건물 수용 보상금에 대한 과세여부

국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권 이전과 당해 학교시설을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는 부가가치세가 면제되는 것임.

[회신] 이와 관련된 귀 질의의 경우에는 붙임 관련 참고자료의 조세법령과 질의회신 사례(서면3팀-1440,2006.07.13)를 보내드리니 참고하시기 바랍니다 1. 질의내용 요약 ○ 사실관계 - 2005.12.31. 신설된 『조세특례제한법』 제106조 제1항 제8호에 따르면, 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추전을 받은 자가 BTO방식을 준용하여 민자로 건설된 고등교육기관 학교시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세를 한시적으로 면제하도록 되어 있음. - 질의요지(쟁점) 건물 등을 신축하여 국가에 귀속(기부채납)시키고 무상사용 수익권(학교시설을 이용한 재화 또는 용역의 공급)을 얻어 면세사업에 사용시 , 신축관련 매입세액 불공제 여부? 2. 질의내용에 대한 자료 가. 관련 조세 법령(법률, 시행령, 시행규칙) ○ 조세특례제한법 제106조 【부가가치세의 면제 등】 ① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 이 경우 제1호 내지 제3호 및 제9호의 규정은 2006년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하고, 제4호의 2의 규정은 2008년 12월 31일까지 공급한 분에 한하여 이를 적용하며, 제8호의 규정은 2007년 12월 31일까지 실시협약이 체결된 분에 한하여 이를 적용한다. (2005. 12. 31. 후단개정) 8. 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자의 추천을 받은 자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호 의 방식을 준용하여 건설된 학교시설( 「고등교육법」 제2조 의 규정에 의한 학교시설에 한한다)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역 (2005. 12. 31. 신설) ○ 조세특례제한법 부칙 제46조 【학교시설 운영사업 등에 대한 부가가치세 면제에 따른 경과조치】 제106조 제1항 제8호의 개정규정에 의하여 부가가치세의 면제사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 이 법 시행 전에 취득한 재화를 부가가치세가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 제17조 제5항의 규정을 적용하지 아니한다 나. 관련 예규 《서면3팀-1440,2006.07.13》 【질의】(사실관계) - ○○자산운용㈜는 증권투자신탁업법에 의하여 설립되었고, ○○은행이 64.28%를 출자하고 있으며, ○○자산운용㈜가 주관이 되어 BTO방식에 의하여 ××대학교에 기숙사를 신축·운영하기 위하여 2005.2.7. ○○대학교기숙사(유한)를 설립하였음. 교육인적자원부장관으로부터 2005.4.27.자로 민자유치시설(기숙사) 보증허가를 받은 후 현재 기숙사를 신축 중에 있으며, 추후 당해 기숙사를 신축 후 ××대학교에 기부채납 예정이고, 기숙사의 운영은 ××대학교기숙사(유한)가 일정기간을 운영함. ××대학교기숙사(유한)는 교육인적자원부장관 또는 교육인적자원부장관이 지정하는 자에 의한 별도의 추천을 받은 사실이 없음. (질의 1) 민간투자자인 ××대학교기숙사(유한)가 운영권을 부여받아 2006.1.1. 이후 당해 시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역이 부가가치세가 면제되는지 여부 (질의 2) 민간투자자인 ××대학교기숙사(유한)가 2005.12.31.까지 투임한 건설비 등에 대한 부가가치세 매입세액을 공제(환급)받은 경우 개정된 조세특례제한법 부칙 제46조의 규정에 의하여 부가가치세법 제6조 제2항 (면세전용) 및 같은 법 제17조 제5항(납부세액 재계산)의 규정이 배제되어 이미 환급받은 세액을 납부하지 아니하여도 되는지 여부 【회신】 1. 교육인적자원부장관의 추천을 받은 사업자가 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조 제1호 의 방식을 준용하여 국내 소재 대학교의 기숙사를 건축하여 그 소유권을 당해 대학교에 귀속시키고 그 대가로 일정기간 동안 당해 건물에 대한 시설관리운영권을 취득하는 경우 당해 건물의 소유권 이전(재화공급)과 당해 학교시설(기숙사)을 이용하여 제공하는 용역에 대하여는 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호 의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 것임. 2. 또한, 당해 건물신축에 관련된 매입세액은 「부가가치세법」 제17조 제2항 제4호 의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 것임. 다만, 이 경우 「조세특례제한법」 제106조 제1항 제8호 의 개정규정에 의하여 부가가치세 면제사업자로 전환되거나 면세사업이 추가되는 사업자가 당해 개정규정의 시행일(2006.1.1.)전에 취득한 재화를 부가가치가 면제되는 당해 사업을 위하여 직접 사용하는 경우에는 같은 법 부칙 제46조의 규정에 의하여 「부가가치세법」 제6조 제2항 및 제17조 제5항의 규정을 적용하지 아니하는