전 문
[회신]
수익용 재산을 매각한 경우에는「상속세 및 증여세법」제48조 제2항 제4호ㆍ제4호의2 및 같은 법 시행령 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의한 매각대금의 사후관리규정이 적용되는 것입니다. 귀 질의와 같이 수익용 재산인 상장주식을 매각한 경우 그 매각대금에 대해서는 출연재산 매각대금의 사후관리규정에 따라 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는 것이며, 이 경우 당해 매각대금으로 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것입니다. 다만, 그 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산인 경우에는 그러하지 아니합니다.
법인세법 제62조의 2 규정에 의거 같은 법 제3조 제1항 제1호의 규정에 의한 사업소득이 없는 비영리 내국법인이 같은 조 제2항 제4호와 5호의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항의 규정에 의하여 신고납부하는 방법과 소득세법 제92조의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고․납부하는 방법 중 법인이 선택에 따라 적용 받을 수 있으며 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업년도 단위별로 적용하는 것입니다.
| 1. 질의내용 요약 |
| 1) 매각대금으로 정기예금(만기 1년 이상)에 가입하여 그 이자수익으로 고유목적사업에 필요한 재원을 마련하고자 한다면, 이는 상속세 및 증여세법 제48조 제2항 의 『직접공익목적』에 사용하는 것으로 볼 수 있는지.- 상속세 및 증여세법관련질의(서면4팀) 2) 주식매각에 따른 양도차익은 법인세법 제3조 제2항 의 소득에 해당되어 법인세 납세의무가 있는지(공익법인이 3년 이상 고유목적사업에 사용한 고정자산의 처분수입은 법인세법시행령 제2조 제2하에 비과세 조항이 있는데, 주식처분 수입은 이에 해당하는지 여부) 3) 질의 2)의 양도차익에 대하여 법인세법 제62조 의 제2항의 『자산양도소득에 대한 법인세과세특례』로 신고할 수 있는지 여부. |
| 2. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 법인세법 제3조 【과세소득의 범위】 ② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998.12.28. 개정) 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12.28. 개정) ○ 시행령 제2조 【수익사업의 범위】 ② 법 제3조 제2항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 당해 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항의 규정에 해당하는 수익사업을 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 당해 고정자산의 유지ㆍ관리 등을 위한 관람료ㆍ입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다. (1998.12.31. 개정) |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 제62조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】 ① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) 1. 소득세법 제94조 제1항 제3호 의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2001.12.31. 신설) 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001.12.31. 신설) ② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 소득세법 제92조 의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설) ○ 시행령 제99조의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득 과세특례】 ① 법 제62조의 2 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분”이라 함은 「소득세법」 제94조 제1항 제4호 나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호ㆍ제5호에 규정된 자산을 말한다. (2005. 2.19. 개정) ② 법 제62조의 2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의 2의 규정을 적용하지 아니한다. (2001.12.31. 신설). |
| 나. 유사사례 |
| ○ 서면2팀-165, 2006.01.19. 【회신】 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상하는 경우에는 「법인세법」 제29조 제1항 각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 손금에 산입하는 것임. ○ 서면2팀-1704, 2005.10.21. 【회신】 2. 귀 질의(2), (3)의 경우 이자소득만 있는 비영리내국법인이 고유목적사업비에 지출하는 경우에는 「법인세법」 제29조 에 의하여 고유목적사업준비금을 설정하여 일정한 범위 안에서 손금으로 계상하는 것임. ○ 재소득46073-133, 2001.07.03. 【회신】 장학재단 등 비영리법인의 이자소득은 영리법인 또는 일반개인과 동일하게 과세대상이 되나, 이자소득 등을 그 법인의 고유목적사업 또는 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금으로 계상한 경우에는 법인세법 제29조 및 동시행령 제56조의 규정에 의하여 과세표준 신고 시 손금으로 인정받을 수 있으므로 사실상 과세되지 않는 것임. 다만, 그 손금으로 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 않는 때에는 그 잔액을 당해 사유발생일이 속하는 사업연도의 익금에 산입하여 법인세를 과세하는 것임 |
