정비사업조합의 정비사업관련 거래징수당한 부가가치세 부담주체

과세되는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세를 당해 조합으로부터 거래징수하는 것이나 당해 조합이 거래징수당한 부가가치세를 실제로 누구에게 부담시킬 것인지에 대하여는 부가가치세법에 별도 규정하고 있지 아니함.

[회신] 1. 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신해서 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한함)은 「부가가치세법」 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니하는 것임 2. 부가가치세과세사업을 영위하면서 재화 또는 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받은 경우 같은법 제17조 제1항의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 같은법 제17조 제2항에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임 3. 귀 질의의 당해 조합이 거래징수당한 부가가치세를 실제로 누구에게 부담시킬 것인지에 대하여는 기 회신사례(부가46015-1405, 1999.05.18)를 참고하시기 바람 ※ 붙임 : 관련 참고자료 1. 질의내용 요약 ○ 2006년 6월 44평형(국민주택 초과규모) 조합원 14세대는 재건축조합으로부터 ‘국민주택초과규모의 아파트를 분양받은 조합원에게는 세법상 부가가치세가 부과되지 않는 것이나 시공사의 공사비관련 매입부가가치세중 불공제 매입세액은 44평형 조합원이 부가가치세로 납입해야 한다며 22백만원의 부가가치세를 납부하라’는 통지문을 받았으며 이에 따라 해당조합원은 동 금액을 현금으로 지급하거나 또는 지불각서를 제출하고 입주함. 입주 후에 조합원은 부가가치세를 부담할 법적 근거가 없다는 것을 알고 납부한 금액의 반환을 요구하였으나 조합은 이를 되돌려주지 않고 있음. 조세특례제한법 제104조 의 7 제3항에 의하면 관리처분계획에 의거 재건축한 조합원아파트는 부가가치세 부과대상이 아닌 것으로 알고 있으며 또한 매입세액을 부가가치세로 납부해야 한다는 조합의 주장은 납득할 수 없음. 이 경우 당해 조합원아파트가 과세대상인지 및 매입세액을 세무서에 납부하는 것이 옳은 것인지 여부 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 부가가치세법 제2조 【납세의무자】 ① 영리목적의 유무에 불구하고 사업상 독립적으로 재화(제1조에 규정하는 재화를 말한다. 이하 같다) 또는 용역(제1조에 규정하는 용역을 말한다. 이하 같다)을 공급하는 자(이하 “사업자”라 한다)는 이 법에 의하여 부가가치세를 납부할 의무가 있다. ② 제1항의 규정에 의한 납세의무자에는 개인ㆍ법인(국가ㆍ지방자치단체와 지방자치단체조합을 포함한다)과 법인격없는 사단ㆍ재단ㆍ기타 단체를 포함한다. ○ 부가가치세법 제6조 【재화의 공급】 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다. ○ 부가가치세법 제15조 【거래징수】 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제13조의 규정에 의한 과세표준에 제14조의 규정에 의한 세율을 적용하여 계산한 부가가치세를 그 공급을 받는 자로부터 징수하여야 한다. ○ 부가가치세법 제17조 【납부세액】 ② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. 2. 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액 4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 (1993. 12. 31. 개정) 5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999. 12. 28. 개정) ○ 조세특례제한법 제104조 의 7 【정비사업조합에 대한 과세특례】 ① 2003년 6월 30일 이전에 주택건설촉진법(법률 제6852호로 개정되기 전의 것을 말한다) 제44조 제1항의 규정에 의하여 조합설립의 인가를 받은 재건축조합으로서 도시 및 주거환경정비법 제18조 의 규정에 의하여 법인으로 등기한 조합(이하 이 조에서 “전환정비사업조합”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제2조 의 규정에 불구하고 전환정비사업조합 및 그 조합원을 각각 소득세법 제87조 제1항 및 동법 제43조 제3항의 규정에 의한 공동사업장 및 공동사업자로 보아 소득세법을 적용한다. 다만, 전환정비사업조합이 법인세법 제60조 의 규정에 의하여 당해 사업연도의 소득에 대한 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다. (2003. 12. 30. 신설) ② 도시 및 주거환경정비법 제18조 의 규정에 의하여 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 “정비사업조합”이라 한다)에 대하여는 법인세법 제1조 의 규정에 불구하고 2008년 12월 31일 이전에 종료하는 사업연도까지는 비영리내국법인으로 보아 법인세법(동법 제29조의 규정을 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서의 규정에 따라 신고한 경우에 한한다. (2003. 