전 문
[회신]
『총괄주관기관 및 세부주관기관으로 기술개발사업에 참여하는 경우에 있어 정부출연금을 받는 경우 면제적용의 범위 및 과세표준의 산정기준』에 관련된 사항은 조세법령과 유사한 질의회신사례【(서면․인터넷․방문상담3팀-759, 2005.06.01.)외 1건】의 내용을 붙임과 같이 보내드리니 참고하시기 바랍니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| 원자력 및 수화력 발전소 설계업무를 주업으로 하는 회사로서 기업 내 ○○연구소를 운영하고 있는 회사가 “중소형 열병합 발전용 탈질 엔지니어링 기술개발” 연구개발사업과제의 총괄주관기관으로서 ○○공단과 협약을 체결하였고 동시에 세부주관기관으로도 동 기술개발사업에 참여하게 된 경우임. o 사업개요 가. 사업명 : 산업자원부 ○○기술개발사업 ｏ 총괄주관과제명 : 중소형 열병합 발전용 탈질 엔지니어링 기술개발 ｏ 세부연구과제명 - 중소형 탈질설비 엔지니어링 기술개발(주관기관 : (주)〇〇) - 중소형 탈질설비부품 및 요소해석 기술개발(주관기관 : 〇〇〇〇) - 초 저공해 탈질공정을 위한 합성가스 발생기 개발(주관기관 : 〇〇〇〇) 나. 사업기간 : 2005.07. ～ 2008.07.(3년) 다. 관련기관 ｏ 전담기관 : 산업자원부/○○공단 ｏ 총괄주관기관 : (주)〇〇(위탁연구기관 : 〇〇연구원/〇〇대, 참여기업 : (주)〇〇, 〇〇〇〇, 〇〇〇〇(참여기업 : 〇〇〇〇), 〇〇〇〇 (위탁연구기관 : 〇〇대, 참여기업 : 〇〇〇〇) 라. 총기술개발비 : 4,690,000천원 ｏ 정부출연금 : 2,793,000천원, o 당사 현금, 현물출자분 : 1,520,000천원 ｏ 타기관 현금, 현물 출자분 : 377,000천원 마. 당사 총괄주관과제, 세부주관연구과제 수행분 협약 및 계약내용 (질의서 참조) 바. 과제내용 ｏ 본 건은 산업자원부 지원 과제로서 우리회사가 총괄주관기관임과 동시에 세부 주관기관임. |
| 1. 질의내용 요약 |
| ｏ 총괄주관기관이라 함은 관리인력, 시설 등 총괄관리능력을 갖추고 당해 기술개발사업을 주관하여 수행하는 기관을 말하며 각 세부주관기관은 총괄주관기관의 관리하에 개별세부과제를 수행함. ｏ 총괄주관기관은 산업자원부 고시 제2003-37호 에너지․자원기술개발운영규정 제4자 제15조에 따라 다음과 같은 업무를 수행함. - 전담기관과의 총괄 협약체결 - 세무주관기관 및 세부과제 참여기업과의 협약체결 - 당해 기술개발과제의 수행에 필요한 각종 행정사항의 지원 및 종합관리 - 세부과제 사업내용의 검토, 조정 및 자체평가 ｣ - 연차별 추진실적, 자체평가결과, 최종연구결과 등의 보고 - 총괄주관기관의 사업비 집행실적 보고 및 세부주관기관의 사업비 집행실적 종합보고 - 당해 기술개발과제의 개발결과와 활용실적의 종합관리 및 보고 - 당해 기술개발과제의 정액기술료 납부 및 징수결과보고 - 사업의 효율적으로 추진하기 위한 사업운영위원회의 구성 및 운영 - 기타 산자부장관(전담기관의 장)이 협약으로 위임하는 사항 ○ 질의사항 당사가 총괄주관기관으로서 수령하는 정부(산업자원부)지원금을 재화나 용역의 대가관계에 해당하지 아니하는 정부출연금으로 보아야 하는지 아니면 기술개발사업의 총괄관리를 담당하는 정부업무를 대행하는 용역을 공급하고 대가로 수령하는 것에 해당하여 세금계산서를 발행하여야 하는지 혹은 면세되는 학술․기술연구용역에 부수적으로 제공되는 용역에 해당하여 계산서를 발행하여야 하는지 여부 |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 부가가치세법 제12조 【면 세】 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 13. 저술가․작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 ○ 부가가치세법시행령 제35조 【인적용역의 범위】 법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각 호에 규정하는 용역으로 한다. 2. 