| 나. 유사사례 |
| ○ 서면2팀-425, 2006.02.27. 【회신】 비영리 법인의 경우 「법인세법」 제3조 제2항 의 규정에 의한 수익사업에 대하여 「법인세법」 제60조 의 규정에 따라 과세표준을 신고하여 법인세를 납부하거나 환급받을 수 있는 것으로, 귀 질의의 경우 수익사업부분과 관련된 비용의 구분은 별도로 사실 판단하여야 하며, 다만 이자소득만 있는 비영리 법인의 경우 「법인세법」 제62조 의 규정에 의하여 과세표준 신고를 하지 않을 수 있음. ○ 서면2팀-1704, 2005.10.21. 【회신】 2. 귀 질의(2), (3)의 경우 이자소득만 있는 비영리내국법인이 고유목적사업비에 지출하는 경우에는 「법인세법」 제29조 에 의하여 고유목적사업준비금을 설정하여 일정한 범위 안에서 손금으로 계상하는 것임. ○ 서면2팀-1805, 2005.11.09. 【회신】 법인세법 시행령 제2조 제2항 에 의하여 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 자산의 처분으로 인하여 생기는 수입은 수익사업에 해당하는 바 법인으로 등록한 교회가 수양관 건립을 목적으로 임야 등을 취득했으나 건축허가가 나지 않아 양도하여 발생하는 수입은 수익사업에 해당되며, 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 법인세법 제29조 제1항 각호의 금액을 합한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입 하는 것이며 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고하는 경우 법인세법 제55조 의 2 각호에 규정한 「토지 등 양도소득에 대한 과세특례」 가 적용되는 것이며 |
| 나. 유사사례 |
| 비영리내국법인( 법인세법 제3조 제2항 제1호 에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리법인 제외)이 같은 조 제2항 제4호(주식 등)와 제5호(토지ㆍ건물)의 수입이 있는 경우에는 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고ㆍ납부하는 방법과 소득세법 제92조 의 규정에 의하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 양도소득세율을 적용하여 신고ㆍ납부하는 방법 중 법인이 선택하여 적용 받을 수 있으며, 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 적용하는 것으로 예정신고기간이 경과된 자산이, 있는 경우 법인세법 제60조 제1항 의 규정에 의하여 신고를 하여야 하며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고ㆍ납부한 세액은 기 납부세액으로 공제하는 것이며 소득세법 제105조 규정에 의하여 신고하는 경우 같은법 제92조의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 같은법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 하는 것으로 양도가액이나 취득가액은 소득세법 제96조 제1항 각호의 자산을 제외하고는 양도 및 취득 당시 기준시가에 의하여 계산하는 것이며 1세대 3주택에 대한 과세특례는 적용되지 않는 것임 |
| 3. 질의내용 요약 |
| ○ 사실관계 (재)○○은 공익법인으로서 2002년 특수관계법인의 상장주식을 취득하여 주식배당금으로 목적사업에 사용할 재원을 마련하여 왔음. 위 상장주식의 매각 시에 발생하는 세금납부에 대한 질의임. ○ 질의내용 (질의1) 매각대금으로 정기예금(만기 1년 이상)에 가입하여 그 이자수익으로 고유목적사업에 필요한 재원을 마련하고자 한다면 이는 상속세및증여세법 제48조 제2항 의 직접 공익목적사업에 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부 |
| 4. 질의내용에 대한 자료 |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| ○ 상속세및증여세법 제48조 【공익법인 등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입 등】 ② 세무서장 등은 제1항 및 제16조 제1항의 규정에 의하여 재산을 출연받은 공익법인 등이 다음 제1호 내지 제4호 및 제5호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 가액을 공익법인 등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제4호의 2에 해당하는 경우에는 제78조 제9항의 규정에 의한 가산세를 부과한다. 다만, 불특정다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액의 산정이 어려운 재산으로서 대통령령이 정하는 재산을 제외한다. 4. 출연받은 재산을 매각하고 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하며 대통령령이 정하는 공과금등을 제외한다)을 공익목적사업외에 사용하거나 매각한 날부터 3년이 경과한 날까지 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우 (2000.12.29. 개정) 4의 2. 제3호의 규정에 의한 운용소득을 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용하거나 제4호의 규정에 의한 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우 (2000.12.29. 신설) ○ 상속세및증여세법 시행령 제38조 【공익법인 등이 출연받은 재산의 사후관리】 ④ 법 제48조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 바에 따라 공익목적사업에 사용하지 아니한 경우라 함은 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도의 종료일부터 3년 이내에 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세를 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)중 직접 공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)이 매각대금의 100분의 90에 미달하는 경우를 말한다. |
