항만시설의 배후부지로 사용하기 위한 공유수면매립허가를 득하여 공유수면매립 후 동 배후부지 일부를 항만시설 공급대가의 일부 및 공유수면매립 대가로 취득하는 경우 영세율이 적용되지 아니함.
전 문
[회신]
「사회기반시설에 대한 민간투자법」제2조 제7호의 규정에 의한 사업시행자가 실시협약에 따라 항만시설을 건설하여 국가에 귀속하고 항만시설의 관리운영권을 취득하면서 부대사업으로 같은 법 제16조의 규정에 따라 항만시설의 배후부지로 사용하기 위한 공유수면매립허가를 득하여 공유수면매립 후 동 배후부지 일부를 항만시설 공급대가의 일부 및 공유수면매립 대가로 취득하는 경우에 있어, 공유수면매립 용역의 공급은 「조세특례제한법」 제105조 제1항 제3의 2 규정이 적용되지 않으며, 동 배후부지 매립용역의 과세표준은 「부가가치세법 시행령」 제48조 제6항의 규정을 적용하는 것임.
1. 질의내용 요약
가. 사실관계
회
사는 항만개발을 위한 민간제안사업의 시행사로서, 사회기반시설에 대한 민간투자법, 동법 시행령 민간투자사업기본계획에 따라 해양수산부와 실시협약을 체결하였음.
(실시협약에 따른 사업의 범위와 내용)
| 범위(건설시설) | 내 용 |
| 본 시 설 | 본사업시설 여객터미널시설, 냉동,냉장창고, 수산물가공공장 부지 등 | 준공과 동시에 국가에 기부채납하며 회사는 23년 실시협약 제6조는 30년으로 기재되어 있으나, 최종23년으로 체결됨. 동안 무상사용권을 취득하여 부가가치세 과세사업에 사용함. |
| 기타시설 방파제, 방파호안 등 | 회사의 책임하에 건설 후 국가에 귀속시킴. |
| 배후부지 | 본시설과 연계되어 편의시설을 조성할 목적으로 공유수면매립을 통해 부지를 조성하고 조성된 부지 중 도로 등의 사회기반시설은 국가에 귀속되고, 잔여분은 회사가 취득함. |
회사의 입장에서 상기 사업은 회사의 자체자금과 건설분담금
민간투자법
제53에 의한 무상환 보조금으로서 본시설의 공사에만 사용가능(해양수산부에서 지급)을 사용하여 본시설과 배후부지를 건설한 후 본시설을 국가에 기부채납하고 본사업시설을 부가가치세가 과세대상 사업인 ‘시설이용자로부터 사용료를 징수하거나 임대하는 사업’에 23년 동안 사용함과 동시에 배후부지(회사 귀속분)의 분양을 통하여 수익을 창출하는 사업구조임.
상기 협약에서 본시설에 대한 총사업비를
사회기반시설에대한민간투자법시행령 제22조
에 따라 산정하여 체결 실시협약 제15조하였으나, 배후부지에 대한 총사업비는 별도 체결한 바 없음.
회사는 본사업과 관련된 시설을 착공한 후 약3년에 걸친 공사과정을 거쳐 준공하였으며, 해양수산부로부터 본시설에 대한 준공확인필증과 총사업비확인서를 교부 받은 후 영세율 매출세금계산서(
조세특례제한법 제105조 1항
3의2호)를 교부하였음.
나. 질의요지
질의1 :
본시설과 배후부지를 건설한 후 본시설 및 배후부지(국가 귀속분)를 기부채납하고 본 사업시설에 대한 일정기간 무상사용권과 배후부지(회사 귀속분)를 취득하는 경우 과세방법
[갑 설]
본시설 건설용역과 배후부지 건설용역을 별도의 거래로 구분하여 본시설 건설용역 공급거래에 대하여는 영세율을 적용하고, 배후부지 건설용역 공급거래에 대하여는 10% 세율을 적용함.
[을 설]
본시설과 배후부지 건설용역을 하나의 거래로 보아 전체에 대하여 영세율을 적용함.
질의2 :
[질의1]에서 갑설이 타당한 경우 배후부지 조성과 관련된 용역공급 거래의 부가가치세 과세표준 산정방법
[갑 설]
공유수면매립법에 의해 산정한 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 하여야 함(
부가가치세법 시행령 제48조 제6항
규정 적용)
[을 설]
회사가 공급한 용역의 시가를 과세표준으로 하여야 함.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련 조세법령(법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙)
O
조세특례제한법 제105조
【부가가치세 영세율의 적용】
① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세에 있어서는 대통령령이 정하는 바에 따라 영의 세율을 적용한다.
3의 2.
「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조 제7호
의 규정에 의한 사업시행자가 부가가치세가 과세되는 사업을 영위할 목적으로 동법 제4조 제1호 내지 제3호의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 공급하는 동법에 의한 사회기반시설 또는 동 시설의 건설용역
O
부가가치세법 시행령 제48조
【과세표준의 계산】
⑥ 「공유수면매립법」에 의하여 매립용역을 제공하는 경우에는 동법에 의하여 산정한 당해 매립공사에 소요된 총사업비를 과세표준으로 한다.