개인․법인 또는 법인격 없는 사단․재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (라) 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역 ○ 부가가치세법시행규칙 제11조 의 3 【인적용역의 범위】 ③ 영 제35조 제2호 라목에서 재정경제부령이 정하는 학술연구용역과 기술연구용역이라 함은 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 말한다. ○ 부가가치세법 제13조 【과세표준】 ② 다음 각 호의 금액은 과세표준에 포함하지 아니한다. 4. 국고보조금과 공공보조금 ○ 부가가치세법시행령 제48조 【과세표준의 계산】 ⑩ 법 제13조 제2항 제4호에 규정하는 국고보조금과 공공보조금은 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금으로 한다. |
| 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) |
| ○ 서면․인터넷․방문상담3팀-759, 2005.06.01. 【질의】 □ 정부는 전기사업법, 원자력법, 기술개발촉진법 등의 법률에 따라 조성된 기금으로 공공의 목적을 위하여 필요한 경우 과제를 선정하여 이에 대해 연구개발비의 일부를 지원하고 있음. ｏ 영리법인의 부설연구소(이하 갑이라 함)는 선정된 과제에 대해 전담기관과 기술개발협약서를 체결하고 당해 기술개발협약서에서 정한 정부출연금을 수령하여 과세연구를 수행하고 있으며, 연구는 갑이 단독으로 수행할 수도 있으나 주로 참여기업과 공동으로 수행함. ｏ 국책연구과제의 업무 흐름도는 아래와 같음. ① 정부가 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료징수 및 사후관리 등의 업무를 수행하도록 관련 업무를 전담기관에 위임하고 예산지원 ② 관계법령에 근거하여 과제연구를 선정하고, 주관기관과 기술개발협약서를 체결하고 협약서에 정한 바에 따라 정부출연금을 지급하고 정산 ③ 정부출연금중 참여기업 해당분 지급, 정부출연금은 별도의 계정을 설정하여 관리하고 잔액(이자 포함)이 있는 경우 반납 ④ 전담기관의 장이 성공으로 평가하여 기술료 징수대상으로 확정된 경우에는 주관 기관이 참여기업으로부터 기술료를 징수함. ⑤ 정부출연금 상당액의 기술료를 납부함. ⑥ 연구수행에 필요한 원재료, 기자재 등을 외부로부터 구입 ｏ 각 기관별 역할 ※ 전담기관(또는 전문기관) : 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로 주관기관의 연구개발사업계획서 검토, 협약체결, 정부출연금의 지급 및 정산, 기술료 징수 및 사후관리 등의 업무를 수행함. ※ 주관기관 : 관계법령에 근거하여 과제연구를 신청하고 선정된 연구개발 사업을 주관하여 수행함. |
| 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) |
| ※ 참여기업 : 과제연구 결과물을 사용할 목적으로 총 연구개발비 중 민간부담금의 일부를 부담하는 자로서 주관기관과 공동연구개발을 수행하는 경우도 있으며, 통상적으로 과제연구 완료시 기술료를 납부하고 실시권을 부여 받음. ※ 실시기업 : 연구개발 결과를 실시하는 기업․기술료를 납부하여야 함. ｏ 산업재산권(지적재산권)의 귀속 ① 유형 1 : 연구개발 완료시까지는 정부출연금 지분상담은 정부소유로 하고 개발완료 후 기술료 납부시점부터 주관기관이 소유하거나 협약에 따라서는 참여기업과 공동 소유함. 이 경우 주관기관이 비영리인 경우에는 처음부터 주관기관이 소유함. ② 유형 2 : 정부 지분 상당부분도 처음부터 주관기관이 소유. 다만, 어느 경우에도 국가안보상 필요한 경우, 공익적 목적에 활용하기 위하여 필요한 경우, 기타 주관기관의 소유가 부적합한 경우 국가, 전담기관 또는 공동소유로 할 수 있음. ｏ 유형적 결과물의 귀속 원칙적으로 주관기관의 소유로 함. 다만, 참여기업이 소유의 조건으로 부담한 연구기자재 및 연구시설은 참여기업의 소유로 함. ｏ 참여기업과의 공동연구 수행시의 자금흐름 참여기업과 공동으로 과제연구 수행 시 협약에서 정하는 바에 따라 민간부담액 중 일부를 분담시키며, 연구활동은 참여기업이 수행하는 경우와 수행하지 않는 경우로 분류됨. □ 질의내용 1. 주관기관이 전담기관으로부터 수령하는 정부출연금이 부가가치세법상 국고보조금으로 보아 과세표준에서 제외하는 것인지 용역의 공급거래에 해당하는지 여부 2. 국책연구과세 수행에 있어서 참여기업이 연구비의 일부를 부담하되 연구활동을 수행하는지 여부 및 소유권을 취득하는지 여부에 따라 부가가치세법상 과세거래에 해당하는지 여부 |