| 가. 관련 조세 법령 (법률, 시행령, 시행규칙, 기본통칙) |
| 이 경우 당해 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산(공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득하기 전에 일시 취득한 재산을 제외한다. 이하 이 항 및 제7항에서 같다)을 취득한 가액이 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. (2000. 12.29. 신설) ⑦ 법 제48조 제2항 제4호의 2에서 매각대금을 매각한 날부터 3년의 기간 중 대통령령이 정하는 기준금액에 미달하게 사용한 경우라 함은 매각대금 중 직접 공익목적사업에 사용한 실적이 매각한 날이 속하는 과세기간 또는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 매각대금의 100분의 30, 2년 이내에 매각대금의 100분의 60에 미달하게 사용한 경우를 말한다. 이 경우 당해 매각대금 중 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 가액이 매 연도별 매각대금의 사용기준에 상당하는 금액에 미달하는 경우에는 그 차액에 대하여 이를 적용한다. ○ 상속세및증여세법 기본통칙 제10조의 6【직접 고유목적사업에의 사용 등】(2001. 4. 3. 조번개정) ② 영 제38조 제4항 후단의 규정에 의한 일시취득한 재산은 매각대금으로 취득한 수익용 또는 수익사업용 재산으로서 그 운용기간이 6월 미만인 재산으로 한다. |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| ○ 서면4팀-1378, 2005.08.04. 「상속세 및 증여세법」 제48조 제2항 제4호 및 「같은법 시행령」 제38조 제4항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)을 직접공익목적사업 외에 사용하거나 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 3년 이내에 직접공익목적사업에 사용한 실적(매각대금으로 직접 공익목적사업용 또는 수익사업용 재산을 취득한 경우를 포함함)이 매각대금의 90％에 미달하는 경우 증여세가 부과되는 것임. 이 경우 직접 공익목적사업에 사용하는 것은 당해 공익법인의 정관상 고유목적사업에 사용하는 것으로 하며, 매각대금을 직접 공익목적사업에 효율적으로 사용하기 위하여 주무관청의 허가를 받아 다른 공익법인 등에게 출연하는 것을 포함하는 것임. ○ 서면인터넷방문상담4팀-488, 2005. 3.31. 【질의】 민법 제32조 의 규정에 의거 설립된 재단이 부동산을 무상으로 출연받고자 하며, 출연받은 부동산을 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용할 수 없어 3년 이내에 매각하여 그 매각대금으로 직접 공익목적사업에 사용 또는 수익사업용재산을 취득하는 경우와 관련임 (질의1) 공익법인이 출연받은 부동산을 출연받은 날로부터 3년이 경과되기 전에 매각하고 그 매각대금으로 6개월 이상의 저축성예금인 정기예금 등으로 예치하는 경우 증여세 과세여부 (질의2) 출연받은 부동산을 출연받은 날로부터 3년 이내에 직접 공익목적사업에 사용할 수 없어 3년이 경과하기 전에 매각하고 그 매각대금을 직접 공익목적사업 또는 수익사업용 재산에 사용하였을 경우 증여세 과세여부 |
| 나. 유사사례 (판례, 심판례, 심사례, 예규) |
| 【회신】 상속세및증여세법 제48조 제2항 제4호 ㆍ제4호의2 및 같은법시행령 제38조 제4항ㆍ제7항의 규정에 의하여 공익법인이 출연받은 재산을 매각한 경우 그 매각대금(매각대금에 의하여 증가된 재산을 포함하되, 당해 자산매각에 따라 부담하는 국세 및 지방세는 제외함)중 직접공익목적사업에 사용한 실적이 그 매각한 날이 속하는 사업연도 종료일부터 1년 이내에 30%, 2년 이내에 60%에 미달하는 경우 같은법 제78조 제9항의 규정에 의하여 그 미달사용한 금액의 10%에 상당하는 금액을 가산세로 부과하는 것이며, 3년 이내에 90%에 미달하게 사용한 경우 그 미달사용한 금액에 대하여는 증여세가 부과되는 것임. 이 경우 공익법인이 출연받은 재산의 매각대금으로 정관상 고유목적사업의 수행에 직접 사용하는 자산을 취득하거나 수익용 또는 수익사업용 재산의 취득 및 운용에 사용하는 경우에는 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임. ○ 재산(상속)46014-2194, 1999.12.31. 주식으로 배당받은 금액이 각 사업연도 소득금액에 포함된 경우 동 주식배당금도 상속세및증여세법 제48조 제2항 제3호 및 같은법시행령 제38조 제4항의 규정에 의한 운용소득의 사후관리규정이 적용되는 것이며, 수익용 재산인 주식(동 배당주식을 포함함)을 매각한 경우에는 같은법 제48조 제2항 제4호 및 같은령 제38조 제6항의 규정에 의한 매각대금의 사후관리규정이 적용되는 것으로서, 귀 질의와 같이 주식배당을 받은 사업연도의 다음 사업연도에 동 주식을 매각한 경우 그 매각대금에 대해서는 출연재산 매각대금의 사후관리규정에 따라 직접 공익목적사업에 사용하여야 하는 것임. |