철도청에 각각 부가가치세법 제16조 제1항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부하여야 하는 것이며, 이 경우 신공항고속도로(주)가 철도청에 직접 제공하는 도시철도 건설용역은 조세감면규제법 제99조 제3호의 규정에 의하여 영의 세율을 적용하는 것이나, 건설업자가 신공항고속도로(주)로부터 하도급받아 제공하는 당해 철도건설용역에 대하여는 영의 세율을 적용하지 아니하는 것임.다만 이 경우, 철도청에서 발주한 철도건설공사가 조세감면규제법 제99조 제3호에서 규정하는 도시철도 건설용역에 해당하는지 여부는 관련법(도시철도법, 도시교통정비촉진법 등) 규정에 따라 판단하는 것임. 2. 또한 신공항고속도로(주)가 서울과 인천국제공항간의 고속도로를 건설하여 준공과 동시에 국가에 기부채납하고 그 대가로 일정기간 무상사용할 수 있는 관리운영권을 취득한 경우 당해 고속도로 건설에 관련된 매입세액은 조기환급되지 아니하는 것임.