12. 30. 신설) ③ 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)은 부가가치세법 제6조 의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다. (2003. 12. 30. 신설) 나. 유사 사례 (예규, 심사․심판례, 판례) 【서면3팀-1506, 2007.05.16】 1. 「도시 및 주거환경정비법」 제13조 의 규정에 해당하는 조합설립추진위원회는 「국세기본법」 제13조 의 규정에 의하여 법인으로 보는 단체로 보는 것이나, 「도시 및 주거환경정비법」 제15조 제4항 에 의하여 당해 조합설립추진위원회가 행한 업무와 관련된 권리와 의무를 「조세특례제한법」 제104조 의 7 제2항의 규정에 의한 정비사업조합이 포괄승계하는 경우에는 그 조직을 변경한 것으로 보는 것임. 2. 동 조합설립추진위원회가 「도시 및 주거환경정비법」 제2조 의 규정에 의한 정비사업을 시행하면서 신규로 부가가치세 과세사업을 개시하고자 하는 경우 「부가가치세법」 제5조 제1항 의 규정에 의하여 사업자등록을 하여야 함. 3. 부가가치세과세사업을 영위하면서 재화 또는 용역을 공급받고 「부가가치세법」 제16조 제1항 의 규정에 의한 세금계산서를 교부받은 경우 「부가가치세법」 제17조 제1항 의 규정에 의하여 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액은 매출세액에서 공제되는 것이나, 「부가가치세법」 제17조 제2항 에 해당하는 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것임. 【서면3팀-1707, 2005.10.06】 1. 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신해서 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한함)은 부가가치세법 제6조 의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니하는 것이나, 2. 정비사업조합이 시공자 등으로부터 건설용역대가에 대하여 세금계산서를 교부받은 경우 교부받은 세금계산서상의 공급가액의 범위 안에서 실제로 당해 건설용역을 공급받은 조합원(관리처분에 의해 상가를 분양받은 조합원)에게 당해 조합원이 부담한 현금ㆍ토지 등의 비용을 기준으로 부가가치세법 시행규칙 제18조 규정에 의해 세금계산서를 교부할 수 있는 것이며, 조합원은 당해 매입세액이 자기의 과세사업과 관련된 경우에는 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것임. 【부가46015-517, 2000.03.08】 주택건설촉진법에 의한 재건축조합이 건설회사로부터 건설용역을 제공받아 건축한 주택을 조합원 및 일반인에게 분양하는 경우에는 두가지의 거래가 발생하게 됨. 하나는 조합과 조합원 또는 일반인과의 거래이며, 또 하나는 조합과 건설회사와의 거래임. 조합이 조합원에게 완성된 주택을 분양(관리처분계획에 의한 지분을 초과하여 분양하는 경우 포함)하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이나, 건설회사가 조합에 제공하는 건설용역은 당해 주택이 조합원 분양분인지 또는 일반인 분양분인지에 불문하고 국민주택 규모를 초과하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것이므로 당해 건설회사는 조합원 분양분인 국민주택 규모를 초과하는 주택의 건설용역 제공에 대하여도 당해 조합으로부터 부가가치세를 거래징수하여야 하는 것이며, 당해 조합은 조합원 분양분과 관련하여 건설회사에 지급한 부가가치세(매입세액)는 매출세액에서 공제받을 수 없는 것임. 【부가46015-1405, 1999.05.18】 【질의】 1) ○○아파트 재건축 조합임. 2) 당 조합아파트는 1996. 6.경에 (주)○○과 도급계약을 체결하여 현재 공사가 마무리 단계있음. 3) 당 조합원 119세대에서 일반분양 86세대(국민주택규모 이하)와 상가 290평을 분양하고 당조합원은 국민주택규모 이상(42평형)을 19세대 짓고, 나머지는 국민주택규모 이하임. 이러한 상태에서 당 조합원 분양분 42평형 아파트의 부가가치세를 누가 부담해야 하는지 질의함. 【회신】 주택건설촉진법에 의한 재건축조합이 재건축구역안의 주택을 인도받아서 종전의 낡은 주택을 철거한 후에 주택과 상가를 신축하여 조합원 및 일반인에게 분양함에 있어 국민주택규모를 초과하는 주택을 관리처분계획에 의하여 종전주택의 소유자인 당해 조합원에게 분양하는 경우에는 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이나, 건설업자가 공급하는 당해 주택(관리처분계획에 의하여 조합원에게 분양하는 국민주택규모를 초과하는 주택)의 건설용역은 부가가치세가 과세되는 것으로 당해 건설업자는 당해 건설용역의 공급에 대한 부가가치세를 당해 조합으로부터 거래징수하는 것이나 당해 조합이 거래징수당한 부가가치세를 실제로 누구에게 부담시킬 것인지에 대하여는 부가가치세법에 별도 규정하고 있지 아니함.