[회신]
귀 질의의 경우 비영리법인의 부동산 양도소득 법인세 과세여부 및 신고방법에 대하여는 다음의 관련 회신 사례를 참조하시기 바랍니다.
- 다 음 -
○ 서면2팀-1841, 2005.11.18
「국세기본법」 제13조 제2항의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교 회 가 「법인세법」 제3조 제2항 각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선 택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또 는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임.
귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종 합적으로 검토하여 판단하는 것임.
○ 서면2팀-2252,2006.11.06
고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되 지 않는 것으로, 귀 질의의 경우 당해 부동산이 이에 해당되는지는 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임
1. 질의내용 요약
○
사실관계
- 비영리재단법인으로 7년 전에 등록했으며, 교회건물은 2007.10월에 큰 교회로부터 증여를 받아 소유권 이전등기 하여 현재 사용중에 있으나, 협소하여 더 큰 교회로 확장하고자 2008.3월에 매도계약(잔금일:08.8.31)을 체결하고 경기도에 소재한 신축 부지를 매입하여 교회를 신축하고 있음.
- 매각대금은 당초 증여 받을 때 근저당 설정된 은행의 부채를 상환하고, 잔여액 전부를 교회신축부지 매입대금으로 사용하며, 부족한 신축부지 매입대금과 건축비는 신축부지를 담보로 한 은행대출과 교인들의 헌금으로 충당하려고 함.
○
질의요지
교회부동산을 증여를 받은 즉시 종교목적으로 사용하다 매각하고 증여 받을 때의 금융부채 상환금을 제외한 전액을 종교목적인 교회 성전건축에 사용되는 경우 과세여부.
2. 질의내용에 대한 자료
가. 관련조세법령(법, 시행령, 시행규칙)
○
법인세법 제60조
【과세표준 등의 신고】
① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다. (2007. 12. 31. 개정)
② 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서는 그 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여야 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 대차대조표ㆍ손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) (1998. 12. 28. 개정)
2. 대통령령이 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 “세무조정계산서”라 한다) (1998. 12. 28. 개정)
3. 기타 대통령령이 정하는 서류 (1998. 12. 28. 개정)
③ 제1항의 규정은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 이를 적용한다. (1998. 12. 28. 개정)
④ 제1항의 규정에 의한 신고에 있어서 그 신고서에 제2항 제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니한 경우에는 이를 이 법에 의한 신고로 보지 아니한다. 다만, 제3조 제2항 제1호 및 제6호의 규정에 의한 수익사업을 영위하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. (1998. 12. 28. 개정)
⑤ 납세지 관할세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 제출된 신고서 기타 서류에 미비 또는 오류가 있는 때에는 이를 보정할 것을 요구할 수 있다. (1998. 12. 28. 개정)
○
법인세법 제3조
【과세소득의 범위】
① 법인세는 다음 각호의 소득에 대하여 이를 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호의 소득에 대하여만 이를 부과한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 각 사업연도의 소득 (1998. 12. 28. 개정)
2. 청산소득 (1998. 12. 28. 개정)
② 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각호의 사업 또는 수입(이하 “수익사업”이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다. (1998. 12. 28. 개정)
1. 제조업, 건설업, 도ㆍ소매 및 소비자용품수리업, 부동산ㆍ임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)
2.
「소득세법」 제16조 제1항
각호의 규정에 의한 이자ㆍ할인액 및 이익 (2006. 12. 30. 개정)
3.
「소득세법」 제17조 제1항
각호의 규정에 의한 배당 또는 분배금 (2006. 12. 30. 개정)
4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)
5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 (1998. 12. 28. 개정)
6. 제1호 내지 제5호외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입으로서 대통령령이 정하는 것 (1998. 12. 28. 개정)
○
법인세법 제62조
의 2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례】
① 비영리내국법인(제3조 제2항 제1호에서 규정하는 수익사업을 영위하는 비영리내국법인을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제2항 제4호 및 제5호의 수입으로서 다음 각호의 1에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 “자산양도소득”이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항의 규정에 불구하고 과세표준의 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준의 신고를 하지 아니한 소득은 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 포함하지 아니한다. (2001. 12. 31. 신설)
1.
「소득세법」 제94조 제1항 제3호
의 규정에 해당하는 주식 또는 출자지분과 대통령령이 정하는 주식 또는 출자지분 (2006. 12. 30. 개정)
2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) (2001. 12. 31. 신설)
② 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는
「소득세법」 제92조
의 규정을 준용하여 계산한 과세표준에 동법 제104조 제1항 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 동법 제104조 제4항의 규정에 의하여 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의 2를 적용하지 아니한다. (2006. 12. 30. 개정)
③ 제2항의 규정을 적용함에 있어서
「소득세법」 제92조
의 규정을 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 “양도가액”이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서
「소득세법」 제95조 제2항
및 동법 제103조에 규정하는 금액을 공제하여 계산한다. (2006. 12. 30. 개정)
④
「소득세법」 제96조
ㆍ동법 제97조ㆍ동법 제98조 및 동법 제100조의 규정은 제3항의 규정에 의한 양도가액ㆍ필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 비영리내국법인이 대통령령이 정하는 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며,
「국세기본법」 제13조 제2항
의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑤
「소득세법」 제101조
및 동법 제102조의 규정은 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여 이를 준용하고, 동법 제93조의 규정은 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑥ 제2항의 규정에 의한 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항의 규정을 준용한다. (2001. 12. 31. 신설)
⑦ 제2항의 규정에 의하여 계산한 법인세는
「소득세법」 제105조
내지 제108조의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우
「소득세법」 제112조
및 동법 제112조의 2의 규정은 이를 준용한다. (2006. 12. 30. 개정)
⑧ 비영리내국법인이 제7항의 규정에 의한 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만,
「소득세법」 제110조 제4항
단서의 규정에 해당하는 경우에는 제6항의 규정에 의한 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. (2006. 12. 30. 단서개정)
⑨ 제1항 내지 제8항에 규정하는 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (2001. 12. 31. 신설)
나. 관련 예규(예규, 해석사례, 심사, 심판)
○ 서면2팀-1841, 2005.11.18
「국세기본법」 제13조 제2항
의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 교회가
「법인세법」 제3조 제2항
각호에 의한 수익사업을 영위하지 아니하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은법 제60조 및 제62조의 2의 규정을 선택하여 적용할 수 있는 것이나, 고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것임.
귀 질의의 경우 해당 부동산이 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임.
○ 서면2팀-2252,2006.11.06
「국세기본법」 제13조 제2항
의 법인으로 보는 단체로 승인받은 비영리법인인 종중이
「법인세법」 제3조 제2항
각호에 의한 수익사업을 영위하면서 보유중인 부동산을 양도하는 경우에는 같은 법 제60조의 규정을 적용하여 법인세로 신고하는 것이나,
고정자산 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분으로 인하여 생기는 수입에 대하여는 법인세가 과세되지 않는 것으로, 귀 질의의 경우 당해 부동산이 이에 해당되는지는 고유목적사업에 직접 사용된 현황 등 사실관계를 종합적으로 검토하여 판단하는 것임