| 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) |
| 【회신】 1. 생략 2. 국가․지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역은 부가가치세법 시행령 제38조 각호의 1에 해당하는 용역을 제외하고는 면세되는 것이고, 새로운 학술 또는 기술을 개발하기 위하여 행하는 새로운 이론․방법․공법 또는 공식 등에 관한 연구용역을 공급하는 때에는 부가가치세법 제12조 제1항 제13호 및 같은 법 시행령 제35조 제2호 라목의 규정에 의하여 부가가치세를 면제하는 것임. 3. 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가(부가가치세를 제외)로 하는 것으로서 거래상대자로부터 받은 대금․요금․수수료 기타 명목 여하에 불구하고 대가관계에 있는 모든 금전적 가치 있는 것을 포함하나, 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의해 과세표준에 포함하지 아니하는 것임. 4. 귀 질의 1의 경우 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받는 기관으로부터 국가연구개발사업출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에 포함하지 아니하는 것임. 5. 6. 생략 ○ 서삼46015-10009, 2004.01.05. 【질의】 사업자가 정보통신부 등의 정부부처에서 [법률]에 의한 기금을 조성하여 국가정책사업을 함에 있어 이에 소요되는 자금을 정부출연금의 명칭으로 지원 받으면서 수행하는 아래의 국가사업이 부가가치세법상 용역의 공급에 해당하는지 여부 |
| 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) |
| - 아 래 - 1. 사업자가 [정보화촉진기본법]을 근거로 정보통신부장관으로부터 정보통신과 관련된 우수한 신기술을 보유하면서도 자금력 등이 부족하여 사업화를 못하는 사업자에 대하여 시제품 개발에 필요한 자금을 정부출연금으로 지원 받는 바, 같은 법 시행규칙 제3조 제2항의 규정에 의하여 세부사항은 [정보통신 우수신기술지정․지원사업 관리규정]에 정하며 출연사업관리를 위한 관리기관인 ○○진흥원장과의 계약에 의하여 당해 정부출연금을 지원 받으면서 시행하는 경우 2. 사업자가 [정보화촉진기본법]을 근거로 정보통신부장관으로부터 정보통신기업의 산업경쟁력 제고 및 IT 신시장 창출을 위한 기술개발에 소요되는 비용을 지원받는 바, 같은 법 제18조 제2항의 규정에 따라 정보통신연구개발사업을 효율적으로 시행하기 위한 세부사항을 [정보통신연구개발 관리규정]에 정하며 출연사업관리를 위한 관리기관인 ○○진흥원장과의 연구개발협약서에 의하여 시행하는 경우 3. 사업자가 [산업발전법]을 근거로 산업자원부장관으로부터 산업발전 및 산업구조고도화에 긴요한 핵심기술개발 및 부품․소재의 개발을 집중지원하기 위한 부품․소재기술개발사업 등에 필요한 자금을 지원 받는 바, 같은 법 시행령의 규정에 따라 산업기술개발사업을 효율적으로 시행하기 위한 세부사항은 [산업기반기술개발사업운영요령]에 정하며 출연사업 관리는 ○○평가원장이 전담하고 협약서에 의하여 시행하는 경우 【회신】 귀 질의의 경우 붙임 질의회신문 재경부 소비세제과-232(2003.12.17.)를 참고하기 바람. |
| 나. 유사사례 (기본통칙, 판례, 심판례, 심사례, 예규 등) |
| ■ 재경부 소비세제과-232(2003.12.17.)호 사업자가 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관과 기술개발협약서를 체결한 후 정부 또는 정부의 위임을 받은 기관으로부터 국가연구개발사업 출연금을 받아 기술개발을 수행하고 그 결과 개발된 지적소유권 등을 사업자에게 귀속시키는 경우에 있어서 당해 기술개발과 관련하여 지원되는 국가연구개발사업 출연금은 부가가치세법 제13조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제48조 제10항의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준에서 제외됨. |